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洋山港宏病毒组分析揭示CRISPR-Cas系统病毒靶标序列的特异性
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作者 李聪 田敬孜 王永杰 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2023年第2期358-370,共13页
目的 为了探究CRISPR-Cas系统的靶标特点。方法 运用了包括BALST在内的多种生物信息学分析技术和方法对洋山港宏病毒组数据进行了分析。结果 洋山港宏病毒组数据集中共有25 391条双链DNA病毒序列,其中238条序列上的265个开放读码框(ORF)... 目的 为了探究CRISPR-Cas系统的靶标特点。方法 运用了包括BALST在内的多种生物信息学分析技术和方法对洋山港宏病毒组数据进行了分析。结果 洋山港宏病毒组数据集中共有25 391条双链DNA病毒序列,其中238条序列上的265个开放读码框(ORF)与134条规律间隔短回文重复(CRISPR)间隔序列产生了315个匹配。经注释后获得了128个ORF和135个匹配的功能信息,占比前5位的依次为终止酶(terminase)、衣壳蛋白(capsid protein)、门蛋白(portal protein)、肽酶(peptidase)和DNA甲基化转移酶(DNA methyltransferase)。匹配多在病毒特定功能基因的保守域或关键结构域中。这表明,CRISPR-Cas系统发挥免疫功能时表现出针对病毒特定基因、功能和结构域的靶标特异性。此外,属于Class 1门类下的Type_I型系统的CRISPR-Cas间隔序列匹配数量远高于其他类型系统,占总数的89.0%。结论 本文的研究结果揭示了CRISPR-Cas系统的靶标偏好,增进了对其的认识,为更好地理解病毒-宿主免疫互作机制提供了新的证据和线索。 展开更多
关键词 CRISPR 间隔序列 功能基因 DNA病毒
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