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多杀性巴氏杆菌OmpA基因的原核表达及生物信息学分析 被引量：7
1
作者 郑义盈 李宝宝 +10 位作者 黄海峰 张振兴 章泸尹 张萌萌 安琪 王成强 陈杰 李彬 陈珍 杜丽 王凤阳 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第7期1926-1934,共9页
本试验旨在探究羊源多杀性巴氏杆菌OmpA基因的原核表达及其生物信息学特征。以羊源多杀性巴氏杆菌HN-01株基因组为模板,设计特异性引物扩增OmpA基因;构建pET-28a(+)-OmpA重组质粒后转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,将鉴定正确的重组菌... 本试验旨在探究羊源多杀性巴氏杆菌OmpA基因的原核表达及其生物信息学特征。以羊源多杀性巴氏杆菌HN-01株基因组为模板,设计特异性引物扩增OmpA基因;构建pET-28a(+)-OmpA重组质粒后转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,将鉴定正确的重组菌经IPTG诱导表达;通过SDS-PAGE及Western blotting分析表达蛋白的特征,并运用生物信息学工具对OmpA基因序列进行分析。结果显示,羊源多杀性巴氏杆菌OmpA基因大小约为1044bp,该基因序列与HN-06株的同源性达89.72%。通过诱导后发现,pET-28a(+)-OmpA重组菌最佳诱导条件为1mmol/LIPTG37℃诱导6h,表达的重组蛋白大小约为40ku,以包涵体的形式存在。Western blotting结果显示,约40ku的重组蛋白携带His标签。经生物信息学分析,OmpA分子式为C1684H2619N457O505S3,属碱性疏水蛋白,其多肽链的1-21位氨基酸为信号肽区域,并具有多种结构。综上所述,OmpA可能具有特殊结构,与众多外膜蛋白结构特点相似。本研究构建了多杀性巴氏杆菌OmpA基因原核表达系统,优化诱导条件后能稳定获得OmpA重组蛋白,为进一步探究巴氏杆菌的致病机理提供理论依据。 展开更多
关键词 多杀性巴氏杆菌 OmpA基因 原核表达
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一株羊源A型多杀性巴氏杆菌的全基因组测序及生物学特性分析 被引量：4
2
作者 张振兴 陈珍 +6 位作者 刘昂 程逸文 陈思 杜丽 满初日嘎 王凤阳 陈巧玲 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期4061-4074,共14页
【背景】多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)是一种革兰氏阴性菌,可引起动物和人类的呼吸道疾病和败血症等。本实验室前期分离鉴定一株A型Pm HN02菌株。【目的】通过对HN02菌株的全基因组测序及生物信息学分析,扩充多杀性巴氏杆... 【背景】多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)是一种革兰氏阴性菌,可引起动物和人类的呼吸道疾病和败血症等。本实验室前期分离鉴定一株A型Pm HN02菌株。【目的】通过对HN02菌株的全基因组测序及生物信息学分析,扩充多杀性巴氏杆菌的基因组数据库信息;通过毒力基因鉴定和系统进化树分析,明确该菌株含有的毒力基因和遗传进化关系,为临床预防和诊断提供理论依据。【方法】使用单分子实时测序(Single Molecule Real Time Sequencing,SMRT)技术对Pm HN02菌株进行全基因组测序,利用Illumina测序校正后进行基因功能注释和生物信息学分析。使用PCR鉴定菌株毒力基因,并构建进化树进行分析。【结果】Pm HN02菌株全基因组大小为2 333 292 bp,GC含量为40.15%,预测到的编码基因有2 389个,包含19个rRNA (6个23S rRNA、6个16S rRNA、7个5SrRNA)、62个tRNA基因、5个sRNA;含84个串联重复序列、66个小卫星DNA、2个微卫星DNA、9个基因岛、9个前噬菌体;分别有1 648、2 190和1 917个基因注释在GO、KEGG和COG数据库中,而且大部分富集于Pm的代谢过程;还有85个III型分泌系统效应蛋白、191个表型突变基因、165个毒力因子相关基因。根据分析结果绘制该菌株的全基因组圈图,并将基因组信息提交至NCBI后获得登录号cp037865。PCR鉴定发现该菌株含有fimA、toxA等14个毒力基因,缺失了tadD等毒力基因。系统进化树分析发现该菌株同北京的Pm3菌株(MH150895.1)进化关系最接近。【结论】研究完成了A型Pm HN02株的全基因组测序和生物学特性鉴定,揭示了其同国内外Pm分离株的进化关系,为预防Pm疾病流行和探索Pm致病机制提供了参考。 展开更多
关键词 A型多杀性巴氏杆菌 基因组测序 生物信息学分析 毒力相关基因 系统进化树分析
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羊源A型多杀性巴氏杆菌的分离鉴定及生物学特性分析 被引量：3
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作者 张振兴 陈巧玲 +6 位作者 程逸文 刘志勇 蒋俊明 陈思 满初日嘎 杜丽 王凤阳 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第17期6-11,140,共7页
为了解辽宁省朝阳市某羊场内绵羊体温异常增高、精神萎靡、食欲不佳、严重者1周内死亡的发病原因并提供用药推荐,试验对刚病死的绵羊进行解剖,采集心脏、肺脏和肾脏,收集胸腔积液和鼻拭子作为试验样品进行细菌分离培养、细菌形态学观察... 为了解辽宁省朝阳市某羊场内绵羊体温异常增高、精神萎靡、食欲不佳、严重者1周内死亡的发病原因并提供用药推荐,试验对刚病死的绵羊进行解剖,采集心脏、肺脏和肾脏,收集胸腔积液和鼻拭子作为试验样品进行细菌分离培养、细菌形态学观察、细菌16S rRNA鉴定、多杀性巴氏杆菌荚膜血清型鉴定、生化鉴定、药敏试验、耐药基因检测和致病性试验等。结果表明:导致该羊场羊发病的致病菌为羊源A型多杀性巴氏杆菌。该菌与多杀性巴氏杆菌Pm 5株(AY316314.1)的进化关系最近;且含有B类碳青霉烯酶(VIM)的耐药基因,对庆大霉素、卡那霉素等25种抗生素敏感。说明A型多杀性巴氏杆菌是导致该羊场绵羊死亡的病原菌,该菌携带B类碳青霉烯酶(VIM)耐药基因,对庆大霉素、卡那霉素等抗生素敏感;临床上推荐使用氨基糖苷类(庆大霉素和卡那霉素)和四环素类(四环素)抗生素。 展开更多
关键词 羊源A型多杀性巴氏杆菌 分离鉴定 药敏试验 耐药基因 生物学特性
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海南黄牛IGF2R基因单核苷酸多态性及其生物信息学分析 被引量：2
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作者 杨伟杰 满初日嘎 +7 位作者 吴慧 张振兴 何美荣 蒋俊明 陈巧玲 高宏岩 王凤阳 陈思 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第12期3520-3528,共9页
【目的】明确海南黄牛胰岛素样生长因子2受体基因(IGF2R)遗传多态性及其在海南黄牛群体中的遗传分布情况,为进一步揭示IGF2R基因对海南黄牛生长性状的调控机理提供理论依据,也为分子标记辅助选择提供新的候选位点。【方法】构建海南黄牛... 【目的】明确海南黄牛胰岛素样生长因子2受体基因(IGF2R)遗传多态性及其在海南黄牛群体中的遗传分布情况,为进一步揭示IGF2R基因对海南黄牛生长性状的调控机理提供理论依据,也为分子标记辅助选择提供新的候选位点。【方法】构建海南黄牛DNA混池,通过PCR扩增和测序技术对海南黄牛IGF2R基因编码区(CDS)进行基因多态性分析,并以Chromas序列比对筛选出错义突变SNP位点;应用PCR-RFLP对202头海南黄牛个体进行基因型鉴定,同时对筛选到的SNP位点进行连锁不平衡及单倍型分析,评估海南黄牛群体中各单倍型的分布情况;通过生物信息学方法分析各单倍型和SNP位点对海南黄牛IGF2R基因CDS区mRNA二级结构、蛋白理化性质及蛋白二级结构的影响。【结果】在海南黄牛IGF2R基因CDS区共检测到4个错义突变SNPs位点,分别为SNP1(g.63977A>G)、SNP2(g.63999T>C)、SNP3(g.69772G>A)和SNP4(g.94987A>C),其中SNP1、SNP2和SNP3位点间呈强连锁不平衡状态。4个SNPs位点在海南黄牛群体中均表现为中度多态性,且处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。海南黄牛群体中存在4种单倍型(F>0.01),分别是H1(ATG)、H2(GCA)、H3(ACA)和H4(GCG);各单倍型及SNP4突变型对海南黄牛IGF2R基因CDS区mRNA二级结构及其最小自由能均有影响。海南黄牛IGF2R蛋白为亲水蛋白,存在跨膜结构和信号肽,其二级结构主要由无规则卷曲和延伸链构成,α-螺旋和β-转角的占比较小。【结论】在海南黄牛IGF2R基因CDS区共检测到4个错义突变SNPs位点,在海南黄牛群体中均表现为中度多态性,且处于Hardy-Weinberg平衡状态。海南黄牛IGF2R基因SNP位点突变对其mRNA二级结构及稳定性均会造成影响,致使IGF2R蛋白二级结构肽链构象发生改变,进而对海南黄牛生长性状的调控造成影响。 展开更多
关键词 海南黄牛 IGF2R基因 SNP位点 生物信息学 生长性状
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