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氯化锂-匹罗卡品诱导癫痫大鼠海马组织差异表达circRNA的筛选及功能分析
被引量:
1
1
作者
黄亚辉
杨萍
+4 位作者
朱勇
王琴
卢军
贺冰
张熙
《神经损伤与功能重建》
2022年第6期315-319,共5页
目的:探究氯化锂-匹罗卡品诱导癫痫大鼠海马组织差异表达共价闭合、单链环状RNA(circRNA)及功能分析。方法:通过构建氯化锂-匹罗卡品癫痫大鼠模型,取癫痫大鼠及对照大鼠海马组织通过Illumina高通量测序平台进行转录组测序,并通过EdgeR包...
目的:探究氯化锂-匹罗卡品诱导癫痫大鼠海马组织差异表达共价闭合、单链环状RNA(circRNA)及功能分析。方法:通过构建氯化锂-匹罗卡品癫痫大鼠模型,取癫痫大鼠及对照大鼠海马组织通过Illumina高通量测序平台进行转录组测序,并通过EdgeR包对circRNA进行差异分析、通过R语言进行GO及KEGG信号通路富集分析,通过Targetscan与miRanda软件进行circRNA与miRNA互作分析寻找circRNA核心调控靶标。结果:对照组及癫痫组大鼠海马的circRNA进行差异分析获得的262个差异表达circRNA,信号通路富集分析发现与胞蛋白修饰过程、蛋白质变性过程、树突形态调控、神经元分化调节、离子跨膜转运的调节等生物过程相关。并进一步确定了可能与circRNA存在互作的核心调控miRNA,包括miR-322-5p、miR-322-3p、miR-323-5p、miR-323-3p、miR-301a-5p、miR-301a-3p、miR-324-5p、miR-324-3p等。结论:本研究筛选了氯化锂-匹罗卡品点燃癫痫大鼠与正常大鼠脑组织差异circRNA,系统地分析了其可能的作用功能机制,为癫痫诊断或治疗寻找到可靠的生物标志物。
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关键词
氯化锂-匹罗卡品
癫痫
circRNA
MIRNA
下载PDF
职称材料
癫痫大鼠海马组织的转录组学特征分析
2
作者
黄亚辉
匡卫平
+5 位作者
朱勇
王琴
卢军
张熙
贺冰
杨萍
《国际神经病学神经外科学杂志》
2021年第3期249-255,共7页
目的探究癫痫的转录组学特征,寻找癫痫诊治的潜在靶点。方法选取雄性幼龄SD大鼠17只,采用抽签法随机将大鼠分为2组:对照组(8只)、CSRS组(9只)。基于氯化锂-匹罗卡品构建的慢性自发性癫痫(CSRS)大鼠模型,取CSRS大鼠及对照组大鼠海马组织...
目的探究癫痫的转录组学特征,寻找癫痫诊治的潜在靶点。方法选取雄性幼龄SD大鼠17只,采用抽签法随机将大鼠分为2组:对照组(8只)、CSRS组(9只)。基于氯化锂-匹罗卡品构建的慢性自发性癫痫(CSRS)大鼠模型,取CSRS大鼠及对照组大鼠海马组织进行转录组测序(RNA-seq),并对信使RNA(mRNA)及微小RNA(miRNA)进行差异分析、信号通路富集分析及差异表达蛋白互作用网络构建寻找核心调控基因。结果对照组及CSRS组的mRNA进行差异分析获得的354个差异表达基因(DEGs),信号通路富集分析DEGs与离子转运调控、组织发育、应激反应等相关。蛋白互作网络分析发现WDR88、SHANK2、TEC、NFKBIZ、EPHA8等为DEGs中主要的核心调控基因。同时获得差异表达miRNA,并进行靶基因预测及GO通路富集分析,发现靶基因主要与离子型谷氨酸受体复合物、谷氨酸受体活性、谷氨酸盐化的钙离子通道活性、NF-κB诱导激酶活性等分子功能相关。结论基于RNA-seq发现差异基因表达异常是癫痫发生的重要原因,是导致神经元发生异常的、同步化放电的关键因素。
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关键词
癫痫
慢性自发性癫痫
转录组测序
信使RNA
微小RNA
大鼠
下载PDF
职称材料
题名
氯化锂-匹罗卡品诱导癫痫大鼠海马组织差异表达circRNA的筛选及功能分析
被引量:
1
1
作者
黄亚辉
杨萍
朱勇
王琴
卢军
贺冰
张熙
机构
湖南
省脑科
医院
(
湖南
中医药大学
临床医学院)癫痫中心
湖南
中医药大学
附属
第二
医院
中医科
出处
《神经损伤与功能重建》
2022年第6期315-319,共5页
基金
国家自然科学基金(No.81874429)
湖南省卫生计生委科研课题(No.20200009,B2019047)
+2 种基金
湖南省自然基金(No.2019JJ80027,2020JJ5294)
湖南省中医药管理局重点项目(No.202145)
湖南省教育厅科研项目(No.19B440)。
文摘
目的:探究氯化锂-匹罗卡品诱导癫痫大鼠海马组织差异表达共价闭合、单链环状RNA(circRNA)及功能分析。方法:通过构建氯化锂-匹罗卡品癫痫大鼠模型,取癫痫大鼠及对照大鼠海马组织通过Illumina高通量测序平台进行转录组测序,并通过EdgeR包对circRNA进行差异分析、通过R语言进行GO及KEGG信号通路富集分析,通过Targetscan与miRanda软件进行circRNA与miRNA互作分析寻找circRNA核心调控靶标。结果:对照组及癫痫组大鼠海马的circRNA进行差异分析获得的262个差异表达circRNA,信号通路富集分析发现与胞蛋白修饰过程、蛋白质变性过程、树突形态调控、神经元分化调节、离子跨膜转运的调节等生物过程相关。并进一步确定了可能与circRNA存在互作的核心调控miRNA,包括miR-322-5p、miR-322-3p、miR-323-5p、miR-323-3p、miR-301a-5p、miR-301a-3p、miR-324-5p、miR-324-3p等。结论:本研究筛选了氯化锂-匹罗卡品点燃癫痫大鼠与正常大鼠脑组织差异circRNA,系统地分析了其可能的作用功能机制,为癫痫诊断或治疗寻找到可靠的生物标志物。
关键词
氯化锂-匹罗卡品
癫痫
circRNA
MIRNA
Keywords
lithium chloride-pilocarpine
epileptic rats
circRNA
miRNA
分类号
R741 [医药卫生—神经病学与精神病学]
R741.02 [医药卫生—临床医学]
R742.1
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职称材料
题名
癫痫大鼠海马组织的转录组学特征分析
2
作者
黄亚辉
匡卫平
朱勇
王琴
卢军
张熙
贺冰
杨萍
机构
湖南
省脑科
医院
神经外科
湖南
中医药大学
临床医学院
湖南
中医药大学
附属
第二
医院
中医科
出处
《国际神经病学神经外科学杂志》
2021年第3期249-255,共7页
基金
国家自然科学基金(81874429)
湖南省卫生计生委科研课题(20200009,B2019047)
+2 种基金
湖南省自然科学基金(2019JJ80027,2019JJ80094,2020JJ5294,2020JJ8057)
湖南省教育厅科研项目(19B440)
湖南省中医药管理局科研计划项目(202145)。
文摘
目的探究癫痫的转录组学特征,寻找癫痫诊治的潜在靶点。方法选取雄性幼龄SD大鼠17只,采用抽签法随机将大鼠分为2组:对照组(8只)、CSRS组(9只)。基于氯化锂-匹罗卡品构建的慢性自发性癫痫(CSRS)大鼠模型,取CSRS大鼠及对照组大鼠海马组织进行转录组测序(RNA-seq),并对信使RNA(mRNA)及微小RNA(miRNA)进行差异分析、信号通路富集分析及差异表达蛋白互作用网络构建寻找核心调控基因。结果对照组及CSRS组的mRNA进行差异分析获得的354个差异表达基因(DEGs),信号通路富集分析DEGs与离子转运调控、组织发育、应激反应等相关。蛋白互作网络分析发现WDR88、SHANK2、TEC、NFKBIZ、EPHA8等为DEGs中主要的核心调控基因。同时获得差异表达miRNA,并进行靶基因预测及GO通路富集分析,发现靶基因主要与离子型谷氨酸受体复合物、谷氨酸受体活性、谷氨酸盐化的钙离子通道活性、NF-κB诱导激酶活性等分子功能相关。结论基于RNA-seq发现差异基因表达异常是癫痫发生的重要原因,是导致神经元发生异常的、同步化放电的关键因素。
关键词
癫痫
慢性自发性癫痫
转录组测序
信使RNA
微小RNA
大鼠
Keywords
epilepsy
chronic spontaneous recurrent seizures
transcriptome sequencing
messenger RNA
microRNA
rat
分类号
R742.1 [医药卫生—神经病学与精神病学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
氯化锂-匹罗卡品诱导癫痫大鼠海马组织差异表达circRNA的筛选及功能分析
黄亚辉
杨萍
朱勇
王琴
卢军
贺冰
张熙
《神经损伤与功能重建》
2022
1
下载PDF
职称材料
2
癫痫大鼠海马组织的转录组学特征分析
黄亚辉
匡卫平
朱勇
王琴
卢军
张熙
贺冰
杨萍
《国际神经病学神经外科学杂志》
2021
0
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职称材料
已选择
0
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