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青藏高原戈壁生境中一株链霉菌新种Streptomyces haixigobicum sp.nov.Qhu-G9的多相分类学鉴定及其次级代谢产物的基因组挖掘
1
作者
向信
殷恒霞
+5 位作者
樊嘉凯
邓佳文
朱肇宇
邱庆辉
柳宇睿
张本印
《微生物学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期1872-1886,共15页
【背景】青藏高原极端生境具有丰富的微生物资源,同时也是微生物药物的重要来源,但是大量微生物新资源尚待开发利用。【目的】对从青藏高原戈壁土壤中分离得到的一株链霉菌Qhu-G9进行多相分类鉴定及次级代谢产物生物合成潜力分析。【方...
【背景】青藏高原极端生境具有丰富的微生物资源,同时也是微生物药物的重要来源,但是大量微生物新资源尚待开发利用。【目的】对从青藏高原戈壁土壤中分离得到的一株链霉菌Qhu-G9进行多相分类鉴定及次级代谢产物生物合成潜力分析。【方法】通过16S rRNA基因扩增、测序和系统发育分析,结合形态、生理生化、细胞化学组分及基因组测序等多相分类特征,确定链霉菌Qhu-G9的分类地位。【结果】Qhu-G9与链霉菌Streptomyces dioscori A217T和Streptomyces auranttiiacus NBRC 13017T相似度最高,均为99.22%,结合形态观察,说明该菌是一株链霉菌。基于16S rRNA基因序列构建的系统发育树显示Qhu-G9独立成支,并且其生理生化和细胞化学成分特征与最相似模式菌存在较大差异。通过基因组测序评估了与最相似模式菌的数字DNA-DNA杂交值(digital DNA-DNA hybridization,dDDH)和平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI),发现Qhu-G9与最相似菌S.auranttiiacus NBRC 13017T的dDDH与ANI值最高,分别为36.65%和88.21%,但是均低于判定新菌的阈值,进一步表明Qhu-G9为一株链霉菌属新种,并命名为Streptomyces haixigobicum sp.nov.Qhu-G9。此外,通过antiSMASH分析发现Qhu-G9基因组中存在大量编码已知和未知次级代谢产物的生物合成基因簇。【结论】从青藏高原戈壁土壤中分离得到的Qhu-G9是一株链霉菌新种,并且具有进一步挖掘活性次级代谢产物的潜力。
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关键词
青藏高原
戈壁
链霉菌
多相分类学
生物合成基因簇
原文传递
题名
青藏高原戈壁生境中一株链霉菌新种Streptomyces haixigobicum sp.nov.Qhu-G9的多相分类学鉴定及其次级代谢产物的基因组挖掘
1
作者
向信
殷恒霞
樊嘉凯
邓佳文
朱肇宇
邱庆辉
柳宇睿
张本印
机构
青海大学
生态
环境工程学院
青海大学
三江源
生态
与
高原
农业
国家
重点
实验室
出处
《微生物学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期1872-1886,共15页
基金
国家自然科学基金(81760633)
生态学世界一流学科科技创新项目(2021-stxy-Y2)
生物技术一流专业科技创新项目(2022-stxy-B8,2022-stxy-B9,2022-stxy-B22)。
文摘
【背景】青藏高原极端生境具有丰富的微生物资源,同时也是微生物药物的重要来源,但是大量微生物新资源尚待开发利用。【目的】对从青藏高原戈壁土壤中分离得到的一株链霉菌Qhu-G9进行多相分类鉴定及次级代谢产物生物合成潜力分析。【方法】通过16S rRNA基因扩增、测序和系统发育分析,结合形态、生理生化、细胞化学组分及基因组测序等多相分类特征,确定链霉菌Qhu-G9的分类地位。【结果】Qhu-G9与链霉菌Streptomyces dioscori A217T和Streptomyces auranttiiacus NBRC 13017T相似度最高,均为99.22%,结合形态观察,说明该菌是一株链霉菌。基于16S rRNA基因序列构建的系统发育树显示Qhu-G9独立成支,并且其生理生化和细胞化学成分特征与最相似模式菌存在较大差异。通过基因组测序评估了与最相似模式菌的数字DNA-DNA杂交值(digital DNA-DNA hybridization,dDDH)和平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI),发现Qhu-G9与最相似菌S.auranttiiacus NBRC 13017T的dDDH与ANI值最高,分别为36.65%和88.21%,但是均低于判定新菌的阈值,进一步表明Qhu-G9为一株链霉菌属新种,并命名为Streptomyces haixigobicum sp.nov.Qhu-G9。此外,通过antiSMASH分析发现Qhu-G9基因组中存在大量编码已知和未知次级代谢产物的生物合成基因簇。【结论】从青藏高原戈壁土壤中分离得到的Qhu-G9是一株链霉菌新种,并且具有进一步挖掘活性次级代谢产物的潜力。
关键词
青藏高原
戈壁
链霉菌
多相分类学
生物合成基因簇
Keywords
Qinghai-Tibet Plateau
Gobi
Streptomyces
polyphasic taxonomy
gene clusters for biosynthesis
分类号
Q933 [生物学—微生物学]
原文传递
题名
作者
出处
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1
青藏高原戈壁生境中一株链霉菌新种Streptomyces haixigobicum sp.nov.Qhu-G9的多相分类学鉴定及其次级代谢产物的基因组挖掘
向信
殷恒霞
樊嘉凯
邓佳文
朱肇宇
邱庆辉
柳宇睿
张本印
《微生物学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
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