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厚壳贻贝(Mytilus coruscus)足丝蛋白mcofp3和mcofp6的cDNA克隆及序列分析 被引量：6
1
作者 廖智 鲁涛 +3 位作者 李楠楠 徐田军 王日昕 石戈 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期739-747,共9页
通过设计特异性引物,采用PCR扩增的方法对厚壳贻贝足腺细胞cDNA文库进行筛选,共克隆得到14条厚壳贻贝mcofp3的cDNA序列和8条mcofp6的cDNA序列,并对其基因序列及推导的氨基酸序列进行了序列比对和变异位点初步分析。结果表明,14条mcofp3c... 通过设计特异性引物,采用PCR扩增的方法对厚壳贻贝足腺细胞cDNA文库进行筛选,共克隆得到14条厚壳贻贝mcofp3的cDNA序列和8条mcofp6的cDNA序列,并对其基因序列及推导的氨基酸序列进行了序列比对和变异位点初步分析。结果表明,14条mcofp3cDNA序列分属于厚壳贻贝mcofp3家族的两个亚家族,其成熟肽序列变异相对活跃;而8条mcofp6 cDNA序列并无明显的亚家族划分,序列相对保守。本次实验所获得的mcofp cDNA序列初步显示了厚壳贻贝足丝蛋白家族基因的分子多样性,为将来深入了解厚壳贻贝足丝蛋白的分子多样性机制以及在此基础上开发相关的新型生物黏附剂奠定了基础。 展开更多
关键词 厚壳贻贝 足丝蛋白 mcofp3和mcofp6 基因多样性
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利用质谱技术结合EST库搜索鉴定厚壳贻贝新型足丝蛋白(英文) 被引量：1
2
作者 孙敬敬 李楠楠 +1 位作者 王信超 廖智 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期75-84,共10页
贻贝利用足丝粘附于水下各种基质表面.作为一种具有优异粘附性能的生物材料,贻贝足丝蛋白在新型水下粘附剂及表面保护涂层的研制与开发中具有重要的仿生学意义.目前,已报道的贻贝足丝蛋白分子达11种,但是仍然有更多的足丝蛋白分子不为人... 贻贝利用足丝粘附于水下各种基质表面.作为一种具有优异粘附性能的生物材料,贻贝足丝蛋白在新型水下粘附剂及表面保护涂层的研制与开发中具有重要的仿生学意义.目前,已报道的贻贝足丝蛋白分子达11种,但是仍然有更多的足丝蛋白分子不为人知.为进一步探讨贻贝足丝蛋白的分子多样性,并从中筛选具有特殊生物学功能的足丝蛋白分子,本文采用鸟枪法-液相色谱-质谱/质谱技术(shotgun-LC-MS/MS)对厚壳贻贝足丝蛋白进行了蛋白质组学分析.将厚壳贻贝足丝分为足丝纤维和足丝盘两部分,每一部分均采用醋酸-尿素溶液,以及醋酸-盐酸胍溶液进行蛋白质抽提;抽提后的足丝蛋白经胰蛋白酶酶解,利用线性离子阱四级杆质谱(LTQ)进行鸟枪法质谱分析.二级质谱图(MS/MS)用以搜索公共数据库中的贻贝表达序列标签(expressed sequence tag,EST)数据库.采用上述方法,获得14种贻贝新型足丝蛋白的高可信度结果及其所匹配的部分或全长cDNA序列;经结构域分析,发现上述新型贻贝足丝蛋白分子的序列中多数包含各种类型的结构域,包括胶原蛋白结构域、C1Q结构域、C1Q结合结构域、微管蛋白辅助折叠结构域、蛋白酶拮抗结构域、VWA结构域、几丁质酶结构域等.在此基础上,对上述新型足丝蛋白在贻贝足丝形成以及粘附方面的功能进行了推测.上述结果对进一步了解贻贝足丝的分子组成以及粘附机理奠定了基础. 展开更多
关键词 厚壳贻贝 足丝蛋白 鸟枪法-液相色谱-质谱 质谱 表达序列标签
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鮸鱼全长均一化cDNA文库的构建及EST序列信息学分析
3
作者 徐田军 孙悦娜 +1 位作者 石戈 王日昕 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期603-609,共7页
采用双链特异性核酸酶（DSN）均一化技术与SMART技术相结合,以经过鳗弧菌感染后获得的鮸鱼脾脏材料构建均一化全长cDNA文库.该原始文库约含有7.5×106个重组子,插入片段在1~3kb之间,文库滴度为1.6×106CFU·mL-1.从文库中... 采用双链特异性核酸酶（DSN）均一化技术与SMART技术相结合,以经过鳗弧菌感染后获得的鮸鱼脾脏材料构建均一化全长cDNA文库.该原始文库约含有7.5×106个重组子,插入片段在1~3kb之间,文库滴度为1.6×106CFU·mL-1.从文库中随机挑选5 952个克隆进行测序,共获得5 053条表达序列标签（EST）,其中高质量序列4 609条.对序列进行组装后,发现非冗余基因序列3 221条,重叠群656个,单拷贝序列2 565条,冗余率为30.11%.对全部序列分析后发现,其平均读长为550 bp,大部分序列长度在500~599 bp之间,GC含量大部分分布于40%~60%之间.1 397个基因能够进行GO（geneontology）功能注释,并初步筛选到大量与免疫功能相关的蛋白家族及功能域的基因序列,为进一步鮸鱼分子育种奠定了基础. 展开更多
关键词 鮸鱼 脾脏 均一化cDNA文库 表达序列标签
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厚壳贻贝(Mytilus coruscus)血细胞cDNA文库的构建及部分EST序列分析 被引量：10
4
作者 王日昕 廖智 +3 位作者 刘梅 鲁涛 武梅 何光源 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期603-607,共5页
采用TRIZOLReagent提取厚壳贻贝血细胞总RNA,分离纯化mRNA,在此基础上以pCMV sport6质粒为载体通过Gateway技术构建了高质量的厚壳贻贝血细胞cDNA文库,以期获得厚壳贻贝血细胞的EST序列标签以及可能的免疫相关功能基因序列。从文库中随... 采用TRIZOLReagent提取厚壳贻贝血细胞总RNA,分离纯化mRNA,在此基础上以pCMV sport6质粒为载体通过Gateway技术构建了高质量的厚壳贻贝血细胞cDNA文库,以期获得厚壳贻贝血细胞的EST序列标签以及可能的免疫相关功能基因序列。从文库中随机挑选28个克隆进行序列测定及在线BLAST分析。结果表明,在28个随机克隆中,有4个克隆为rRNA基因,7个克隆为未知基因,推测是新基因,17个克隆为功能基因,包括脱氢酶,细胞色素氧化酶,热休克蛋白,金属结合蛋白,肌动蛋白等。以上研究结果为筛选厚壳贻贝免疫相关的新基因,深入研究厚壳贻贝免疫相关因子的分子多样性及免疫机制奠定了基础。 展开更多
关键词 厚壳贻贝 血细胞 免疫因子 CDNA文库 EST
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