目的本研究旨在阐明肺腺癌微环境相关基因对肺腺癌预后的影响,获取可预测肺腺癌患者预后不良的肿瘤微环境相关基因。方法ESTIMATE算法应用于在TCGA(The cancer genome atlas)数据库下载的肺腺癌转录组数据,然后将样品分为两个组:高和低...目的本研究旨在阐明肺腺癌微环境相关基因对肺腺癌预后的影响,获取可预测肺腺癌患者预后不良的肿瘤微环境相关基因。方法ESTIMATE算法应用于在TCGA(The cancer genome atlas)数据库下载的肺腺癌转录组数据,然后将样品分为两个组:高和低免疫评分组、高和低基质评分组,探讨肺腺癌整体存活率、临床分期与基质评分和免疫评分的潜在相关性,筛选与患者预后不良有关的差异表达基因(DEGs)。随后进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,以探索DEGs的潜在功能;进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,以探索这些DEGs之间的关系;最后探讨单个DEG的潜在预后价值,对DEGs和总体生存(OS)之间进行生存分析最终获取肺腺癌患者预后相关的肿瘤微环境相关基因。结果筛选出124个肿瘤微环境相关基因与肺腺癌OS相关(Wilcoxon,P<0.05),其中6个基因与OS显著相关(P<0.001)。GO、KEGG分析表明,筛选出的DEGs主要参与免疫细胞增殖和激活、免疫反应、细胞外基质和膜的细胞成分相关。PPI网络分析显示核心基因有FPR2、C3AR1、MCHR1等。结论我们发现6个肿瘤微环境相关基因与肺腺癌的预后不良显著相关。这些基因可能会启发研究人员发现新的治疗肺腺癌的靶点及方法。展开更多
目的使用集成数据分析方法识别胰腺癌中的关键eRNA,并探讨其在胰腺癌预后及发生发展中的作用。方法首先使用PreSTIGE预测组织特异性增强子RNA的调控基因,构建eRNA-靶标对。用探索癌症lncRNA功能的交互式开放平台TANRIC研究来自癌症和肿...目的使用集成数据分析方法识别胰腺癌中的关键eRNA,并探讨其在胰腺癌预后及发生发展中的作用。方法首先使用PreSTIGE预测组织特异性增强子RNA的调控基因,构建eRNA-靶标对。用探索癌症lncRNA功能的交互式开放平台TANRIC研究来自癌症和肿瘤基因图谱(The cancer genome atlas,TCGA)的胰腺癌转录组数据和临床数据。结果确定了147个关键eRNA,其中与胰腺癌整体存活率最相关的eRNA是LINC00242(Kaplan-Meier对数秩检验,P<0.001),PHF10是其调控靶标(Spearman相关系数r>0.4,P<0.001)。另外1846个基因在胰腺癌中也与LINC00242有显著相关性(r>0.4,P<0.001),LINC00242主要通过突触信号转导等生物学过程及PI3K-Akt、MAPK等信号通路影响胰腺癌的发生发展(校正后的P<0.05)。结论LINC00242可能是胰腺癌中关键的预后相关eRNA,对临床结局具有积极影响,可预测胰腺癌的预后并作为其潜在的治疗靶标。展开更多
文摘目的本研究旨在阐明肺腺癌微环境相关基因对肺腺癌预后的影响,获取可预测肺腺癌患者预后不良的肿瘤微环境相关基因。方法ESTIMATE算法应用于在TCGA(The cancer genome atlas)数据库下载的肺腺癌转录组数据,然后将样品分为两个组:高和低免疫评分组、高和低基质评分组,探讨肺腺癌整体存活率、临床分期与基质评分和免疫评分的潜在相关性,筛选与患者预后不良有关的差异表达基因(DEGs)。随后进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,以探索DEGs的潜在功能;进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,以探索这些DEGs之间的关系;最后探讨单个DEG的潜在预后价值,对DEGs和总体生存(OS)之间进行生存分析最终获取肺腺癌患者预后相关的肿瘤微环境相关基因。结果筛选出124个肿瘤微环境相关基因与肺腺癌OS相关(Wilcoxon,P<0.05),其中6个基因与OS显著相关(P<0.001)。GO、KEGG分析表明,筛选出的DEGs主要参与免疫细胞增殖和激活、免疫反应、细胞外基质和膜的细胞成分相关。PPI网络分析显示核心基因有FPR2、C3AR1、MCHR1等。结论我们发现6个肿瘤微环境相关基因与肺腺癌的预后不良显著相关。这些基因可能会启发研究人员发现新的治疗肺腺癌的靶点及方法。
文摘目的使用集成数据分析方法识别胰腺癌中的关键eRNA,并探讨其在胰腺癌预后及发生发展中的作用。方法首先使用PreSTIGE预测组织特异性增强子RNA的调控基因,构建eRNA-靶标对。用探索癌症lncRNA功能的交互式开放平台TANRIC研究来自癌症和肿瘤基因图谱(The cancer genome atlas,TCGA)的胰腺癌转录组数据和临床数据。结果确定了147个关键eRNA,其中与胰腺癌整体存活率最相关的eRNA是LINC00242(Kaplan-Meier对数秩检验,P<0.001),PHF10是其调控靶标(Spearman相关系数r>0.4,P<0.001)。另外1846个基因在胰腺癌中也与LINC00242有显著相关性(r>0.4,P<0.001),LINC00242主要通过突触信号转导等生物学过程及PI3K-Akt、MAPK等信号通路影响胰腺癌的发生发展(校正后的P<0.05)。结论LINC00242可能是胰腺癌中关键的预后相关eRNA,对临床结局具有积极影响,可预测胰腺癌的预后并作为其潜在的治疗靶标。
