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五种植被覆盖下红壤的细菌群落结构组成及其特征 被引量：5
1
作者 黎烨 雷少楠 +6 位作者 程志强 张婷 金玲月 舒琳 林春梅 赵珂 田宝玉 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2020年第2期231-239,共9页
采用16S rDNA扩增子测序方法探究了5种植被[艾草(Artemisia argyi)、一年蓬(Erigeron annuus)、马唐(Digitaria sanguinalis)、鬼针草(Bidens pilosa)和飞扬草(Euphorbia hirta)]根际的微生物群落.结果表明,变形杆菌(37.8%±2.1%)... 采用16S rDNA扩增子测序方法探究了5种植被[艾草(Artemisia argyi)、一年蓬(Erigeron annuus)、马唐(Digitaria sanguinalis)、鬼针草(Bidens pilosa)和飞扬草(Euphorbia hirta)]根际的微生物群落.结果表明,变形杆菌(37.8%±2.1%)、酸杆菌门(17.7%±3.8%)和拟杆菌门(16.5%±6.15%)为此片红壤的主要优势菌群.植被类型在一定程度上影响了根际土壤细菌群落丰度及多样性.在门水平,鬼针草土样中的拟杆菌门和硝化螺旋菌门、一年蓬土样中的放线菌门相对富集;在目水平,假单胞菌目和噬纤维菌目分别在艾草土样和鬼针草土样中相对富集.样本共有的OTUs数目约占各个样本OTUs总数的50%,各样品特有的OTUs占比1%~4%.不同植被覆盖下土样细菌的α-多样性指数无显著性差异,飞扬草土样的物种丰度(Chao1=2388)和多样性指数(H′=9.508)略高于其它样品,艾草土样的物种丰度(Chao1=2154)和多样性指数最低(H′=8.964).PCoA与OTU聚类分析显示,鬼针草土样与飞扬草土样的群落组成最为相似,马唐土样与前二者差异最大.结果表明,不同植被下红壤细菌菌群物种组成和多样性相对稳定,但不同植被条件会造成土壤中细菌种群在丰度和个别物种上的差异,表现出各自独特的物种特征. 展开更多
关键词 红壤 土壤微生物 宏基因组学 群落结构 物种多样性
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番茄根内生细菌的促生及其优势种群的筛选和分析 被引量：4
2
作者 黎烨 熊娟 +3 位作者 张婷 金玲月 桂楚伊 田宝玉 《福建农业科技》 2019年第11期17-24,共8页
以从番茄植株分离出的46株内生细菌为研究对象,采用番茄根内生细菌单独侵染番茄种子,并研究其对番茄植株生长的影响,进一步利用测试内生细菌的16S rDNA序列结合之前公开番茄根内核心OTU(Operational Taxonomic Unit)序列构建系统发育树... 以从番茄植株分离出的46株内生细菌为研究对象,采用番茄根内生细菌单独侵染番茄种子,并研究其对番茄植株生长的影响,进一步利用测试内生细菌的16S rDNA序列结合之前公开番茄根内核心OTU(Operational Taxonomic Unit)序列构建系统发育树,分析主要促生长内生细菌的种类与丰度。促生试验表明,测试内生细菌均对番茄植株鲜重均有促进作用,其中芽孢杆菌(3株)、假单胞菌(2株)、黄单胞菌(1株)以及根瘤菌(2株)对番茄植株的鲜重具有显著性促进(P<0.05),而GF12与对照相比对鲜重的促进最为显著(P<0.01),GF12内生细菌对番茄植株鲜重的增加为对照的1.69倍;对株高具有显著性促进的内生菌株共有9株,分属芽孢杆菌(5株)、假单胞菌(2株)、黄单胞菌(1株)以及根瘤菌(1株),与对照相比CZ29在促进株高伸长极显著(P<0.01),CZ29侵染后番茄株高为对照组的1.46倍;此外,测试内生细菌中8株促进番茄根的伸长,其中MR56、GF12和CZ29侵染后的番茄根长比对照组根长超出15%以上。对46株内生细菌16S rDNA序列与番茄根内生细菌前100核心OTU序列进行系统发育分析结果表明,测试内生细菌聚类到假单胞菌目、肠杆菌目、根瘤菌目、伯克氏菌目、芽孢杆菌目、黄单胞菌目以及黄杆菌目。此外聚类到假单胞菌目和根瘤菌目的内生细菌分别与番茄根内高丰度的OTU_3(Pseudomonas)和OTU_23(Rhizobium)聚在一起,表明测试假单胞菌以及根瘤菌是番茄根内主要促生效果的核心类微生物。分离到的具有促生的芽孢杆菌种类最多,但假单胞菌和根瘤菌在根内丰度较高,作为健康番茄根内生微生物组中最主要的群体,因此芽孢杆菌、假单胞菌以及根瘤菌具有巨大促生潜力,可以作为生物菌肥探索为宿主提供营养,并合理开发利用微生物资源以更好发展农业。 展开更多
关键词 番茄 内生细菌 盆栽 促生长 优势种群
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患根结线虫病番茄根内生固氮菌的筛选、鉴定和系统发育分析 被引量：5
3
作者 金玲月 路晶晶 +6 位作者 冯燕辉 张沁怡 吴寒 李容丹 黄薇 蓝灿华 田宝玉 《福建农业科技》 2020年第12期46-51,共6页
植物内生固氮菌能通过自身的固氮作用,把空气中的氮气转化为植物可利用的氨态氮,促进植物生长以及提高作物产量。以患根结线虫病的番茄根组织为材料,采用梯度稀释和划线法分离纯化番茄根内生菌,通过无氮固体培养基连续培养筛选固氮菌,... 植物内生固氮菌能通过自身的固氮作用,把空气中的氮气转化为植物可利用的氨态氮,促进植物生长以及提高作物产量。以患根结线虫病的番茄根组织为材料,采用梯度稀释和划线法分离纯化番茄根内生菌,通过无氮固体培养基连续培养筛选固氮菌,并扩增固氮细菌的16S rRNA基因序列进行鉴定和系统发育分析,初步了解患根结线虫病的番茄根内菌的种类和分布。结果表明,在挑选和分离纯化得到的33株番茄根内生菌中,经过在无氮培养基平板上连续的传代培养,最终得到3株具有稳定固氮能力的内生菌株。分子鉴定和序列分析表明筛选出的内生固氮菌菌株中包括8株芽孢杆菌、1株黄单胞菌和1株根瘤菌。与先前发表的番茄根内生菌优势OTU的聚类分析结果表明,根瘤菌是患根结线虫病番茄根中优势的内生固氮菌种群。 展开更多
关键词 根结线虫 番茄根 内生固氮菌 筛选 分子鉴定
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接种2种不同促生菌对番茄根菌群结构及多样性的影响 被引量：2
4
作者 冯燕辉 熊娟 +6 位作者 黎烨 张婷 程林洁 金玲月 张沁怡 蓝灿华 田宝玉 《福建农业科技》 CAS 2021年第6期6-14,共9页
为了解析具有不同IAA分泌特性的促生菌在植物体内的存在模式及其促生机制。以不可产IAA的植物促生菌Lysinibacillus xylanilyticus CZ29和可产IAA的植物促生菌Rhizobium radiobacter GF12为材料,分别接种于盆栽新中蔬四号番茄幼苗根部,... 为了解析具有不同IAA分泌特性的促生菌在植物体内的存在模式及其促生机制。以不可产IAA的植物促生菌Lysinibacillus xylanilyticus CZ29和可产IAA的植物促生菌Rhizobium radiobacter GF12为材料,分别接种于盆栽新中蔬四号番茄幼苗根部,以不接种菌株为对照,采用基于细菌16S rRNA基因V5~V7可变区高通量测序的方法,分析2种不同促生菌在植物根内定植情况及其对生长得到促进的植物根内生菌菌群结构和多样性的影响。结果显示:接种2株促生细菌之后,这2株促生菌在生长得到促进的植物根内的定植量无显著变化,说明促生菌接种的促生长作用并非是通过接种促生菌的定植量增加而实现。且经2种不同促生菌分别接种处理后生长得到促进的番茄根内生菌物种丰富度(Chao1指数)以及细菌多样性(Shannon指数)相对于对照以及相互之间均没有显著差异性(P>0.05),表明这2株促生菌的促生长作用与内生菌菌群丰富度和多样性没有直接联系。基于OTU水平的层次聚类和PLS-DA等分析表明,2株促生菌接种均可显著影响番茄根内生菌菌群结构组成,导致原有的内生菌菌群平衡被打破但其具体的影响不同。其中,接种不可产IAA的植物促生菌L.xylanilyticus CZ29的组别中Roseateles、Sphingobium和Rhizobium益生菌受到显著富集;Myroides、Chryseobacterium、Achromobacter及Strenotrophomonas致害菌被显著抑制(P<0.05)。接种可产IAA的植物促生菌R.radiobacter GF12的组别中各菌属菌群平均丰度与对照相比波动都不明显,菌群结构与对照更为相似并表现出内生菌菌群结构组成更加稳定的特点。因此推测,不可产IAA的植物促生菌L.xylanilyticus CZ29是通过富集益生菌抑制有害菌从而促进植物生长。可产IAA的植物促生菌R.radiobacte GF12则是通过同时上调植物内生菌各主要菌群的丰度从而构建更加稳定的内生菌群增大植物的抗刺激能力及分泌IAA而促进� 展开更多
关键词 植物促生菌 接种 内生菌 菌群结构 高通量测序
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CCL2高表达与低级别胶质瘤患者不良预后的相关性
5
作者 黄志杰 马月龙 陈雅娟 《医学信息》 2022年第15期7-13,共7页
目的分析趋化因子配体2(CCL2)与低级别胶质瘤(LGG)不良预后的相关性,构建用于评估LGG患者的CCL2相关基因预后模型。方法通过GEPIA数据库与TCGA数据库中分别获得TCGA癌症数据以及LGG样本信息。鉴定LGG组织中与CCL2存在共表达关系的基因,... 目的分析趋化因子配体2(CCL2)与低级别胶质瘤(LGG)不良预后的相关性,构建用于评估LGG患者的CCL2相关基因预后模型。方法通过GEPIA数据库与TCGA数据库中分别获得TCGA癌症数据以及LGG样本信息。鉴定LGG组织中与CCL2存在共表达关系的基因,并且对这些基因进行KEGG通路与GO功能富集分析、Cox单因素生存分析、蛋白质相互作用网络构建、对潜在预后模型的相关基因筛选并构建风险评分预后模型、对评分模型的预后区分能力评估。结果总共鉴定了1333个CCL2共表达基因,分析CCL2在LGG中的表达及预后,发现CCL2在LGG中表达显著增强。富集分析结果显示CCL2共表达基因主要集中在免疫相关信号通路。构建了包含31个CCL2相关基因的预后模型,生存分析结果表明,高风险评分与LGG患者的不良预后相关,ROC曲线表明该模型具有良好的准确性。风险评分相关的nomogram的1、3和5年生存率的AUC值分别为0.93、0.91和0.888,显示该模型具有较好的预后区分能力。结论CCL2高表达与LGG预后不良密切相关,是评估LGG预后的有效指标,本研究成功构建了用于评估LGG患者预后的CCL2相关基因预后模型。 展开更多
关键词 低级别胶质瘤 CCL2 WGCNA 免疫 预后
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