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靶向测序基因型检测(GBTS)技术及其应用 被引量:55
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作者 徐云碧 杨泉女 +10 位作者 郑洪建 许彦芬 桑志勤 郭子锋 彭海 张丛 蓝昊发 王蕴波 吴坤生 陶家军 张嘉楠 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第15期2983-3004,共22页
借助于分子标记进行基因型检测的技术在生物遗传改良等领域发挥着重要的作用。国际跨国种业公司凭借其高通量、自动化、大规模的共享检测平台,基因型检测技术得到广泛应用。随着从3G时代的高成本固相芯片和随机测序式基因型检测(genotyp... 借助于分子标记进行基因型检测的技术在生物遗传改良等领域发挥着重要的作用。国际跨国种业公司凭借其高通量、自动化、大规模的共享检测平台,基因型检测技术得到广泛应用。随着从3G时代的高成本固相芯片和随机测序式基因型检测(genotyping by sequencing,GBS)发展到成本低、对检测平台要求较低、基于靶向测序基因型检测(genotyping by target sequencing,GBTS)的液相芯片,基因型检测技术完成了向4G时代的转变。在本文中首先介绍了两项最新的GBTS技术(基于多重PCR的GenoPlexs和基于液相探针捕获的GenoBaits)及其原理。同时,发展了可以在单个扩增子内检测多个SNP,称之为多聚单核苷酸多态性(multiple single-nucleotide-polymorphism cluster,mSNP或multiple dispersed nucleotide polymorphism,MNP)的技术,极大地提高了目标位点(扩增子)内变异的检测效率。与GBS和固相芯片相比,GBTS技术具有平台广适性、标记灵活性、检测高效性、信息可加性、支撑便捷性和应用广谱性。同一款标记集(例如玉米40K mSNP),可以获得3种不同的标记形式(40K mSNP、260K SNP和754K单倍型);并可以根据应用场景的需求,通过控制测序深度获得多种不同的标记密度(1-40K mSNP)。GenoPlexs和GenoBaits 2种技术相结合,可广泛应用于生物进化、遗传图谱构建、基因定位克隆、标记性状关联检测(全基因组关联分析——GWAS和混合样本分析——BSA)、后裔鉴定、基因渐渗、基因累加、品种权保护、品种质量监测、转基因成分/基因编辑/伴生生物检测等领域。目前,已经在20余种主要农作物、蔬菜以及部分动物和微生物中开发了GBTS标记50余套,并已广泛应用于上述领域。最后,展望了与未来GBTS应用相关的几个问题,包括便携式、自动化、高通量、智能化检测平台;根据用户需求定制的可变密度、多功能分子检测;GBTS与其他技术(KASP、高密度芯片� 展开更多
关键词 靶向测序基因型检测(GBTS) 多重PCR 液相探针 多聚单核苷酸多态性(mSNP) 多个分散型核苷酸多态性(MNP) 单倍型 遗传改良 开源育种
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应用分子标记技术改进作物品种保护和监管 被引量:26
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作者 徐云碧 王冰冰 +2 位作者 张健 张嘉楠 李建生 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期1853-1870,共18页
植物品种保护是植物品种知识产权的重要组成部分。品种特异性、一致性和稳定性(distinctness,uniformity,and stability,DUS)检测和实质性派生品种(essentially derived variety,EDV)评价是植物品种保护中的2个重要概念。DUS-EDV评价经... 植物品种保护是植物品种知识产权的重要组成部分。品种特异性、一致性和稳定性(distinctness,uniformity,and stability,DUS)检测和实质性派生品种(essentially derived variety,EDV)评价是植物品种保护中的2个重要概念。DUS-EDV评价经历了从形态性状和系谱为主过渡到了综合利用形态、系谱和分子标记信息的阶段,并将发展到以分子检测为主的阶段。分子标记的主要类型也从RFLP发展到SSR和SNP。基于靶向测序-液相捕获的芯片技术,具有分析成本低、标记组配灵活、适合用于不同植物的DUS-EDV评价。利用分子标记检测进行DUS-EDV评价有2个重要策略,一是在全基因组范围内进行全局性的比较和分析,二是利用与重要表型有关的功能位点特异性进行局部性、特异性检测。应该针对DUS和EDV分别建立各自的评价标准。DUS可以根据分子标记提供的特殊指纹图谱、单倍型、特有等位基因、特异基因组区段、特异功能标记、最低遗传纯合度、品种内单株间的遗传差异作出判断。EDV的主要评价指标是利用全基因组均匀分布的高密度标记所获得的材料间的遗传相似性,而不是差异的标记数。所采用的分子标记的数量和基因组覆盖率是决定分子检测效率和可靠性的关键。利用少量标记所获得的品种比较具有较大的抽样误差。区别EDV和非EDV品种的相似性指标可因作物物种和所需要的品种保护水平而异。本文回顾了世界各国主要的作物品种保护实践,建议在利用分子标记保护品种知识产权和监管品种中,建立由各方面专家组成的咨询委员会,根据分子检测技术的发展和功能标记的开发,不断完善和加强DUS-EDV评价体系,建立权威的品种保护数据库系统,有序提供查询和比对服务,以鼓励种业创新。 展开更多
关键词 植物品种保护 特异性-一致性-稳定性(DUS) 实质性派生品种(EDV) 分子标记 分子检测 遗传相似性
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分子植物育种助推南繁种业转型升级 被引量:11
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作者 张兴平 钱前 +3 位作者 张嘉楠 邓兴旺 万建民 徐云碧 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第18期3789-3804,共16页
异地加代可以经济有效地加快育种进程。长期以来,海南省作为中国最南端省份,只在冬季用来进行育种材料的扩繁和加代,其周年可以种植农作物的自然气候和环境并未得到充分有效地利用。分子标记辅助育种与其他现代育种技术相融合,将助推南... 异地加代可以经济有效地加快育种进程。长期以来,海南省作为中国最南端省份,只在冬季用来进行育种材料的扩繁和加代,其周年可以种植农作物的自然气候和环境并未得到充分有效地利用。分子标记辅助育种与其他现代育种技术相融合,将助推南繁种业从单一的繁殖加代向资源引进和评价、育种选择、纯度检测、种质交流和产权保护等在内的全产业链模式转变,实现从海南冬繁到周年育种的转变,将海南的南繁地理和生态优势转化为南繁与育种相整合的全产业链优势,加快育种进展、提高育种效率,促进种业发展。本文讨论了海南地理生态优势与南繁种业现状,南繁种业转型升级的必要性和可能性,以及所面临的挑战和机遇。实现南繁种业的转型升级有赖于异地选择观念的转变、国家相关政策的支持、分子育种平台的支撑、生物安全防控、品种保护制度的建立和完善、资源共享和交流机制的形成。数量和群体遗传、基因型和环境互作、分子设计和大数据构成了南繁种业转型升级所需的育种理论。分子设计包括宏观水平的个体设计、群体设计和物种设计,微观水平的基因设计、代谢设计和网络设计。高通量精准表现型鉴定、环境型鉴定、信息处理和网络技术、决策支撑系统等是南繁种业转型升级所需的育种平台。作为分子育种的核心支撑,现已发展了基于靶向测序-液相芯片的基因型检测(genotyping by target sequencing and liquid chip,GBTS-LC)技术,通过GenoPlexs可以实现高达5000对标记引物高度均一的多重PCR靶向扩增,而基于液态探针捕获的GenoBaits,可以获取高达40K个目标位点(每个位点包含多个SNP)。该技术具有平台广适性、标记灵活性、检测高效性、信息可加性、支撑便捷性、应用广普性,已成为分子育种中取代固相芯片的重要分子检测技术。要实现“海南育 展开更多
关键词 种业 南繁 异地选择 转型升级 分子育种
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国内地方猪品种现状与基因组选择 被引量:7
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作者 赵兴 陈来华 +3 位作者 赵云翔 郭宗义 王楚端 张嘉楠 《中国猪业》 2021年第6期30-35,41,共7页
丰富的地方猪品种是我国宝贵的生物资源,是生物多样性价值的物质体现;数千年来在我国居民的饮食结构中占据重要地位,在文化层面是我国农耕文明的重要组成部分;在国内外优秀种猪的改良过程中做出过不可或缺的贡献。但随着国外瘦肉型猪在... 丰富的地方猪品种是我国宝贵的生物资源,是生物多样性价值的物质体现;数千年来在我国居民的饮食结构中占据重要地位,在文化层面是我国农耕文明的重要组成部分;在国内外优秀种猪的改良过程中做出过不可或缺的贡献。但随着国外瘦肉型猪在国内市场的普及及推广,国内市场上地方猪数量大幅缩减,部分品种濒临灭绝,地方猪种质资源的地位受到威胁。近年来,国家持续出台相关的畜禽遗传改良政策,支持国内地方猪的持续健康发展。保护、培育、合理开发利用地方猪,成为增加品种多样性,扩大种群数量的前提。针对国内地方猪的变化,综述了地方猪的品种特点、发展现状、保护与利用和育种等方面的情况,并探讨了地方猪在发展中存在的问题,旨在为国内地方猪种质资源保护和分子育种实践提供参考。 展开更多
关键词 地方猪 品种特点 育种 基因组选择技术
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基于残余杂合系的水稻显性矮秆基因的定位及KASP标记开发 被引量:1
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作者 刘开强 崔中秋 +6 位作者 李军玲 孙玥 苏京平 王胜军 高菊 张嘉楠 闫双勇 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2022年第11期3657-3663,共7页
株高是和水稻高产、稳产密切相关的重要农艺性状,发掘可育种利用的矮秆基因有重要的应用价值。本研究利用育种残余杂合系,鉴定了一个显性矮秆基因sd9,该基因能将株高降低18 cm。近等基因系F群体的遗传学分析显示矮秆植株与高秆植株的分... 株高是和水稻高产、稳产密切相关的重要农艺性状,发掘可育种利用的矮秆基因有重要的应用价值。本研究利用育种残余杂合系,鉴定了一个显性矮秆基因sd9,该基因能将株高降低18 cm。近等基因系F群体的遗传学分析显示矮秆植株与高秆植株的分离比为3:1,表明sd9为显性矮秆基因。构建了极高单株和极矮单株两个极端表型DNA混合池。利用靶向测序基因型检测(genotyping by target sequencing, GBTS)和40 k水稻SNP检测液相芯片相结合的方法进行了DNA混合池的基因型鉴定,将sd9基因定位于第9染色体14 976 197~14 993 586 bp区间。根据该区间的SNP开发了sd9连锁的KASP标记,验证了定位结果。分子标记的单因素方差分析显示:区间内的分子标记和株高极显著相关。单个标记QTL检测LOD值为57.50,解释表型效应66.50%。利用育种残余杂合系鉴定的sd9及其KASP标记的开发,可以为水稻株型的分子育种提供可直接利用的基因资源。 展开更多
关键词 水稻 显性矮秆基因 育种残余杂合系 定位 靶向测序基因型检测
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企业实施全面预算管理难点及其应对研究
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作者 秦永慧 《中国经贸》 2020年第23期100-101,共2页
全面预算管理作为一种现代化的企业管理工具,在企业内部控制、决策与管理中发挥着重要作用,在计划、协调企业经营活动的同时兼具控制、激励与评价等诸多功能,是一种综合贯彻企业经营战略的管理工具,对企业的成熟与发展具有巨大的推动作... 全面预算管理作为一种现代化的企业管理工具,在企业内部控制、决策与管理中发挥着重要作用,在计划、协调企业经营活动的同时兼具控制、激励与评价等诸多功能,是一种综合贯彻企业经营战略的管理工具,对企业的成熟与发展具有巨大的推动作用。本文在分析企业实施全面预算管理的重要性基础上,深入探讨了当前企业实施全面预算管理的难点和存在的问题,并针对性的提出了优化预算管理实施的对策建议,以期为企业有效实施全面预算管理提供有价值的借鉴,促进企业健康可持续发展。 展开更多
关键词 全面预算管理 企业经营活动 管理工具 企业经营战略 企业内部控制 对策建议 企业健康可持续发展 应对研究
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