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题名多数据库联合分析卵巢癌预后相关基因
被引量：3
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作者
王静
苏晓玲
贺海威
王志明
陆楠
徐明娟
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机构
海军军医大学(第二军医大学)第一附属医院妇产科
海军军医大学(第二军医大学)海军特色医学中心妇产科
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出处
《海军军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第2期167-173,共7页
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基金
海军军医大学(第二军医大学)第一附属医院“234学科攀峰计划”(2019YXK014)
深蓝123重点攻关项目(2020YSL009)
海军计生课题(19JSZ05)。
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文摘
目的 寻找卵巢癌预后的关键基因,为卵巢癌治疗提供新的靶点。方法 从基因表达汇编(GEO)数据库GSE18520和GSE14407数据集、癌症基因组图谱(TCGA)数据库及基因型-组织表达(GTEx)数据库中下载卵巢癌相关数据,用R 3.6.2软件limma包进行差异表达基因分析,随后使用R 3.6.2软件cluster Profiler包对差异表达基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。使用STRING数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用网络,利用Cytoscape软件cyto Hubba插件筛选核心基因,利用基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库验证核心基因在卵巢癌组织中的表达情况,随后使用Kaplan-Meier Plotter数据库对核心基因进行生存分析。结果 通过GEO数据库GSE18520、GSE14407数据集及TCGA、GTEx数据库共同筛选获得69个差异表达基因,主要富集在ABC转运体、视黄醇代谢及Wnt信号通路。蛋白质-蛋白质相互作用网络分析提示共有9个核心基因,GEPIA数据库分析结果表明这9个基因在卵巢癌中高表达。Kaplan-Meier Plotter数据库分析结果表明,中心体相关蛋白55(CEP55)、序列相似性83家族蛋白成员D(FAM83D)、驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)、细胞周期依赖性激酶亚基蛋白2(CKS2)和中心体相关激酶2(NEK2)基因高表达的卵巢癌患者总生存期比低表达的患者缩短,CEP55、FAM83D、KIF20A、叉头框蛋白M1(FOXM1)和TTK蛋白激酶(TTK)基因高表达的患者无进展生存期比低表达的患者缩短。结论 CEP55、FAM83D、KIF20A、CKS2、NEK2、FOXM1和TTK的表达与卵巢癌患者的预后密切相关。
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关键词
卵巢肿瘤
预后
生物信息学
差异表达基因
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Keywords
ovarian neoplasms
prognosis
bioinformatics
differentially expressed genes
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分类号
R737.31
[医药卫生—肿瘤]
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