目的筛选结肠癌组织中差异表达的环状RNA(circRNA),分析其在结肠癌发生、发展中的作用。方法选取该院2018年1月至2019年12月收治的3例结肠癌患者的肿瘤组织标本及配对癌旁正常组织标本,用Arraystar Human circRNA Arrays V2芯片检测、...目的筛选结肠癌组织中差异表达的环状RNA(circRNA),分析其在结肠癌发生、发展中的作用。方法选取该院2018年1月至2019年12月收治的3例结肠癌患者的肿瘤组织标本及配对癌旁正常组织标本,用Arraystar Human circRNA Arrays V2芯片检测、筛选差异表达的circRNA;采用聚类分析筛选出表达水平有明显差异的circRNA。另选取同期9例结肠癌肿瘤组织标本及配对癌旁组织标本用实时荧光定量PCR(qPCR)检测进行初步验证。筛选到的差异表达circRNA进行GO基因功能富集分析(GO分析)及KEGG信号通路富集分析(KEGG分析)。结果结肠癌组织与癌旁组织比较,按照P<0.05且差异表达倍数(FC)>1.5筛选标准,筛选出114个差异表达circRNA,其中62个circRNA上调表达,52个circRNA下调表达,经过聚类分析筛选出在结肠癌中显著下调的8个circRNA:hsa_circRNA_404686、hsa_circRNA_102293、hsa_circRNA_000367、hsa_circRNA_104270、hsa_circRNA_001729、hsa_circRNA_100790、hsa_circRNA_105039、hsa_circRNA_102049。qPCR检测结果显示,这8个circRNA在结肠癌组织中表达水平降低。GO分析显示,被富集的基因主要参与转录调节、RNA结合、蛋白质结合、细胞周期调控等。KEGG分析显示,主要参与调节干细胞多能性的信号通路、FOXO信号通路、p53信号通路等。结论在结肠癌组织筛选到8个显著下调的circRNA,经基因功能注释分析其参与肿瘤的发生、发展,可能会成为结肠癌诊断及预后评估的生物标志物。展开更多
文摘目的筛选结肠癌组织中差异表达的环状RNA(circRNA),分析其在结肠癌发生、发展中的作用。方法选取该院2018年1月至2019年12月收治的3例结肠癌患者的肿瘤组织标本及配对癌旁正常组织标本,用Arraystar Human circRNA Arrays V2芯片检测、筛选差异表达的circRNA;采用聚类分析筛选出表达水平有明显差异的circRNA。另选取同期9例结肠癌肿瘤组织标本及配对癌旁组织标本用实时荧光定量PCR(qPCR)检测进行初步验证。筛选到的差异表达circRNA进行GO基因功能富集分析(GO分析)及KEGG信号通路富集分析(KEGG分析)。结果结肠癌组织与癌旁组织比较,按照P<0.05且差异表达倍数(FC)>1.5筛选标准,筛选出114个差异表达circRNA,其中62个circRNA上调表达,52个circRNA下调表达,经过聚类分析筛选出在结肠癌中显著下调的8个circRNA:hsa_circRNA_404686、hsa_circRNA_102293、hsa_circRNA_000367、hsa_circRNA_104270、hsa_circRNA_001729、hsa_circRNA_100790、hsa_circRNA_105039、hsa_circRNA_102049。qPCR检测结果显示,这8个circRNA在结肠癌组织中表达水平降低。GO分析显示,被富集的基因主要参与转录调节、RNA结合、蛋白质结合、细胞周期调控等。KEGG分析显示,主要参与调节干细胞多能性的信号通路、FOXO信号通路、p53信号通路等。结论在结肠癌组织筛选到8个显著下调的circRNA,经基因功能注释分析其参与肿瘤的发生、发展,可能会成为结肠癌诊断及预后评估的生物标志物。
