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甘蓝型黄籽油菜与黑籽油菜苗期生理特性的比较研究 被引量：6
1
作者 张子龙 陶士珩 李加纳 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期837-842,共6页
油菜苗期的植株长势与抗性及后期产量密切相关。为探索甘蓝型黄籽油菜抗逆性较弱和产量较低的原因,以2对不同遗传来源的甘蓝型黄、黑籽油菜近等基因系为材料,研究了苗期植株的主要生理特性。结果表明,甘蓝型黄籽油菜苗期生长势弱,叶绿... 油菜苗期的植株长势与抗性及后期产量密切相关。为探索甘蓝型黄籽油菜抗逆性较弱和产量较低的原因,以2对不同遗传来源的甘蓝型黄、黑籽油菜近等基因系为材料,研究了苗期植株的主要生理特性。结果表明,甘蓝型黄籽油菜苗期生长势弱,叶绿素含量和类胡萝卜素含量、光合速率和叶面积指数(LAI)均比相同遗传背景下的黑籽油菜低;与黑籽油菜相比,甘蓝型黄籽油菜无论是在不同的叶龄期,还是在植株的不同部位,均表现出“糖高氮低”的代谢特点,且越冬期叶片的硝态氮含量和硝酸还原酶活性也低;根颈粗和单株干物质重也明显小。甘蓝型黄籽油菜苗期生长势弱,冬前干物质积累偏少,进而影响其春后的生殖生长,这可能是其产量较低的重要原因之一。 展开更多
关键词 甘蓝型黄籽油菜 生理特性 苗期
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一种新的DNA序列进化距离及其应用 被引量：3
2
作者 梁丽萍 解小莉 +3 位作者 程健 王振凤 郭满才 袁志发 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第8期768-776,共9页
为了研究核苷酸变异,通过DNA序列的同源率,建立了DNA序列进化的动力学方程,进而得到了一种新的物种间进化距离dy(选择进化距离).由于核苷酸替代模型有很多,选用其中的4种模型,计算出其相应的选择进化距离dy,该进化距离包含了4种模型下的... 为了研究核苷酸变异,通过DNA序列的同源率,建立了DNA序列进化的动力学方程,进而得到了一种新的物种间进化距离dy(选择进化距离).由于核苷酸替代模型有很多,选用其中的4种模型,计算出其相应的选择进化距离dy,该进化距离包含了4种模型下的p距离、替代率为常数的距离d和替代率服从Г分布的Г距离dG.进一步根据动力学方程的特点,将模型转化为一元线性回归问题,用最小二乘法求得选择模型中的动力学参数b和各核苷酸位点每年的平均替代速率r.以16个物种的线粒体基因序列为例,说明这种新的进化距离并通过构建不同进化距离下的基因进化树来对各进化距离进行比较.结果表明:选择进化距离dy是一种有效的构建进化距离的方法. 展开更多
关键词 选择模型 DNA序列 进化距离 进化树 核苷酸替代模型
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点突变的熵性质 被引量：2
3
作者 马国际 梁丽静 +3 位作者 范彦辉 王文娟 戴家庆 袁志发 《科学通报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第19期2318-2323,共6页
生物多样性是生物群体存在和发展的基础,遗传物质DNA是生物多样性的物质依存,而熵是生物多样性的最好度量.为了了解点突变的熵性质,本研究分别在单参数模型和双参数模型下建立了有限长DNA序列点突变的微分方程模型,得出了4种碱基随世代... 生物多样性是生物群体存在和发展的基础,遗传物质DNA是生物多样性的物质依存,而熵是生物多样性的最好度量.为了了解点突变的熵性质,本研究分别在单参数模型和双参数模型下建立了有限长DNA序列点突变的微分方程模型,得出了4种碱基随世代变化的函数关系式,在分子水平上探讨了点突变的熵性质,证明了生物具有保熵性,生物是朝着多样性增大的方向发展进化的.并利用Matlab软件进行了随机点突变的计算机模拟,直观验证了所得的理论结果. 展开更多
关键词 点突变 Shannon信息熵 生物多样性
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用Perl实现在Windows下本地化运行BLAST 被引量：2
4
作者 范彦辉 陶士珩 《生物信息学》 2008年第4期178-179,共2页
通过编写Perl脚本实现BLAST的本地化运行,使不懂编程的人也能在windows下进行自己的BLAST。
关键词 BLAST Perl序列比对
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相邻位点碱基突变的熵性质
5
作者 张银霞 曹钻 +1 位作者 袁志发 陶士珩 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期43-48,共6页
为了在分子水平上探讨2相邻位点碱基突变的熵性质,在双参数模型下建立有限长DNA序列2相邻位点碱基突变的微分方程模型,得出了16种碱基组成的概率随世代变化的函数关系式,证明2相邻位点碱基突变具有保熵性,生物是朝着熵增方向即多样性增... 为了在分子水平上探讨2相邻位点碱基突变的熵性质,在双参数模型下建立有限长DNA序列2相邻位点碱基突变的微分方程模型,得出了16种碱基组成的概率随世代变化的函数关系式,证明2相邻位点碱基突变具有保熵性,生物是朝着熵增方向即多样性增加的方向进化的;阐明了在单参数模型下相邻位点碱基突变的熵性质亦是如此;该结论也适用于3个相邻位点以及更多相邻位点碱基突变的情况。并利用Matlab软件进行2相邻位点碱基突变的计算机模拟,直观地验证了所得的理论结果。 展开更多
关键词 Shannon信息熵 单参数模型 双参数模型 生物多样性
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大鼠与小鼠内含子中插入、缺失与替换的速度与模式
6
作者 范彦辉 师奇 +4 位作者 陈金锋 王文娟 庞红侠 唐教伟 陶士珩 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第16期1916-1922,共7页
研究了啮齿类动物大鼠与小鼠内含子中插入(insertion)、缺失(deletion)和替换(substitution)发生的速度与模式.结果表明,缺失比插入发生的频率高,在大鼠和小鼠中单个碱基的插入与缺失发生频率最高.插入与缺失发生次数随长度的增加而迅... 研究了啮齿类动物大鼠与小鼠内含子中插入(insertion)、缺失(deletion)和替换(substitution)发生的速度与模式.结果表明,缺失比插入发生的频率高,在大鼠和小鼠中单个碱基的插入与缺失发生频率最高.插入与缺失发生次数随长度的增加而迅速减少,二者的理论分布都符合幂次法则(power-law).在大鼠内含子中,AT→GC的替换频率高于GC→AT,但在小鼠内含子中GC→AT的替换频率高于AT→GC.大鼠与小鼠内含子中存在的缺失偏好表明,由于可能降低转录与剪切的效率,内含子中的插入比缺失更容易受到自然选择的制约.此外,大鼠与小鼠内含子中的替换模式表明,其内含子的组成及GC含量都处于非平衡状态. 展开更多
关键词 插入 缺失 替换 内含子
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基于蛋白质相互作用网络挖掘物种内的功能相似蛋白质 被引量：3
7
作者 宋宝兴 桑青 +1 位作者 王芬 张德礼 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期789-800,共12页
本文基于图论(graph theory)思想挖掘功能相似蛋白质。将蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction network,PPI)转化为图,使用1-hop方法把相互作用网络拆分为子图。应用最短路径法,依次把拆分得到的每一个子图与所有子图进行两... 本文基于图论(graph theory)思想挖掘功能相似蛋白质。将蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction network,PPI)转化为图,使用1-hop方法把相互作用网络拆分为子图。应用最短路径法,依次把拆分得到的每一个子图与所有子图进行两两比对,寻找最优比对结果,挖掘物种内有相似功能的蛋白质。应用该方法对构建的人类蛋白质相互作用网络进行比对,共挖掘到1081对功能相似蛋白质。该方法的特点是数据量偏小、较可靠。计算结果中还出现了一些序列相似度较低、用序列比对的方法难以挖掘到的功能相似蛋白质。通过对结果的分析可以发现,趋同进化和同源有时很难区分。本实验的全部数据、程序和结果可在网站http://bina.biositemap.com上查询。 展开更多
关键词 功能相似蛋白质 同源 蛋白质相互作用网络
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