为了明确杜梨叶绿体基因组密码子的使用偏性,以杜梨叶绿体基因组中的37条蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等对其密码子进行了中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明:(1)杜梨叶绿体基因组密码子不...为了明确杜梨叶绿体基因组密码子的使用偏性,以杜梨叶绿体基因组中的37条蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等对其密码子进行了中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明:(1)杜梨叶绿体基因组密码子不同位置GC碱基含量为:GC(148.45%)>GC2(40.76%)>GC(328.66%),说明密码子末位碱基偏好以A/U结尾;(2)有效密码子数(ENC)取值范围是33.13~52.73,表明密码子偏性较弱;(3)相对同义密码子(RSCU)分析表明,其值>1的密码子有30个,其中以A、U结尾的有29个;(4)GC3和GC12无显著相关,相关系数和回归系数分别为-0.1434和0.2072;ENC-plot中大部分基因分布于曲线周围和下方,ENC比值分布在-0.05~0.05区间的有14个,说明密码子偏性主要受选择的影响;PR2-plot分析中,T的使用频率高于A,G的使用频率高于C,说明密码子偏性受多重因素影响;(5)最终筛选出UUU、UAA、AUU等18个密码子为最优密码子,多以A或U结尾。综上所述,杜梨叶绿体基因组密码子的使用主要受选择影响,研究结果可为杜梨乃至梨属植物叶绿体基因组学的研究提供理论依据。展开更多
文摘为了明确杜梨叶绿体基因组密码子的使用偏性,以杜梨叶绿体基因组中的37条蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等对其密码子进行了中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明:(1)杜梨叶绿体基因组密码子不同位置GC碱基含量为:GC(148.45%)>GC2(40.76%)>GC(328.66%),说明密码子末位碱基偏好以A/U结尾;(2)有效密码子数(ENC)取值范围是33.13~52.73,表明密码子偏性较弱;(3)相对同义密码子(RSCU)分析表明,其值>1的密码子有30个,其中以A、U结尾的有29个;(4)GC3和GC12无显著相关,相关系数和回归系数分别为-0.1434和0.2072;ENC-plot中大部分基因分布于曲线周围和下方,ENC比值分布在-0.05~0.05区间的有14个,说明密码子偏性主要受选择的影响;PR2-plot分析中,T的使用频率高于A,G的使用频率高于C,说明密码子偏性受多重因素影响;(5)最终筛选出UUU、UAA、AUU等18个密码子为最优密码子,多以A或U结尾。综上所述,杜梨叶绿体基因组密码子的使用主要受选择影响,研究结果可为杜梨乃至梨属植物叶绿体基因组学的研究提供理论依据。
