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题名红鳍东方鲀组织蛋白酶L基因的电子克隆及序列分析
被引量：2
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作者
梁静真
饶颖竹
陈蓉
邓富琳
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机构
湛江师范学院生命科学与技术学院/湛江师范学院经济动物资源利用与保护研究所
中山大学生命科学学院寄生生物研究中心暨有害生物控制与生物资源利用国家重点实验室
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出处
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第10期1569-1574,共6页
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基金
国家星火计划引导项目(2011GA780033
2008GA780049)
+3 种基金
广东省科技攻关项目(2011B020307008)
湛江师范学院博士专项项目(ZL0703
ZL0704)
南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室开放项目(2011GDU026)
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文摘
【目的】采用电子克隆技术克隆红鳍东方鲀组织蛋白酶L基因,并应用生物信息学技术分析其推导氨基酸的序列特征,为进一步探索其在免疫功能中的作用奠定基础。【方法】以斑马鱼的组织蛋白酶L核苷酸序列(Y08321.1)为探针,对红鳍东方鲀基因组数据库进行BLASTn分析,将检索到的匹配结果进行碱基3'端及5'端的适当延长,用DNAssist预测其编码信息;然后从GenBank获取若干物种组织蛋白酶L序列,用DNASTAR软件进行比对。【结果】红鳍东方鲀组织蛋白酶L基因全长2005bp,含7个外显子和6个内含子;包含编码336个氨基酸的开放阅读框(1011bp);其推导的氨基酸序列具有组织蛋白酶L所特有的氨基酸保守结构域(ERWNIN和GNFD)及由Cys25、His159和Asn175残基组成的保守活性位点,与青鳉、鲤鱼的组织蛋白酶L基因具有较高的序列一致性。【结论】红鳍东方鲀组织蛋白酶L的一些结构域和催化活性位点在进化过程中比较保守,与鱼类物种来源的组织蛋白酶L在氨基酸水平上一致性较高,在进化上亲缘关系较近。
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关键词
红鳍东方鲀
组织蛋白酶L
生物信息学
电子克隆
序列分析
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Keywords
Takifugu rubripes
cathepsin L
bioinformatics
in silico cloning
sequencing analysis
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分类号
Q959.489
[生物学—动物学]
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