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转录组测序筛选口腔鳞状细胞癌中差异表达环状RNA
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作者 翟堃 刘絮影 +5 位作者 李锦存 胡晨 于丽丽 樊美荣 黄永清 马坚 《医学信息》 2024年第12期1-6,共6页
目的利用转录组测序技术对口腔鳞状细胞癌(OSCC)组织进行测序,筛选OSCC中差异表达的环状RNA(circRNA),并探讨可能与OSCC相关的信号通路。方法收集3对OSCC患者的癌及癌旁正常组织,提取总RNA,构建circRNA文库,对其进行转录组测序,获得circ... 目的利用转录组测序技术对口腔鳞状细胞癌(OSCC)组织进行测序,筛选OSCC中差异表达的环状RNA(circRNA),并探讨可能与OSCC相关的信号通路。方法收集3对OSCC患者的癌及癌旁正常组织,提取总RNA,构建circRNA文库,对其进行转录组测序,获得circRNA表达谱,筛选差异表达circRNA并进行GO和KEGG分析;构建ceRNA网络,分析预测circRNA在OSCC中的作用,并利用cytoscape软件对网络进行可视化。结果本研究鉴定出了差异表达的circRNA281个,上调的有33个,下调的有248个。GO富集分析中主要参与细胞器组织的调节、GTP酶活性的调节;细胞组分主要在锚定连接、P小体;分子功能在核苷三磷酸酶调节活性、GTPase激活剂活性等生物学过程;KEGG主要富集在肌动蛋白细胞骨架的调节、调节干细胞多能性的信号通路、ErbB信号通路、细胞粘附连接等通路。最终筛选出7个差异表达的circRNA、2个差异表达的miRNA和3个差异表达的mRNA。结论通过转录组测序鉴定出口腔鳞状细胞癌circRNA几乎全部为的外显子circRNA,主要富集在肌动蛋白细胞骨架的调节、GTP酶活性的调节等通路。 展开更多
关键词 口腔鳞状细胞癌 环状RNA 转录组测序
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阻断半乳糖凝集素⁃受体相互作用对弓形虫感染小鼠小肠免疫病理的影响
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作者 欧阳然 刘星卓 +1 位作者 黄世光 吕芳丽 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CSCD 北大核心 2023年第3期279-285,共7页
目的探讨半乳糖凝集素与受体的相互作用对弓形虫感染小鼠小肠免疫病理的调节作用。方法将18只雌性BALB/c小鼠随机分成4组:未感染组(naive组)4只、α⁃乳糖组(lactose组)4只、弓形虫感染组(Tg组)5只和弓形虫感染+lactose组(Tg+lactose组)... 目的探讨半乳糖凝集素与受体的相互作用对弓形虫感染小鼠小肠免疫病理的调节作用。方法将18只雌性BALB/c小鼠随机分成4组:未感染组(naive组)4只、α⁃乳糖组(lactose组)4只、弓形虫感染组(Tg组)5只和弓形虫感染+lactose组(Tg+lactose组)5只。Tg组和Tg+lactose组每鼠腹腔注射约1000个弓形虫速殖子,naive组和lactose组腹腔注射PBS 0.2 ml。感染后当天开始,Tg+lactose组和lactose组每鼠腹腔注射0.2 mol/L的lactose 0.2 ml,naive组和Tg组每鼠腹腔注射等体积的PBS,早、晚各1次,连续注射7 d。感染弓形虫后,记录各组小鼠的生存时间。在感染后第7天处死小鼠,取空肠中段进行石蜡切片和HE染色,观察小鼠小肠组织的病理变化;取小鼠空肠下段提总RNA后逆转录,以β肌动蛋白(β⁃actin)作为内参基因,qRT⁃PCR检测小鼠小肠组织弓形虫表面抗原1(SAG1)、半乳糖凝集素3(galectin⁃3)、galectin⁃9、T细胞免疫球蛋白黏蛋白⁃3(Tim⁃3)、白细胞分化抗原137(CD137)、白细胞介素12(IL⁃12)、γ⁃干扰素(IFN⁃γ)、IL⁃10、IL⁃4、转化生长因子β(TGF⁃β)、趋化因子受体2(CCR2)、和几丁质酶3样分子3(Ym1)的mRNA相对表达水平。结果感染弓形虫后,naive组和lactose组小鼠无死亡,Tg组小鼠的存活时间为182~188 h,Tg+lactose组小鼠的存活时间为180~182 h;两组小鼠的生存时间差异有统计学意义(χ^(2)=19.52,P<0.05)。HE染色结果显示,naive组和lactose组小鼠的空肠组织未观察到炎症改变;Tg组和Tg+lactose组小鼠的小肠组织观察到肠绒毛缩短,肠隐窝变浅,绒毛顶端上皮细胞坏死,小肠黏膜组织中有炎症细胞浸润。与Tg组的相比,Tg+lactose组小鼠小肠组织的病理损伤更加严重。qRT⁃PCR结果显示,Tg+lactose组小鼠小肠组织SAG1的mRNA相对表达水平为9.17±1.65,高于Tg组的1.00±0.84(t=4.40,P<0.05)。naive组、lactose组、Tg组和Tg+lactose组小鼠小肠组织galectin⁃3的mRNA相对表达水平分别为1 展开更多
关键词 弓形虫 感染小鼠 小肠 半乳糖凝集素
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