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中国水仙可溶性淀粉合成酶基因NtSSS的克隆和表达分析 被引量：3
1
作者 董建涛 张璐 +4 位作者 姚馨婷 胡少红 武丹 吴菁华 张志忠 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2018年第21期6915-6920,共6页
以中国水仙‘金盏银台’的花芽为实验材料,采用RT-PCR技术克隆获得可溶性淀粉合成酶基因NtSSS,开放阅读框1 860 bp,编码620个氨基酸。生物信息学分析表明NtSSS编码的氨基酸序列中包含有2个保守基序-淀粉合成酶催化域(Glyco_transf_5)和... 以中国水仙‘金盏银台’的花芽为实验材料,采用RT-PCR技术克隆获得可溶性淀粉合成酶基因NtSSS,开放阅读框1 860 bp,编码620个氨基酸。生物信息学分析表明NtSSS编码的氨基酸序列中包含有2个保守基序-淀粉合成酶催化域(Glyco_transf_5)和活性糖基转移域(Glycos_transf_1),其氨基酸序列与凤梨、小兰屿蝴蝶兰和拟兰等单子叶植物较为相似,而与芦笋SSS蛋白的亲缘关系最近。通过荧光定量PCR技术分析了NtSSS在中国水仙不同组织器官和花芽分化不同发育阶段的表达模式,结果表明NtSSS在花蕾中的表达量显著高于茎、叶、根和成熟花中的表达量;在花芽分化发育期NtSSS基因的表达量较低,而在花器官发育期表达量较高,显示出NtSSS基因与中国水仙花器官的发育有关。 展开更多
关键词 中国水仙 NtSSS基因 花器官发育
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蕹菜耐受长时间高温后的miRNA分析 被引量：10
2
作者 王杏茹 李文静 +4 位作者 陈冰星 刘涛 尚维 赖钟雄 郭容芳 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期486-498,共13页
miRNA是广泛存在于真核生物体内的一类长度为20～24 nt的小分子非编码RNA,在植物生长发育和逆境适应过程中发挥重要作用。蕹菜(Ipomoea aquatica)可以耐受长时间高温,而其miRNA还未被鉴定,其在耐受长时间高温后的作用还未知。以蕹菜耐... miRNA是广泛存在于真核生物体内的一类长度为20～24 nt的小分子非编码RNA,在植物生长发育和逆境适应过程中发挥重要作用。蕹菜(Ipomoea aquatica)可以耐受长时间高温,而其miRNA还未被鉴定,其在耐受长时间高温后的作用还未知。以蕹菜耐热性强的品种‘泰国三叉’和耐热性差的品种‘柳叶’为材料,经42℃高温处理15d后分别构建两个高质量sRNA库,经检测两个库中碱基质量值大于或等于30的序列数量均超过17.3Mb,且‘泰国三叉’中24nt的序列数量远远高于‘柳叶’。与蕹菜转录组比对分析后,分别得到1 363 258和1 629 209条序列,两个库共有的序列仅有1 047 133条(11.36%),说明耐热性不同的蕹菜中s RNA有很大差别。共鉴定出蕹菜中存在71个miRNA,其中差异表达的有22个,通过TargetFinder预测其靶基因,共得到233个靶基因。进一步以耐热性强的品种‘本地三叉’和耐热性弱的品种‘竹叶’为材料研究其在长时间高温后miR160、miR166、miR172、miR393和miR3627前体的差异表达量,结果表明,高温后两品种中pre-miR160-2的表达都显著上调,但是不耐热的‘竹叶’中上调的倍数更多;mi R166在耐热性强的‘本地三叉’中表达量下降,在耐热性较差的‘竹叶’中表达量显著上升;miR172可以被长时间高温诱导,但在耐热性不同的两个品种蕹菜中并没有差异;miR3627的表达量在耐热蕹菜‘本地三叉’中下降,在不耐热蕹菜‘竹叶’中没有明显变化。miRNA前体表达模式的差异说明其在蕹菜耐受长时间高温过程中的作用机制不同。 展开更多
关键词 蕹菜 长时间高温 miR160 miR166 miR393
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芥蓝SPL基因家族鉴定及表达分析 被引量：5
3
作者 曾东琳 唐为玲 +3 位作者 曾家晶 Gefu WANG-PRUSKI 赖钟雄 郭容芳 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期361-370,共10页
SPL存在于所有绿色植物中,在植物生长发育及叶片形成中起着重要的作用。该研究以‘改良香菇’芥蓝为材料,采用生物信息学方法,对芥蓝SPL家族(BoSPL)进行全基因组鉴定及分析;采用PCR技术克隆BoSPL3-1、BoSPL10-2和BoSPL11-2基因,并对芥... SPL存在于所有绿色植物中,在植物生长发育及叶片形成中起着重要的作用。该研究以‘改良香菇’芥蓝为材料,采用生物信息学方法,对芥蓝SPL家族(BoSPL)进行全基因组鉴定及分析;采用PCR技术克隆BoSPL3-1、BoSPL10-2和BoSPL11-2基因,并对芥蓝不同生长时期及不同组织部位进行定量分析,为揭示‘改良香菇’芥蓝叶片发育过程的分子机制以及培育芥蓝新品种奠定基础。结果表明:(1)BoSPL家族共有31个成员,编码区蛋白质氨基酸长度在157~1028 aa之间,BoSPL蛋白质的氨基酸均没有信号肽,属于非分泌蛋白;亚细胞定位预测结果显示,所有的BoSPL家族成员均有定位在细胞核上,少数成员有定位在液泡、叶绿体和细胞质中;BoSPL家族基因包含内含子数量为1~9个,所有成员均包含SBP保守结构域;系统进化分析显示,BoSPL可以分为8个进化群亚组,各群基因数量不等,且BoSPL进化关系与AtSPL相似。(2)成功克隆到BoSPL3-1、BoSPL10-2和BoSPL11-2基因,并成功构建pCAMBIA1302-35S-BoSPL3-1-GFP、pCAMBIA1302-35S-BoSPL10-2-GFP和pCAMBIA1302-35S-BoSPL11-2-GFP重组质粒,经根癌农杆菌GV3101介导瞬时转化烟草下表皮细胞,激光共聚焦显微镜检测表明,BoSPL3-1、BoSPL10-2和BoSPL11-2均定位在细胞核中,与预测结果一致。(3)qRT-PCR分析显示,BoSPL3-1、BoSPL10-2和BoSPL11-2在‘改良香菇’芥蓝叶片中相对表达量均较高,但3个基因在叶肉中的相对表达量无明显差异,而BoSPL10-2在花状变形叶中却显著高表达,推测其可能与花状变形叶形成相关。 展开更多
关键词 芥蓝 BoSPL 全基因组鉴定 亚细胞定位
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芥蓝MAM基因家族成员鉴定、分析及表达
4
作者 陈家璇 陈泽源 +2 位作者 赵怡娇 Wang-Pruski Gefu 郭容芳 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期491-497,共7页
在甘蓝(Brassica oleracea)基因组中鉴定了10个芥蓝(Brassica alboglabra)MAM家族基因,进行生物信息学分析并利用qRT-PCR检测BoMAM在芥蓝6个部位的表达情况.理化性质分析表明,10个BoMAM蛋白序列长度为191-623 aa,相对分子量为21 385.73-... 在甘蓝(Brassica oleracea)基因组中鉴定了10个芥蓝(Brassica alboglabra)MAM家族基因,进行生物信息学分析并利用qRT-PCR检测BoMAM在芥蓝6个部位的表达情况.理化性质分析表明,10个BoMAM蛋白序列长度为191-623 aa,相对分子量为21 385.73-67 608.93,理论等电点pI介于5.70-9.43之间;拟南芥(Arabidopsis thaliana)、番茄(Solanum lycopersicum)、芜青(Brassica rapa)、油菜(Brassica napus)和芥蓝的MAM基因家族系统进化树分析显示MAM家族基因可分成2类4个亚家族,物种中MAM基因的亲缘关系符合期望的物种间系统进化关系;MEME分析表明10个BoMAM基因都具有HMGL-like结构域的保守基序结构;染色体定位和进一步分析表明芸薹属全基因组三倍乘事件对BoMAM家族的形成起到重要作用;启动子分析表明BoMAM启动子区域中包含大量光响应、激素响应和逆境响应相关顺式作用元件;qRT-PCR结果表明成员BoMAM1/2/7在种荚中的表达极高,BoMAM8/9在各部位中均有表达;相关性分析结果显示,BoMAM1与BoMAM2、BoMAM1与BoMAM7、BoMAM2与BoMAM7、BoMAM3与BoMAM8、BoMAM8与BoMAM9基因两两之间呈极显著相关(P <0.01),表明MAM基因相互间密切相关,可能存在协同作用.本研究表明全基因组加倍、串联重复和片段丢失可能是BoMAM家族演变的动力,且家族成员可能受到光、激素和逆境调控而参与芥子油苷合成.(图5表3参43) 展开更多
关键词 芥蓝 MAM基因家族 芥子油苷 生物信息学 表达分析
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芥蓝AOP基因家族生物信息学分析 被引量：1
5
作者 赵怡娇 唐为玲 +2 位作者 李尊文 赖钟雄 郭容芳 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1653-1661,共9页
芥子油苷(GS)是一类植物次生代谢产物,其多样性是由特定氨基酸前体延伸和侧链修饰所致.在侧链修饰过程中,AOP2和AOP3被证明可催化甲基亚磺酰基烷基GS分别形成烯基和羟烷基GS.为了解芥蓝(Brassica alboglabra)AOP基因家族成员编码2-氧化... 芥子油苷(GS)是一类植物次生代谢产物,其多样性是由特定氨基酸前体延伸和侧链修饰所致.在侧链修饰过程中,AOP2和AOP3被证明可催化甲基亚磺酰基烷基GS分别形成烯基和羟烷基GS.为了解芥蓝(Brassica alboglabra)AOP基因家族成员编码2-氧化戊二酸双加氧酶的生物学功能,利用鉴定的家族成员进行蛋白质理化性质、蛋白质保守结构、基因结构、染色体定位、共线性关系、系统进化树、启动子顺式作用元件以及编码蛋白互作预测的生物信息学分析.结果显示芥蓝中有17个AOP基因家族成员,蛋白质分子量为34 106.15-51 346.77,属酸性非分泌蛋白质,分布在6条染色体上;系统进化树分析结果显示AOP基因家族可分为两大类;成员均包含DIOX_N和FE2OG_OXY结构域,Motif相对保守;成员启动子可能有多个转录起始位点,包含非生物胁迫应激响应元件及MYB结合位点,推测MYB可能通过调控AOP进而调控芥蓝GS代谢;AOP基因家族编码蛋白间不互作,与MYB、NDUF等蛋白互作;AOP家族成员间有3对共线性关系,与拟南芥基因组和芜菁基因组之间分别存在9对、20对共线性关系.本研究表明芥蓝17个AOP基因家族成员在功能上存在差异,且该家族成员参与光、多种激素信号和MYB转录因子复杂的调控网络,结果可为今后人工调控芥蓝GS组分和含量提供理论依据. 展开更多
关键词 芥蓝 AOP基因家族 成员鉴定 功能分析
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