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灰毡毛忍冬花不同发育阶段的转录组学与代谢组学研究 被引量：10
1
作者 潘媛 赵晓 陈大霞 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期2798-2805,共8页
为研究灰毡毛忍冬花中次生代谢产物生物合成的调控机制,该文探究了参与其次生代谢产物生物合成调控的关键基因与差异代谢物的作用机制。该研究利用Illumina Hiseq高通量测序技术对不同发育时期的灰毡毛忍冬花进行转录组测序,借助LC-MS/M... 为研究灰毡毛忍冬花中次生代谢产物生物合成的调控机制,该文探究了参与其次生代谢产物生物合成调控的关键基因与差异代谢物的作用机制。该研究利用Illumina Hiseq高通量测序技术对不同发育时期的灰毡毛忍冬花进行转录组测序,借助LC-MS/MS技术,对其代谢物进行定性、定量以及合成累积规律研究,并根据差异表达基因筛选出酚酸、黄酮类物质生物合成的关键酶基因。代谢组学及转录组学分析共获得111个差异代谢物和6 653条差异表达基因,二青期的代谢物和关键酶基因与大白期和银花期存在明显差异。在灰毡毛忍冬苯丙氨酸生物合成通路中,绿原酸、柚皮素、槲皮素、芦丁、松柏醇等代谢物的离子丰度随花的发育逐渐降低,阿魏酸、香豆素和紫丁香苷等代谢物的离子丰度随花的发育逐渐升高;关键酶基因CHS、HCT、CCR、FLS、COMT等正向调控下游代谢物,PAL、C4H、4CL等负向调控下游代谢物。该研究为进一步挖掘灰毡毛忍冬花中次生代谢产物生物合成关键酶基因,为利用分子生物学手段调控其次生代谢产物累积量提供候选基因及相应的理论基础。 展开更多
关键词 灰毡毛忍冬 转录组学 代谢组学
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川佛手不同发育时期的比较转录组学分析 被引量：9
2
作者 潘媛 陈大霞 李隆云 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第21期5169-5176,共8页
为研究川佛手不同发育时期转录水平差异,探究调控川佛手有效成分生物合成的基因。该研究利用Illumina Hiseq 4000高通量测序技术对不同发育时期的川佛手果实进行转录组测序,获得121 235条unigene,平均长度2 434 bp,利用DESeq筛选获得3 ... 为研究川佛手不同发育时期转录水平差异,探究调控川佛手有效成分生物合成的基因。该研究利用Illumina Hiseq 4000高通量测序技术对不同发育时期的川佛手果实进行转录组测序,获得121 235条unigene,平均长度2 434 bp,利用DESeq筛选获得3 379个差异基因,主要集中在信号传导、生物调控、代谢过程等生物过程,富集到淀粉、蔗糖的代谢、苯丙素的生物合成、类黄酮的生物合成等代谢通路。进一步对川佛手有效成分生物合成相关基因进行动态比较:PAL,CHI,CYP75B1,ZDS,4CL,FLS的随着果实由绿变黄表达量呈逐渐上升趋势;COMT,F3H,CYP73A的表达量呈先升高后降低趋势;CCR,HCT,HRP呈先下调后上调表达。该研究为进一步挖掘川佛手有效成分生物合成过程中的关键基因,解析调控其有效成分生物合成途径提供研究基础。 展开更多
关键词 川佛手 发育时期 有效成分 基因表达
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不同年份桔梗转录组学分析及桔梗皂苷生物合成关键基因挖掘 被引量：7
3
作者 张健 潘媛 +1 位作者 王钰 陈大霞 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1386-1392,共7页
桔梗是食药两用大宗中药材品种之一。为探究不同年份桔梗的基因表达差异和主要活性物质桔梗皂苷生物合成过程中关键基因的表达规律,该研究利用Illumina Hiseq 4000测序平台对同一产地一年生、二年生、三年生桔梗进行转录组测序与生物信... 桔梗是食药两用大宗中药材品种之一。为探究不同年份桔梗的基因表达差异和主要活性物质桔梗皂苷生物合成过程中关键基因的表达规律,该研究利用Illumina Hiseq 4000测序平台对同一产地一年生、二年生、三年生桔梗进行转录组测序与生物信息学分析。对测序数据进行过滤、组装和拼接后,共获得59 654条unigene,其中1 671条unigene在至少2个样品间差异表达。对差异基因进行聚类分析,结果显示一年生与二、三年生桔梗的基因表达存在较大差异,其中一年生与三年生桔梗之间有1 128个差异基因,而二年生与三年生桔梗之间仅有57个差异基因。KEGG富集结果显示一年生与二、三年生桔梗的差异基因主要集中在倍半萜和三萜的生物合成、萜类骨架的生物合成等代谢途径中。在三萜类生物合成相关通路中,共鉴定15条unigene,涉及5种酶。ACAT,HMGR,FDFT1,SQLE随桔梗生长年份的增加表达量逐渐降低,HMGS在一年生桔梗中表达量最高,其次是三年生。该研究为桔梗发育研究提供了有用数据,也为桔梗皂苷生物合成途径相关基因研究提供了依据。 展开更多
关键词 桔梗 转录组 桔梗皂苷 不同年份 表达差异
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栀子种子性状变异及其与地理-气候因子的相关性研究 被引量：3
4
作者 潘媛 王钰 +1 位作者 张应 李隆云 《中药材》 CAS 北大核心 2017年第9期2030-2035,共6页
目的:通过探究区域尺度上栀子种子形态变异特点与环境因子的关系,为栀子种质资源整理与良种选育提供科学依据。方法:采集我国9个省区21个产地栀子种子,测定种子形态特征及发芽率,并开展种子性状与地理-气候因子的相关性分析。结果:我国... 目的:通过探究区域尺度上栀子种子形态变异特点与环境因子的关系,为栀子种质资源整理与良种选育提供科学依据。方法:采集我国9个省区21个产地栀子种子,测定种子形态特征及发芽率,并开展种子性状与地理-气候因子的相关性分析。结果:我国不同产地栀子种子性状差异显著;栀子种子长和种子宽、种子厚与百粒重、无霜期与发芽率、年降雨量与百粒重和年均温与百粒重呈显著正相关;经度和年降雨量与发芽率、纬度与百粒重呈显著负相关;种子性状系统聚类的5个类群并没有依地理距离而聚类。结论:除受地理-气候因子影响外,栀子种子性状还受母本遗传、引种种植方式等多因素影响,且长期大规模引种是主要因素。 展开更多
关键词 栀子 种子性状 地理-气候因子
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不同产地白术转录组差异表达基因分析
5
作者 郭连安 莫让瑜 +2 位作者 谭均 潘媛 陈大霞 《中药材》 CAS 北大核心 2021年第12期2787-2792,共6页
目的:基于白术转录组数据的筛选和分析,掌握不同产地白术根之间差异表达基因的信息。方法:通过Illumina HiSeq测序平台进行转录组分析,利用Trinity软件对Clean reads进行组装,基于FPKM值的log;倍数绝对值大于1及错误发现率小于0.05为标... 目的:基于白术转录组数据的筛选和分析,掌握不同产地白术根之间差异表达基因的信息。方法:通过Illumina HiSeq测序平台进行转录组分析,利用Trinity软件对Clean reads进行组装,基于FPKM值的log;倍数绝对值大于1及错误发现率小于0.05为标准筛选DEG。将DEG在公共数据库中进行比对获得功能注释,根据注释信息挖掘白术萜类生物合成关键酶基因,并分析不同产地白术的表达量差异。结果:转录组测序共获得71086条Unigene,N50长度为1524 bp。从湖北与河北、安徽与湖北、安徽与河北白术之间分别筛选到2333、1846、1239个DEG,其中在GO数据库中获得注释的DEG分别有1424、1091、731个,在KEGG数据库中获得注释的DEG分别有432、321、208个,这些DEG主要与代谢过程和次生代谢产物代谢途径相关。根据DEG在数据库中的功能注释信息,挖掘到5个萜类生物合成关键限速酶基因,这些基因在湖北白术中表达量最高,说明湖北白术中萜类合成更活跃。结论:该研究系统分析了不同产地白术间的差异表达基因,为进一步挖掘功能基因和研究有效成分的分子调控机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 白术 转录组测序 差异表达基因 萜类 QRT-PCR
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