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应用生物信息学方法筛选结直肠癌关键基因
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作者 朱义芳 戴红梅 +6 位作者 张峪涵 魏丹凤 潘逼然 刘蕾 张彤彤 郭元彪 刘华伟 《国际检验医学杂志》 CAS 2019年第14期1721-1725,共5页
目的 采用4个芯片数据集来挖掘结直肠癌差异基因,通过基因注释和蛋白相互作用网络构建找到关键基因。方法 下载GEO芯片数据GSE4398、GSE21815、GSE32323、GSE44076,筛选结直肠癌和正常组织间差异表达的基因,采用R3.4.4软件进行数据处理... 目的 采用4个芯片数据集来挖掘结直肠癌差异基因,通过基因注释和蛋白相互作用网络构建找到关键基因。方法 下载GEO芯片数据GSE4398、GSE21815、GSE32323、GSE44076,筛选结直肠癌和正常组织间差异表达的基因,采用R3.4.4软件进行数据处理和分析,通过取交集获得候选的差异基因,通过Funrich软件进行基因功能分析,通过String和Cytoscape软件进行基因编码蛋白的相互作用分析。结果 通过差异基因分析并取4个GEO数据集的交集,一共获得430个差异表达基因,其中表达上调的基因277个,表达下调的基因153个。基因富集分析发现,表达上调的基因主要位于细胞核、细胞浆、微管、中心体和细胞外;主要参与纺锤体组装;主要参与调节趋化因子活性,在细胞周期、有丝分裂G1-G1/S期、M-M/G1期、G2/M期、DNA破坏关键节点及DNA复制等信号通路中富集。153个表达下调的基因主要富集在细胞外、参与代谢过程,发挥的分子功能主要是催化活性和配体依赖性核受体活性,下调基因没有富集在某条信号通路上。通过蛋白互作网络初步鉴定了CDK1、CCNB1、TOP2A、MAD2L1、TTK、BUB1B、AURKA、RRM2、UBE2C、ASPM等结直肠癌相关的关键基因。结论 通过基因芯片结合生物信息学方法,发现了结直肠癌相关的关键基因,有助于明确结直肠癌发病的分子机制,这些关键基因也可作为结直肠癌的治疗靶点。 展开更多
关键词 结直肠癌 基因芯片 关键基因 生物信息学
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流感嗜血杆菌阳性住院患儿回顾性流行病学调查 被引量：17
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作者 胡俊 王晓蕾 +4 位作者 许峰 谢江 刘华伟 杨莉莉 郭元彪 《中国当代儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期596-601,共6页
目的：研究住院患儿流感嗜血杆菌（Hi）感染的基本临床特征及耐药动态。方法回顾性断面调查2011年6月至2013年5月间成都市第三人民医院0~17岁住院患儿痰液和咽拭子Hi分离情况。结果共分离出Hi 117株，111例患儿纳入调查，其中102例为呼... 目的：研究住院患儿流感嗜血杆菌（Hi）感染的基本临床特征及耐药动态。方法回顾性断面调查2011年6月至2013年5月间成都市第三人民医院0~17岁住院患儿痰液和咽拭子Hi分离情况。结果共分离出Hi 117株，111例患儿纳入调查，其中102例为呼吸系统感染（91.9%），其他疾病9例（8.1%）。支气管肺炎及肺炎患儿Hi检出率为50.8%（30/59），急性喉气管支气管炎50.0%（2/4），毛细支气管炎34.6%（9/26），急性支气管炎24.2%（32/132），喘息性支气管炎17.9%（5/28），疱疹性咽峡炎19.0%（4/21），急性上呼吸道感染11.8%（9/76），急性扁桃体炎8.2%（7/85），新生儿肺炎5.6%（3/54）。两个调查年度间阿莫西林克拉维酸（15%vs 23%，P=0.010）和氯霉素（25%vs 8%，P=0.015）耐药率差异有统计学意义。β-内酰胺酶阴性氨苄西林耐药菌株（BLNAR）和β-内酰胺酶阳性阿莫西林克拉维酸耐药菌株（BLPACR）两年间均有增长，分别从12%增加到21%，13%增加到19%，但差异未达统计学意义（P〉0.05）。结论 Hi在0~17岁儿童呼吸道感染中扮演着重要角色；BLNAR和BLPACR呈增长趋势将使临床面临更加严峻的抗菌素选择压力。 展开更多
关键词 流感嗜血杆菌 感染 流行病学 耐药性 Β-内酰胺酶 儿童
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中性粒细胞/淋巴细胞比值与血小板/淋巴细胞比值对肺癌和社区获得性肺炎的诊断价值探讨 被引量：8
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作者 罗娟 余丹 +2 位作者 王战豪 朱义芳 刘华伟 《实用医院临床杂志》 2018年第5期32-35,共4页
目的探讨中性粒细胞/淋巴细胞比值(NLR)、血小板/淋巴细胞比值(PLR)对肺癌和社区获得性肺炎的诊断价值。方法分析90例不同类型肺癌患者、90例健康对照者、90例社区获得性肺炎患者血NLR和PLR值。结果三组NLR和PLR值比较,肺炎组最高,肺癌... 目的探讨中性粒细胞/淋巴细胞比值(NLR)、血小板/淋巴细胞比值(PLR)对肺癌和社区获得性肺炎的诊断价值。方法分析90例不同类型肺癌患者、90例健康对照者、90例社区获得性肺炎患者血NLR和PLR值。结果三组NLR和PLR值比较,肺炎组最高,肺癌组高于对照组(P<0.05)。用NLR和PLR诊断肺癌,NLR的ROC曲线下面积(AUC)为0.807,灵敏度67.78%,特异度86.67%,最适cut-off值2.94;PLR的AUC为0.713,灵敏度72.20%,特异度62.20%,最适cutoff值135.48。将NLR和PLR指标用于诊断社区获得性肺炎,NLR的AUC为0.796,灵敏度71.11%,特异度86.67%,最适cut-off值2.94。PLR的AUC为0.712,灵敏度42.22%,特异度95.56%,最适cut-off值188。结论 NLR和PLR可辅助诊断肺癌和社区获得性肺炎,进一步联合肺癌特异性诊断标志物或其他炎症指标可增加诊断灵敏度和特异度。 展开更多
关键词 肺癌 社区获得性肺炎 血细胞计数 NLR PLR ROC曲线
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