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题名慢性阻塞性肺疾病与骨质疏松症的生物信息学分析
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作者
姜瑞
张征
谭爱华
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机构
湖北中医药大学针灸骨伤学院
湖北中医药大学附属黄冈市中医医院骨科
北京中医药大学博士后流动站
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出处
《医学信息》
2023年第17期1-6,共6页
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基金
湖北省自然科学基金项目(编号:2022CFB391)
湖北省重点实验室开放基金项目(编号:PT022204)
黄冈市科技创新专项(编号:YBXM20230003-3)。
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文摘
目的利用生物信息学分析慢性阻塞性肺疾病(COPD)与骨质疏松症(OP)的关系。方法在Genecards、OMIM、DRUGBANK等数据库查找出COPD和OP的疾病基因靶点,将所获得靶点分别进行汇总、筛选、去重后分别得到两组疾病的最终基因靶点。将两组疾病的最终基因靶点取交集,将共同基因靶点导入STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络图,下载tsv格式的PPI网络,导入Cytoscape3.9.1软件,通过插件cytoHubba,筛选出Degree前20位的目标靶基因。利用DAVID数据库对两种疾病的共同靶基因进行GO和KEGG富集分析。结果筛选出COPD相关基因393个、OP相关基因1389个,取交集后获得共同靶点基因172个,根据PPI网络图可知,STAT3、IL6、AKT1、CTNNB1、IL10、MAPK1、IL17、TNF等为COPD与OP的共同关键靶基因,GO富集显示其主要与雌激素代谢、炎症反应、细胞对缺氧的反应、免疫反应、增龄等相关,KEGG信号通路包括JAK-STAT信号通路、HIF-1信号通路、IL-17信号通路等。结论通过COPD与OP的共同关键基因和涉及的信号通路,为了解两种疾病相关性及为后续相关研究提供了一定的理论基础。
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关键词
生物信息学
骨质疏松症
慢性阻塞性肺疾病
靶基因
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Keywords
Bioinformatics
Osteoporosis
Chronic obstructive pulmonary disease
Target gene
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分类号
R259
[医药卫生—中西医结合]
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