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4种金花茶叶绿体基因组比较分析 被引量：2
1
作者 丁祥青 李文芳 +5 位作者 吴丽君 陈义堂 王子墨 郑宏 郑航 邹双全 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2023年第3期300-308,共9页
利用全基因组重测序数据组装得到了夏石金花茶等4种金花茶的叶绿体全基因组序列,并进行了注释和比较分析.结果表明,4种金花茶植物叶绿体基因组序列高度相似,约为156657~157046 bp,均预测注释134个基因,包含89个蛋白编码基因、8个rRNA和3... 利用全基因组重测序数据组装得到了夏石金花茶等4种金花茶的叶绿体全基因组序列,并进行了注释和比较分析.结果表明,4种金花茶植物叶绿体基因组序列高度相似,约为156657~157046 bp,均预测注释134个基因,包含89个蛋白编码基因、8个rRNA和37个tRNA;金花茶植物的叶绿体基因组在结构和进化上具有保守性,它们具有相似的密码子偏好性且均未发生大面积的倒位和基因重排;通过叶绿体基因组的比较分析和核苷酸多态性分析发掘了rps16和ycf1等高变异片段,这些片段可作为金花茶植物的分子标记;基于金花茶叶绿体基因组数据构建的系统进化树具有较高的支持度,说明金花茶叶绿体基因组序列的公布对其系统发育的研究具有重要意义. 展开更多
关键词 金花茶植物 叶绿体基因组 密码子偏好性 多态性分析 分子标记 SSR 系统发育分析
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栀子TPS基因家族鉴定及与萜类物质代谢的相关性分析
2
作者 李金燃 张麒功 +3 位作者 陈丝雨 陈淑颖 陈清海 邹双全 《沈阳农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期66-78,共13页
TPS基因家族是萜类化合物合成的末端关键酶,在栀子花香的形成中起重要作用。为了明确栀子TPS基因家族成员的基本特征,利用生物信息学方法对栀子TPS基因进行家族成员鉴定;通过外源激素喷施试验进行转录组测序,结合顶空固相微萃取和气相色... TPS基因家族是萜类化合物合成的末端关键酶,在栀子花香的形成中起重要作用。为了明确栀子TPS基因家族成员的基本特征,利用生物信息学方法对栀子TPS基因进行家族成员鉴定;通过外源激素喷施试验进行转录组测序,结合顶空固相微萃取和气相色谱-质谱联用技术,分析不同外源激素浓度下栀子花朵TPS基因家族成员表达水平和代谢物含量变化关系。结果表明:从栀子基因组中共鉴定获得GjTPS家族成员41个,编码氨基酸380~849个,含有外显子5~15个不等,GjTPS家族成员定位在叶绿体中,并且不均匀地分布在10条染色体上;共线性分析表明栀子与其同科植物中粒咖啡的TPS基因有更近的亲缘关系。系统发育分析结果显示GjTPS基因分为5个亚家族,TPS-a、TPS-b亚家族包含了大多数GjTPS家族成员。GjTPS家族成员的大多数启动子顺式作用元件在植物激素响应类别中,并且包含MYC基序的茉莉酸甲酯响应元件是其中大类;通过转录组数据得到GjTPS02、GjTPS12、GjTPS14、GjTPS20、GjTPS21、GjTPS22这6个基因在各处理的表达量较高。对基因表达量与萜类物质含量变化进行相关性分析,发现1.25 mmol·L^(-1)的茉莉酸甲酯有助于栀子TPS基因家族成员的表达及萜类物质的释放;GjTPS12、GjTPS14、GjTPS20、GjTPS21、GjTPS22这5个基因可能参与栀子花香调控。本研究结果可为后续栀子TPS基因家族功能特性研究提供借鉴。 展开更多
关键词 栀子 萜类合成酶 基因家族 生物信息学 挥发性萜类物质
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香樟bZIP基因家族鉴定及表达分析
3
作者 朱渊铭 张培兰 +3 位作者 林宇清 陈丝雨 苏宝川 邹双全 《扬州大学学报（农业与生命科学版）》 CAS 北大核心 2024年第3期44-54,81,共12页
碱性亮氨酸拉链(bZIP)基因能响应多种非生物胁迫,为探究香樟(Cinnamomum camphora)bZIP基因是否具有调控非生物胁迫的能力,对其进行全基因组鉴定和系统进化分析,并分析其保守基序、基因结构、保守结构域、理化性质及顺式作用元件。结果... 碱性亮氨酸拉链(bZIP)基因能响应多种非生物胁迫,为探究香樟(Cinnamomum camphora)bZIP基因是否具有调控非生物胁迫的能力,对其进行全基因组鉴定和系统进化分析,并分析其保守基序、基因结构、保守结构域、理化性质及顺式作用元件。结果表明:香樟中共有56个bZIP基因(CcbZIP),分为10个亚族。同一亚家族的基因保守基序相似,而不同亚家族的基因保守基序存在较大差异。56个CcbZIP基因不均匀地分布在12条染色体上,且存在片段复制事件,香樟与毛果杨(Populus trichocarpa)的共线基因最多。CcbZIP基因家族含有光响应元件最多,还含有大量干旱、低温、厌氧等非生物胁迫响应元件和激素类响应元件。表达量分析显示,土壤肥力差的环境下多数CcbZIP基因在枝和叶中高表达,施肥后土壤肥力增强而基因表达量降低。 展开更多
关键词 香樟 bZIP基因 生物信息学 表达量 非生物胁迫
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圆齿野鸦椿YABBY基因家族鉴定及功能分析 被引量：2
4
作者 陈淑颖 李一凡 +3 位作者 曾伟伟 李金燃 高艺闻 邹双全 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2023年第3期303-310,共8页
YABBY基因家族在叶片、花器官、果实等生长发育方面具有调节功能。为了明确圆齿野鸦椿YABBY基因家族成员的基本特征,利用生物信息学手段对圆齿野鸦椿YABBY基因家族进行鉴定及功能分析。结果表明:在圆齿野鸦椿基因组中共鉴定出9个YABBY基... YABBY基因家族在叶片、花器官、果实等生长发育方面具有调节功能。为了明确圆齿野鸦椿YABBY基因家族成员的基本特征,利用生物信息学手段对圆齿野鸦椿YABBY基因家族进行鉴定及功能分析。结果表明:在圆齿野鸦椿基因组中共鉴定出9个YABBY基因,非均匀分布在5条染色体上,通过系统发育树将其划分为5个亚族:FIL/YAB3、INO、YAB2、YAB5和CRC,多数基因有8个内含子。圆齿野鸦椿YABBY基因家族的主要扩增方式为片段复制。圆齿野鸦椿YABBY基因家族的表达具有组织特异性,EkYABBY3、EkYABBY7和EkYABBY8分别在胚胎、雌蕊和雄蕊进行了高表达,EkYABBY9在花蕾和花瓣+萼片上进行了低表达,在其他组织进行了高表达。YABBY基因启动子2000 bp处含有多个非生物胁迫响应和激素响应元件,如光响应元件、赤霉素响应元件。圆齿野鸦椿种子发芽率低且具有深休眠现象,研究发现INO类基因和YAB2类基因在其种子发育过程中发挥重要作用,本研究结果为进一步深入研究YABBY基因家族对圆齿野鸦椿种子发育的生物学功能提供科学依据。 展开更多
关键词 圆齿野鸦椿 YABBY基因家族 生物信息学 系统进化分析
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圆齿野鸦椿Hsp20基因家族鉴定及功能分析 被引量：2
5
作者 李一凡 丁乐 +3 位作者 陈淑颖 曾姣艳 蔡丽娟 邹双全 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2023年第2期211-221,共11页
为了探究圆齿野鸦椿Hsp20基因在强光、高温胁迫中的作用,利用生物信息学的方法对圆齿野鸦椿Hsp20基因家族进行全基因组鉴定,并从理化性质、系统进化、保守基序及基因结构、染色体定位及物种间共线性、顺式作用元件预测、蛋白网络互作和... 为了探究圆齿野鸦椿Hsp20基因在强光、高温胁迫中的作用,利用生物信息学的方法对圆齿野鸦椿Hsp20基因家族进行全基因组鉴定,并从理化性质、系统进化、保守基序及基因结构、染色体定位及物种间共线性、顺式作用元件预测、蛋白网络互作和表达模式等方面进行分析.结果表明:圆齿野鸦椿含有32个Hsp20基因,分布在9条染色体中,分为5个大家族和12个亚家族,多数基因有1个内含子.EkHsp20家族的主要扩增方式为片段复制.圆齿野鸦椿含有多个非生物胁迫响应元件和激素类响应元件,如光响应元件、脱落酸响应元件等.表达量分析结果表明,圆齿野鸦椿Hsp20基因与Hsp101基因有蛋白网络互作关系.ER家族是一类提高植株的抗冷性的基因,圆齿野鸦椿基因组中缺失ER基因家族,这可能与其不耐寒相关.根据高温、持续强光导致叶片蜷缩的现象,结合EkHsp20-04、EkHsp20-20、EkHsp20-25在系统发育树中与拟南芥Hsp17.6b聚合在一起、与拟南芥Hsp101呈现蛋白互作关系,且均为CⅠ家族成员,推测EkHsp20-20、EkHsp20-04、EkHsp20-25可能是促使圆齿野鸦椿在高温条件下产生自我防御行为的主要基因. 展开更多
关键词 圆齿野鸦椿 Hsp20 生物信息学 基因家族
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干旱胁迫对栀子叶绿素荧光参数及生理生化指标的影响 被引量：1
6
作者 蔡宗鑫 陈清海 +2 位作者 阮学瑞 练芳松 邹双全 《亚热带农业研究》 2023年第3期179-187,共9页
[目的]探究干旱胁迫对栀子叶绿素荧光参数及生理生化指标的影响,为栀子的栽培管理及品种选育提供参考。[方法]以‘灵地珍栀’无性系扦插苗为试材,设置轻度、中度和重度干旱胁迫处理(土壤相对含水量分别为55%~60%、40%~45%和20%~25%),以... [目的]探究干旱胁迫对栀子叶绿素荧光参数及生理生化指标的影响,为栀子的栽培管理及品种选育提供参考。[方法]以‘灵地珍栀’无性系扦插苗为试材,设置轻度、中度和重度干旱胁迫处理(土壤相对含水量分别为55%~60%、40%~45%和20%~25%),以土壤相对含水量75%~80%为对照(CK),比较干旱胁迫10、20、30 d各处理栀子的叶绿素荧光参数及生理生化指标。[结果]随着干旱胁迫时间的延长,各处理初始荧光产量(F_(0))、最大荧光产量(F_(m))和过氧化氢酶(CAT)活性均呈先上升后下降趋势,超氧化物歧化酶(SOD)活性则先下降后上升;除CK外,各处理可溶性蛋白含量均呈先上升后下降趋势;轻度与中度干旱胁迫下,最大光化学量子产量(F_(v)/F_(m))、PSⅡ量子效率(F_(v)/F_(0))波动上升,重度胁迫则呈下降趋势;中度与重度干旱胁迫下,丙二醛(MDA)含量持续上升。随着胁迫加剧,不同胁迫时间下F_(0)、F_(m)总体上呈下降趋势,MDA含量、POD活性总体上呈上升趋势,可溶性蛋白、Pro含量和CAT活性则先上升后下降。[结论]栀子具有一定的耐旱性,中度干旱胁迫可能是栀子耐旱的临界点;重度干旱会导致栀子叶片的电子传递活动受抑制,从而降低光合活性,影响光合速率。 展开更多
关键词 栀子 干旱胁迫 叶绿素荧光参数 抗氧化活性酶 渗透调节物质
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秋茄和桐花树 HDACs基因家族鉴定及特征分析 被引量：1
7
作者 肖琳 乐易迅 +2 位作者 孙维红 张培兰 邹双全 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2022年第2期184-192,共9页
组蛋白去乙酰化酶(HDACs)能积极响应多种非生物胁迫,为了解红树植物秋茄(Kandelia candel)和桐花树(Aegiceras corniculatum)HDACs基因是否参与非生物胁迫,对秋茄和桐花树进行了HDACs全基因组鉴定和进化分析。结果表明,秋茄和桐花树中... 组蛋白去乙酰化酶(HDACs)能积极响应多种非生物胁迫,为了解红树植物秋茄(Kandelia candel)和桐花树(Aegiceras corniculatum)HDACs基因是否参与非生物胁迫,对秋茄和桐花树进行了HDACs全基因组鉴定和进化分析。结果表明,秋茄和桐花树中分别鉴定出13和11个HDACs家族成员,分为RPD3/HDA1、SIR2和HD2共3个亚家族,每个亚家族都具有相似的基因结构和保守的结构域。染色体定位分析发现,秋茄和桐花树HDACs进化均以纯化选择为主。启动子分析发现,秋茄和桐花树HDACs具有多种类型顺式作用元件,其中以激素和光响应相关的元件为主。对无规则卷曲占比高达65%的HD2亚家族进行序列比对发现,其序列N端都缺少保守五肽基序(MEFWG)保守区域,且多被酸性或碱性氨基酸包围。表达量分析结果表明,与拟南芥(Arabidopsis thaliana)HD2亚家族聚类紧密的KcHDT2和AcoHDT1基因在根和果实中高表达,而HD2基因多是参与植物调控耐盐、缺氧及抗强光等胁迫过程的基因。综合分析可知,秋茄和桐花树HDACs家族成员在结构及功能上兼具保守性和特异性,HD2亚家族成员在响应非生物胁迫方面具有潜在功能。 展开更多
关键词 红树植物 秋茄 桐花树 组蛋白去乙酰化酶 全基因组鉴定 系统进化分析 生物信息学
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