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题名基于野鸦椿转录组测序的SSR多态性分析
被引量：1
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作者
钟琳珊
林发壮
江斌
姚凤琴
陈昌铭
邓永生
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机构
三明市农业科学研究院
清流县莲花山省级自然保护区服务中心
清流县种苗花卉站
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出处
《分子植物育种》
CAS
北大核心
2022年第2期464-472,共9页
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基金
福建省林业科技项目(闽林科便函[2018]26号)资助。
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文摘
为推动野鸦椿(Euscaphis japonica)遗传多样性研究,以福建乡土树种野鸦椿的转录组序列为基础,对野鸦椿SSR位点进行挖掘。结果表明:通过MISA软件从野鸦椿169 224条Unigenes序列检测出47725个SSR位点,分布于38 802条Unigene中,出现频率为28.20%,平均分布距离为2.46 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的70.27%、18.98%和8.81%。47 725个SSR位点由100种重复基序构成,A/T、AT/AT、AAT/ATT分别是单核苷酸及二、三核苷酸的优势重复基元,分别占总SSR重复类型的70.17%、8.46%和3.12%。基因GO功能分类表明,含有SSR位点的野鸦椿转录组基因被富集到3个Ontology类别的56个GO Term中,生物学过程涉及的GO Term最多,有25个。利用Primer 3.0对SSR序列设计引物26 554对,成功率为55.64%。野鸦椿转录组SSR位点丰富,分布密度大,具有较高的多态性潜能,可作为开发SSR标记的有效来源,为野鸦椿遗传多样性研究、品种鉴定、分子辅助育种及数量性状基因座定位等研究提供有效的理论依据。
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关键词
野鸦椿(Euscaphis
japonica)
转录组
SSR
引物
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Keywords
Euscaphis japonica
Transcriptome
SSR
Primer
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分类号
S567.19
[农业科学—中草药栽培]
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