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2023年白银市200例新型冠状病毒全基因组测序与基因特性分析
1
作者 王彦博 马宏东 +3 位作者 杨雅倩 张小梅 宋丹 李保娣 《中国公共卫生》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1006-1012,共7页
目的分析2023年新冠病毒(SARS-CoV-2)变异株在甘肃省白银市的流行特点及其基因变异情况,为疫情防控和疫苗研发提供科学依据。方法选取2023年1—9月在甘肃省白银市医疗卫生机构就诊、住院和监测的新冠病毒感染(COVID-19)病例鼻(口)咽拭... 目的分析2023年新冠病毒(SARS-CoV-2)变异株在甘肃省白银市的流行特点及其基因变异情况,为疫情防控和疫苗研发提供科学依据。方法选取2023年1—9月在甘肃省白银市医疗卫生机构就诊、住院和监测的新冠病毒感染(COVID-19)病例鼻(口)咽拭子样本200份,采用二代测序技术进行全基因组测序,利用MGI metargetCOVID软件进行序列组装分析、Pangolin平台分型,使用FREEBAYES检测变异位点、基于NIRVANA进行注释,使用MAFFT软件进行多序列比对和IQTREE构建系统进化树,并采用GGTREE和GGTREEEXTRA软件对进化树和相关的临床信息进行可视化分析。结果2023年1—9月白银市检出SARS-CoV-2均为Omicron变异株,其中第1季度(1—3月)为BA.5.2(32例,100.00%),第2季度(4—6月)主要为XBB(56例,62.92%)和FL(20例,22.47%)家族,第3季度(7—9月)主要由EG.5.1.1(52例,65.82%)主导;在中型病例中显著富集了42个突变位点,包括ORF1ab基因突变25个、S基因突变9个、ORF3a和ORF8基因突变各3个以及N基因突变2个。结论白银市流行的SARS-CoV-2基因组与武汉参考株处于不同分支,并与Pangolin分型谱系和输入时间基本一致,不同临床症状之间存在遗传关联,接种疫苗和既往感染与进化树的关联不显著。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 全基因组测序 基因特性 突变位点 白银市
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甘肃省人群新型冠状病毒血清流行病学调查分析
2
作者 张慧敏 梁舒 +7 位作者 姜中毅 王彪 张慧 蒋小娟 董茂星 成瑶 姚进喜 于德山 《中国病毒病杂志》 CAS 2024年第2期182-188,共7页
目的了解甘肃省人群血清新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARSCoV-2,简称新冠病毒)IgG抗体水平,为疫情防控提供重要血清学依据。方法采用整群抽样方法,于2023年2月选取甘肃省14个市/州和兰州新区,每个市... 目的了解甘肃省人群血清新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARSCoV-2,简称新冠病毒)IgG抗体水平,为疫情防控提供重要血清学依据。方法采用整群抽样方法,于2023年2月选取甘肃省14个市/州和兰州新区,每个市/州分别选取2个县/区,按照0~<5、5~<15、15~<25、25~<60、60~<80、≥80岁6个年龄段进行抽样。对调查对象开展新型冠状病毒感染状况、疫苗接种情况等回顾性调查,同时采集调查对象外周静脉血,用化学发光法检测SARS-CoV-2 IgG抗体。分别采用χ^(2)检验和Kruskal-Wallis H检验对抗体阳性率和抗体浓度进行统计学分析。结果有效调查6238人,出现发热、咽痛等呼吸道症状者5302人,占85.00%,自诉未发病者303人,占4.86%,不清楚是否发病的占10.15%(633人)。血清SARS-CoV-2 IgG总阳性率为96.31%(6008/6238),抗体浓度(发光值)为66.99(41.83,83.49)。自诉发病组(含确诊)、自诉未发病组和不清楚是否发病组抗体阳性率分别为97.25%(5156/5302)、89.11%(270/303)和91.94%(582/633)。各市/州人群抗体阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=87.17,P<0.05);5~<80岁人群抗体阳性率最高(97.07%,5174/5330),80岁以上老人抗体阳性率最低(90.57%,586/647),各年龄组抗体阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=91.80,P<0.05);医护人员、学生抗体阳性率较高,分别为98.41%(806/819)和97.87%(1242/1269),不同职业抗体阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=49.25,P<0.05)。完成新冠病毒疫苗接种2剂次及以上者5775人,占总调查人数的92.58%,5岁以下儿童全程接种率最低(28.74%,75/261),其次为80岁以上老人(85.16%,551/647),5~<80岁人群全程接种率为96.60%(5149/5330),不同年龄组间疫苗接种率差异有统计学意义(χ^(2)=1723.87,P<0.05)。自诉发病组完成接种2剂次及以上者占93.34%(4949/5302),抗体阳性率为97.25%(5156/5302);自诉未发病组全程接种率和抗体阳性率分别为86.47%(262/303)和89.11%(270/303);自诉不清� 展开更多
关键词 新型冠状病毒 奥密克戎变异株 IGG抗体 疫苗接种 血清流行病学
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甘肃省两例人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒的HA、NA基因特性和抗原性分析 被引量：1
3
作者 李红育 王平 +12 位作者 李保娣 李梓 李希妍 杨磊 刘佳 谭敏菊 粱姿萱 徐丛杉 马明辉 王华 王淼 于德山 王大燕 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2022年第2期166-171,共6页
目的分析甘肃省发现的2例人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒(EAS-H1N1)的抗原性和基因特性,为疾病预防控制提供科学参考。方法对甘肃省2021年2月以来发现的2例人感染EAS-H1N1进行抗原性和基因组对比分析,并使用Mega7.0等软件分析其基因组特... 目的分析甘肃省发现的2例人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒(EAS-H1N1)的抗原性和基因特性,为疾病预防控制提供科学参考。方法对甘肃省2021年2月以来发现的2例人感染EAS-H1N1进行抗原性和基因组对比分析,并使用Mega7.0等软件分析其基因组特征。结果2例人感染EAS-H1N1病例,均有相关环境暴露史,获得2株毒株:A/Gansu-Xifeng/1143/2021和A/Gansu-Xifeng/1194/2021。2株毒株的HA、NA基因均来自欧亚类禽H1N1猪流感病毒,与河北、天津的人感染EAS-H1N1病毒和山东的貂体内分离的EAS-H1N1病毒亲缘关系较近;2株毒株的HA受体结合位点均发生E190D、D225E突变,NA蛋白均未发生H274Y和N294S突变。结论甘肃省人感染EAS-H1N1病毒基因组发生了部分重要分子突变,可能导致其毒力增强,并具备潜在的人际间传播能力。加强EAS-H1N1基因特征研究分析有助于从分子水平上监测病毒变异突变并对疫情进行科学防控。 展开更多
关键词 欧亚类禽H1N1猪流感 抗原性 神经氨酸酶 基因特性
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