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高通量测序方法在重症肺炎病原体检测的应用 被引量：21
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作者 刘孝荣 马东礼 +7 位作者 姜含芳 陈虹宇 蔡德丰 朱纯青 郑跃杰 粟东芳 杨振宇 刘艳红 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期609-613,共5页
目的 建立高通量测序技术检测重症肺炎病原体的流程和方法,并评估其可行性.方法 临床对照研究. 收集2015年3月至2016年12月深圳儿童医院就诊的76例重症肺炎的患者（实验组）和18例气管软化并排除细菌感染的患者（对照组）,采集肺泡灌洗... 目的 建立高通量测序技术检测重症肺炎病原体的流程和方法,并评估其可行性.方法 临床对照研究. 收集2015年3月至2016年12月深圳儿童医院就诊的76例重症肺炎的患者（实验组）和18例气管软化并排除细菌感染的患者（对照组）,采集肺泡灌洗液标本,同时进行临床检测和高通量测序,并对高通量测序的结果采用PCR方法进行确认,然后对基于高通量测序的重症肺炎病原体检测方法进行评估.采用χ2检验对高通量测序组和非高通量测序组的检出率进行相关性分析.结果 建立了基于高通量测序的重症肺炎病原体的检测流程及方法,该流程包括：标本收集、DNA提取、文库构建、上机测序及生物信息学分析.在76例重症肺炎患者中,66例患者的肺泡灌洗液标本的高通量测序结果为阳性,灵敏度86.84%,显著高于传统临床检验所用的细菌培养、免疫荧光法和定量PCR 3种方法综合检测的灵敏度（68.42%,52/76,χ^2=7.426,P〈0.001）.66份高通量测序阳性标本中,共检测到13种病原体,其中主要的病原体包括肺炎支原体、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌和腺病毒等,非高通量测序法共检测到9种病原体.比较临床检验和高通量测序结果,在76份实验组标本中,发现61份（80.26%）标本两者结果完全一致,15份（19.74%）标本结果不完全一致,这些不一致检出的标本主要集中在高通量测序检测出腺病毒、肺炎链球菌和流感嗜血杆菌而临床培养和免疫荧光方法不能检出这些病原体.PCR验证结果显示高通量检测结果与PCR的检测结果差异没有统计学意义（χ^2=0.517,P=0.472）,高通量检测结果与培养及免疫荧光方法检测结果差异有统计学意义（χ^2=11.671,P＆lt;0.001）.结论 基于高通量测序的重症肺炎病原体的检测方法灵敏度高,能检测出未知病原体,优于传统临床检验所用方法. 展开更多
关键词 高通量核苷酸序列分析 肺炎 肺炎支原体
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31株深圳地区婴幼儿感染百日咳鲍特菌的流行特点、基因型、亲缘关系与大环内酯耐药性 被引量：11
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作者 姜含芳 刘孝荣 +3 位作者 陈虹宇 朱纯青 邢志浩 马东礼 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期270-276,共7页
目的通过分析百日咳感染患儿的临床信息和鉴定百日咳鲍特菌的基因型、耐药性和亲缘性,了解深圳地区百日咳鲍特菌的流行特点、基因组变异与大环内酯类耐药情况。方法百日咳患儿的临床信息采集自深圳市儿童医院电子病历系统。我们对分离... 目的通过分析百日咳感染患儿的临床信息和鉴定百日咳鲍特菌的基因型、耐药性和亲缘性,了解深圳地区百日咳鲍特菌的流行特点、基因组变异与大环内酯类耐药情况。方法百日咳患儿的临床信息采集自深圳市儿童医院电子病历系统。我们对分离自患儿咽拭子的31株百日咳鲍特菌进行二代测序和基因组从头组装。通过序列比对鉴定多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)、毒力基因型与23S rRNA突变位点。通过构建系统进化树分析亲缘性。通过E-test鉴定临床分离株对大环内酯类抗生素的耐药性。结果31株百日咳鲍特菌的MLST分型均为ST-2。毒力基因型呈多样性,其中2株为prn缺失型。基于进化树,深圳株与疫苗株亲缘关系远。19株百日咳鲍特菌为红霉素耐药,均携带23S rRNA编码基因的A2047G突变。结论深圳地区百日咳鲍特菌的毒力基因型呈多样性,非疫苗株的基因型逐渐增多。大环内酯耐药株已有传播。本研究为改进百日咳的防治和疫苗策略提供了参考。 展开更多
关键词 百日咳鲍特菌 二代测序 基因型 大环内酯耐药性
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