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田螺科4种代表性贝类基因组调研及SSR特征分析
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作者 朱颖 陈瑜 +4 位作者 唐俊 季秋婷 王俊杰 唐伯平 王刚 《江苏农业科学》 北大核心 2023年第6期40-47,共8页
田螺科贝类是淡水软体动物的重要物种,在生态方面具有重要作用,并具有较高的经济价值,但目前田螺科物种参考基因组缺乏。本研究选取田螺科中华园田螺、铜锈环棱螺、多棱角螺、湄公螺等代表性贝类,基于Illumina测序数据,对4个贝类基因组... 田螺科贝类是淡水软体动物的重要物种,在生态方面具有重要作用,并具有较高的经济价值,但目前田螺科物种参考基因组缺乏。本研究选取田螺科中华园田螺、铜锈环棱螺、多棱角螺、湄公螺等代表性贝类,基于Illumina测序数据,对4个贝类基因组大小、重复序列和杂合度等基因组特征,采用K-mer法进行预测。使用SOAPdenove软件对4种贝类进行初步组装,用MISA进行SSR分子标记鉴定和特征分析。结果表明,4种田螺科贝类基因组大小分别为1 353、896、991、1 196 Mb,杂合度分别为0.77%、1.37%、2.41%、0.91%,重复序列比例分别为26.2%、26.7%、27.8%、28.8%,基因组的GC含量分别约为33.4%、33.7%、33.1%、33.8%。说明这4个田螺科贝类杂合较高、重复序列较低。基因组初步组装结果显示,4种贝类基因组相对K-mer评估结果偏大,但GC含量及测序深度与K-mer结果较为一致。根据SSR特征分析,在田螺科4个贝类基因组序列中分别鉴定到928 562、824 342、739 299、739 407个SSR,其中,在单核苷酸至六核苷酸重复序列类型中A/T、AC/GT、AAT/ATT、AGAT/ATCT、ATAAT/ATTAT、CTAACC/GGTTAG占比最高,其中长度为10~24 bp的SSR分别占69.7%、64.9%、68.4%、70.2%。本研究为田螺科4个代表性物种基因组精细图谱构建提供了参考,同时为SSR分子标记开发和田螺科物种资源保护和利用提供了分子依据。 展开更多
关键词 田螺科 贝类 基因组评估 SSR 杂合率 基因组大小
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基于卵巢转录组中华绒螯蟹大规格亲本育苗优势的分子机理 被引量：2
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作者 宣富君 王坤 +5 位作者 曹佳欣 付龙龙 张建光 潘建林 管卫兵 成永旭 《江苏农业科学》 北大核心 2021年第23期166-173,共8页
种质退化是当下河蟹产业健康发展所面临的重要课题之一,目前科研单位和养殖户逐步认识到选用大规格亲本(雄性:≥200 g;雌性:≥150 g)所育苗种在后续成蟹养殖上的优势,纷纷推荐和选用大规格亲本苗种,但其潜在的分子机制尚不清楚。本研究... 种质退化是当下河蟹产业健康发展所面临的重要课题之一,目前科研单位和养殖户逐步认识到选用大规格亲本(雄性:≥200 g;雌性:≥150 g)所育苗种在后续成蟹养殖上的优势,纷纷推荐和选用大规格亲本苗种,但其潜在的分子机制尚不清楚。本研究首次基于卵巢比较转录组(大规格与一般规格)探讨中华绒螯蟹大规格亲本潜在的分子优势。结果表明:2组共检测到8772个差异表达基因(5307个上调,3465个下调),其中43个常见差异基因出现在与生殖、免疫和生长相关的15条通路中。经qRT-PCR验证,对其中9个相关基因(包括TRINITY_DN13931_c0_g1、TRINITY_DN1908_c0_g2和TRINITY_DN6686_c0_g1)开展进一步研究。这些被证实的常见差异表达基因主要富集于细胞凋亡、胰岛素信号和mTOR信号等途径。为进一步探讨利用大规格亲本遗传育种奠定了重要的分子基础,并在生长、繁殖和免疫方面指出了利用大规格亲本育苗潜在的分子优势,不仅可以丰富甲壳动物繁育生物学的基本理论,而且可为今后河蟹大规格优质苗种的推广提供必要的理论支撑。 展开更多
关键词 中华绒螯蟹 大规格亲本 育苗 转录组 分子机理
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中心城区公园绿地景观格局的研究——以盐城市为例 被引量：1
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作者 王爽 朱张艳 葛宝明 《安徽林业科技》 2022年第6期25-31,共7页
本研究以盐城市为例,选取斑块密度、多样性指数、均匀性指数等指标对中心城区公园绿地景观格局进行分析。结果表明:(1)中心城区公园绿地斑块类型分布不均衡,面积大小差异大,小型斑块较多。(2)大中型和小型公园绿地斑块面积在不同区划范... 本研究以盐城市为例,选取斑块密度、多样性指数、均匀性指数等指标对中心城区公园绿地景观格局进行分析。结果表明:(1)中心城区公园绿地斑块类型分布不均衡,面积大小差异大,小型斑块较多。(2)大中型和小型公园绿地斑块面积在不同区划范围存在显著差异。(3)公园绿地总体破碎化严重、景观多样性较低、景观丰富度上差异较大,其中亭湖区丰富度较高,其他三区多样性、均匀度相当。 展开更多
关键词 公园绿地 景观格局 盐城市 破碎化
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中华绒螯蟹育苗传统亲本选择投放关键参数的科学性
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作者 宣富君 赵鑫月 +5 位作者 付龙龙 鲍成满 管卫兵 唐伯平 潘建林 成永旭 《浙江海洋大学学报（自然科学版）》 CAS 2021年第1期35-41,共7页
为探讨中华绒螯蟹育苗传统亲本选择投放关键参数(亲本“公3母2”,选择投放雌雄性比2~3:1)的科学性,通过设置不同性比的交配实验,对中华绒螯蟹交配前后的生殖状况进行了比较研究。结果显示:在该体系下(本文代表雌雄性比为3:1组),交配后... 为探讨中华绒螯蟹育苗传统亲本选择投放关键参数(亲本“公3母2”,选择投放雌雄性比2~3:1)的科学性,通过设置不同性比的交配实验,对中华绒螯蟹交配前后的生殖状况进行了比较研究。结果显示:在该体系下(本文代表雌雄性比为3:1组),交配后与性比1:1组一样,纳精囊内始终存乳白色精液精荚等雄性产物,抱卵个体并没有出现诸如性比5:1组中纳精囊中因缺乏精液精荚而流产现象。随着性比的提高,各组无论雄性输送还是雌性纳精囊中储存雄性产物的量均出现了较大幅度的震荡,但整体呈下降趋势。前期观察发现:这些差异可能主要与中华绒螯蟹随机交配及雌蟹未产卵之前可以多次与同一或不同雄蟹交配的生殖策略有关。因此,该参数充分兼顾了中华绒螯蟹生殖的生物学特性,保障了雌蟹交配个体均能成功抱卵,具有相当的精准性,同时这也解释了多年以来中华绒螯蟹育苗单位始终采用该参数而没有出现精子限制现象的原因。 展开更多
关键词 中华绒螯蟹育苗 公3母2 性比2~3:1 精子限制
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