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大豆GmPM31基因生物信息学、组织表达及高温高湿响应分析
被引量：
3
1
作者
刘骕骦
邱颖胜
+4 位作者
刘燕敏
李阳
魏家萍
沈英姿
吴酬飞
《大豆科学》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第5期612-619,共8页
sHSPs家族基因GmPM31具有典型的ACD结构域,为了预测和研究GmPM31的功能,本研究以田间劣变抗性春大豆湘豆3号为材料,分离GmPM31及其启动子序列,对该基因的结构及启动子上的顺式作用元件进行生物信息学分析,采用qRT-PCR方法对GmPM31的组...
sHSPs家族基因GmPM31具有典型的ACD结构域,为了预测和研究GmPM31的功能,本研究以田间劣变抗性春大豆湘豆3号为材料,分离GmPM31及其启动子序列,对该基因的结构及启动子上的顺式作用元件进行生物信息学分析,采用qRT-PCR方法对GmPM31的组织表达模式及高温高湿处理下的表达量变化进行分析。结果表明:GmPM31基因的ORF全长为459 bp,编码153个氨基酸,包含1个ACD保守域结构。蛋白质系统进化树分析结果显示,GmPM31与CI(Class I)亚家族的sHSPs同源性较高,表明GmPM31属于Class I sHSPs家族成员。GmPM31基因启动子中有多个逆境胁迫响应元件,包括激素应答相关元件ABRE、ERE和AAGAA-motif等,干旱和冷胁迫相关的MYB和MYC转录因子作用元件,高盐胁迫相关元件Box III,厌氧胁迫相关元件ARE等。qRT-PCR结果显示,GmPM31在成熟种子中大量表达,其次在幼荚和叶片中表达,在根、茎和花中表达量极低。种子发育过程中,GmPM31表达量呈现先上升后下降的趋势,在开花后第45天表达量达到最大。高温高湿胁迫处理96和168 h时种子中GmPM31的表达量显著高于对照组,说明高温高湿胁迫诱导种子中GmPM31上调表达。研究结果表明GmPM31参与了春大豆种子的发育以及高温高湿胁迫响应过程。
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关键词
春大豆
GmPM31
生物信息学分析
顺式作用元件
表达
种子
高温高湿
下载PDF
职称材料
大豆Hsp20基因家族生物信息学分析及高温高湿胁迫响应的分析
2
作者
徐乐
何宏泰
+5 位作者
刘浩然
林紫依
刘燕敏
王泽博
魏家萍
刘骕骦
《大豆科学》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期565-578,共14页
热激蛋白(Hsps)家族中的小热激蛋白(Hsp20)在保护植物免受非生物胁迫方面发挥至关重要的作用,为探究大豆Hsp20家族基因的特性及其对高温高湿胁迫的响应,对大豆进行了全基因组分析,本研究采用生物信息学方法对进化关系、保守结构域、染...
热激蛋白(Hsps)家族中的小热激蛋白(Hsp20)在保护植物免受非生物胁迫方面发挥至关重要的作用,为探究大豆Hsp20家族基因的特性及其对高温高湿胁迫的响应,对大豆进行了全基因组分析,本研究采用生物信息学方法对进化关系、保守结构域、染色体位置、启动子顺式调控元件和组织特异性表达情况进行预测分析,并采用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术对湘豆3号和宁镇1号两个大豆品种在高温高湿胁迫下不同时间的蛋白表达量进行了分析。结果表明:在大豆基因组中共查找出33个GmHsp20基因,不均匀分布在16条染色体上并根据系统发育分析和亚细胞定位结果分为11个亚族。序列分析表明GmHsp20蛋白表现出较高的结构保守性,含有典型的ACD结构域,32个GmHsp20基因(96.96%)没有内含子,或只有1个内含子。启动子分析表明,GmHsp20基因含有大量与胁迫相关的顺式作用元件,其中MYB数目最多(110)个。基因组织特异性表达预测分析结果显示,除GmHSP22.6外,其余基因在各种组织和器官中均有表达。其中GmHSP18.5、GmHSP23.7、GmHSP15.2基因在所有组织中均高度表达。蛋白定量分析结果表明,与对照相比,宁镇1号和湘豆3号两个品种中,经高温高湿胁迫处理后,GmHSP18.5、GmHSP23.7、GmHSP26.0B、GmHSP17.8、GmHSP25.95个蛋白均上调表达,并且在两个品种间表达趋势基本一致,表明这些小热激蛋白家族成员可能参与了大豆对高温高湿胁迫的应答反应过程。本研究结果为进一步研究大豆小热激蛋白GmHsp20家族成员的功能提供有价值的信息。
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关键词
大豆
小热激蛋白Hsp20
生物信息学分析
高温高湿胁迫
蛋白表达量
下载PDF
职称材料
题名
大豆GmPM31基因生物信息学、组织表达及高温高湿响应分析
被引量：
3
1
作者
刘骕骦
邱颖胜
刘燕敏
李阳
魏家萍
沈英姿
吴酬飞
机构
湖州
学院
理工
学院
湖州师范
学院
生命科
学
学院
甘肃农业大学
农学院
/
农作物
生物学
国家
重点
实验室
南京
农业大学
农学院
/
作物
遗传与种质创新
国家
重点
实验室
出处
《大豆科学》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第5期612-619,共8页
基金
浙江省自然科学基金(LQ20C130003)
浙江省教育厅一般科研项目(YZ0Z145972)。
文摘
sHSPs家族基因GmPM31具有典型的ACD结构域,为了预测和研究GmPM31的功能,本研究以田间劣变抗性春大豆湘豆3号为材料,分离GmPM31及其启动子序列,对该基因的结构及启动子上的顺式作用元件进行生物信息学分析,采用qRT-PCR方法对GmPM31的组织表达模式及高温高湿处理下的表达量变化进行分析。结果表明:GmPM31基因的ORF全长为459 bp,编码153个氨基酸,包含1个ACD保守域结构。蛋白质系统进化树分析结果显示,GmPM31与CI(Class I)亚家族的sHSPs同源性较高,表明GmPM31属于Class I sHSPs家族成员。GmPM31基因启动子中有多个逆境胁迫响应元件,包括激素应答相关元件ABRE、ERE和AAGAA-motif等,干旱和冷胁迫相关的MYB和MYC转录因子作用元件,高盐胁迫相关元件Box III,厌氧胁迫相关元件ARE等。qRT-PCR结果显示,GmPM31在成熟种子中大量表达,其次在幼荚和叶片中表达,在根、茎和花中表达量极低。种子发育过程中,GmPM31表达量呈现先上升后下降的趋势,在开花后第45天表达量达到最大。高温高湿胁迫处理96和168 h时种子中GmPM31的表达量显著高于对照组,说明高温高湿胁迫诱导种子中GmPM31上调表达。研究结果表明GmPM31参与了春大豆种子的发育以及高温高湿胁迫响应过程。
关键词
春大豆
GmPM31
生物信息学分析
顺式作用元件
表达
种子
高温高湿
Keywords
Spring soybean
GmPM31
Bioinformatics analysis
Cis-element
Expression
Seed
High temperature and high humidity stress
分类号
S565.1 [农业科学—作物学]
下载PDF
职称材料
题名
大豆Hsp20基因家族生物信息学分析及高温高湿胁迫响应的分析
2
作者
徐乐
何宏泰
刘浩然
林紫依
刘燕敏
王泽博
魏家萍
刘骕骦
机构
湖州
学院
生命健康
学院
甘肃农业大学
农学院
/
农作物
生物学
国家
重点
实验室
出处
《大豆科学》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期565-578,共14页
基金
浙江省大学生科技创新活动计划暨新苗人才计划项目(2022R485A003)
浙江省教育厅一般科研项目(Y202248468)
+1 种基金
国家级大学生创新创业训练计划项目(202213287008)
湖州市公益性应用研究项目(2021GZ26)。
文摘
热激蛋白(Hsps)家族中的小热激蛋白(Hsp20)在保护植物免受非生物胁迫方面发挥至关重要的作用,为探究大豆Hsp20家族基因的特性及其对高温高湿胁迫的响应,对大豆进行了全基因组分析,本研究采用生物信息学方法对进化关系、保守结构域、染色体位置、启动子顺式调控元件和组织特异性表达情况进行预测分析,并采用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术对湘豆3号和宁镇1号两个大豆品种在高温高湿胁迫下不同时间的蛋白表达量进行了分析。结果表明:在大豆基因组中共查找出33个GmHsp20基因,不均匀分布在16条染色体上并根据系统发育分析和亚细胞定位结果分为11个亚族。序列分析表明GmHsp20蛋白表现出较高的结构保守性,含有典型的ACD结构域,32个GmHsp20基因(96.96%)没有内含子,或只有1个内含子。启动子分析表明,GmHsp20基因含有大量与胁迫相关的顺式作用元件,其中MYB数目最多(110)个。基因组织特异性表达预测分析结果显示,除GmHSP22.6外,其余基因在各种组织和器官中均有表达。其中GmHSP18.5、GmHSP23.7、GmHSP15.2基因在所有组织中均高度表达。蛋白定量分析结果表明,与对照相比,宁镇1号和湘豆3号两个品种中,经高温高湿胁迫处理后,GmHSP18.5、GmHSP23.7、GmHSP26.0B、GmHSP17.8、GmHSP25.95个蛋白均上调表达,并且在两个品种间表达趋势基本一致,表明这些小热激蛋白家族成员可能参与了大豆对高温高湿胁迫的应答反应过程。本研究结果为进一步研究大豆小热激蛋白GmHsp20家族成员的功能提供有价值的信息。
关键词
大豆
小热激蛋白Hsp20
生物信息学分析
高温高湿胁迫
蛋白表达量
Keywords
soybean
small heat shock protein
bioinformatics analysis
high temperature and humidity stress
protein expression level
分类号
S565.1 [农业科学—作物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
大豆GmPM31基因生物信息学、组织表达及高温高湿响应分析
刘骕骦
邱颖胜
刘燕敏
李阳
魏家萍
沈英姿
吴酬飞
《大豆科学》
CAS
CSCD
北大核心
2021
3
下载PDF
职称材料
2
大豆Hsp20基因家族生物信息学分析及高温高湿胁迫响应的分析
徐乐
何宏泰
刘浩然
林紫依
刘燕敏
王泽博
魏家萍
刘骕骦
《大豆科学》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
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