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2017-2020年度济宁市乙型流感病毒监测及HA和NA基因变异和进化分析 被引量:14
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作者 王体辉 段延华 +3 位作者 韩淑琪 王胜男 江亚娟 焦伯延 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期301-305,共5页
目的分析济宁市2017—2020年度乙型流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因变异情况及分子进化特征。方法采集2017—2020年度济宁市哨点医院和流感暴发疫情病例咽拭子标本,进行核酸检测、病毒分离,选取20株乙型流感病毒代表毒株进行HA... 目的分析济宁市2017—2020年度乙型流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因变异情况及分子进化特征。方法采集2017—2020年度济宁市哨点医院和流感暴发疫情病例咽拭子标本,进行核酸检测、病毒分离,选取20株乙型流感病毒代表毒株进行HA和NA基因测序,利用生物信息学软件构建进化树并分析分子进化特征。结果2017—2020年度共监测病例标本4575例,流感病毒阳性842例,其中乙型流感病毒阳性398例,阳性率8.70%(398/4575),占比47.27%(398/842)。2017—2020年度济宁分离的BV系和BY系流感病毒与疫苗株比,HA基因同源性分别为98.7%~98.8%、98.5%~99.1%。2018—2020年度BV系流感归属于Victoria clade 1A分支,2017—2018年度BY系流感归属于Yamagata clade 3分支。对抗原表位和耐药位点的变异情况进行了分析,发现多处抗原表位发生了变异,但未发现神经氨酸酶抑制剂耐药位点的变异。结论2017—2020年度济宁市BV系和BY系乙型流感病毒均发生了数个抗原位点变异,出现了抗原转变,可能是引起乙型流感暴发的原因。 展开更多
关键词 乙型流感 血凝素 神经氨酸酶 分子进化
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应用气相色谱法测定室内空气中苯系物浓度效果分析 被引量:2
2
作者 唐娜 《国际感染病学(电子版)》 CAS 2018年第4期11-12,共2页
目的探讨气相色谱法测定室内空气中苯系物浓度。方法应用气相色谱法(DB-FFAP色谱柱,FID检测器)检测室内空气中苯系物浓度。结果苯、甲苯、乙苯、邻二甲苯、间二甲苯、对二甲苯在DB-FFAP色谱柱上分离良好,标准曲线的线性相关系数都在0.99... 目的探讨气相色谱法测定室内空气中苯系物浓度。方法应用气相色谱法(DB-FFAP色谱柱,FID检测器)检测室内空气中苯系物浓度。结果苯、甲苯、乙苯、邻二甲苯、间二甲苯、对二甲苯在DB-FFAP色谱柱上分离良好,标准曲线的线性相关系数都在0.999,9以上,质控样品浓度在标样定值范围内,相对标准偏差在0.55%-0.87%之间。结论气相色谱法适用于室内空气中苯系物的浓度测定。 展开更多
关键词 气相色谱法 苯系物浓度 室内空气
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济宁城区市售食品2017—2018年有机磷农药残留量监测分析 被引量:1
3
作者 唐娜 《中国食品》 2019年第6期118-119,共2页
近年来,有机磷农药对环境及人体造成的潜在危害日益引起人们的关注。此类农药具有内吸作用,因药效高、使用方便,并且在自然条件下能够降解等优点而应用广泛,其品种和产量为各类农药及杀虫剂之首。因此,需要有简便快速、灵敏准确的有机... 近年来,有机磷农药对环境及人体造成的潜在危害日益引起人们的关注。此类农药具有内吸作用,因药效高、使用方便,并且在自然条件下能够降解等优点而应用广泛,其品种和产量为各类农药及杀虫剂之首。因此,需要有简便快速、灵敏准确的有机磷农药残留的检测方法,来确保市场上大量流通的果蔬、粮食、茶叶等食品中的农药残留量达到可食用标准。 展开更多
关键词 有机磷农药残留 农药残留量 监测分析 食品 市售 城区 济宁 潜在危害
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乙型肝炎病毒X蛋白与线粒体延长因子G1相互作用
4
作者 赵福河 焦佰海 焦伯延 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2018年第4期352-356,共5页
目的研究乙型肝炎病毒X蛋白(HBx)与线粒体延长因子G1(EFG1)在酵母细胞及肝癌细胞内的相互作用。方法CytoTrap酵母双杂交法验证HBx蛋白与EFG1蛋白发生相互作用后,聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增EFG1基因,... 目的研究乙型肝炎病毒X蛋白(HBx)与线粒体延长因子G1(EFG1)在酵母细胞及肝癌细胞内的相互作用。方法CytoTrap酵母双杂交法验证HBx蛋白与EFG1蛋白发生相互作用后,聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增EFG1基因,并克隆于真核表达载体pcDNA3.1/myc-His(-)A,确定测序正确并确认EFG1蛋白可在Huh7肝癌细胞表达后,将HBx及EFG1真核表达载体共转染Huh7肝癌细胞,48 h后裂解细胞,免疫共沉淀法(CO-IP)确证HBx蛋白与EFG1蛋白的相互作用。 结果CytoTrap酵母双杂交法证明HBx蛋白与EFG1蛋白存在相互作用;此外成功构建真核表达载体pcDNA3.1/myc-His(-)A-EFG1,与真核表达载体pFLAG-CMV-2-HBx共转染Huh7肝癌细胞后,HBx蛋白与EFG1蛋白可以相互沉淀。结论本研究证实HBx蛋白与EFG1蛋白存在直接相互作用,为研究HBx蛋白对线粒体蛋白表达的影响提供理论基础,为研究HBx蛋白在肝癌发生过程中的作用提供依据。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒X蛋白 线粒体延长因子G1 相互作用
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结核病诊断T-SPOT.TB、Gene Xpert MTB/RIF技术应用价值研究 被引量:5
5
作者 胡婧 周静 +1 位作者 吴雯晶 付嘉 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2022年第12期1454-1458,1474,共6页
目的评估结核分枝杆菌及其利福平耐药株实时荧光定量核酸扩增(Gene Xpert MTB/RIF)和结核感染T细胞斑点试验(T-SPOT.TB)在结核病诊断中的价值。方法分析2020年1月-2022年3月济宁市公共卫生医疗中心收治的住院及门诊病患者643病例的抗酸... 目的评估结核分枝杆菌及其利福平耐药株实时荧光定量核酸扩增(Gene Xpert MTB/RIF)和结核感染T细胞斑点试验(T-SPOT.TB)在结核病诊断中的价值。方法分析2020年1月-2022年3月济宁市公共卫生医疗中心收治的住院及门诊病患者643病例的抗酸染色镜检、960液体培养、Gene Xpert MTB/RIF检测和结核抗体、T-SPOT.TB检测结果,评价Gene XpertMTB/RIF和T-SPOT.TB检测诊断结核病的特点和价值,以临床诊断为金标准,以检测方法的敏感度、特异度及绘制的ROC曲线等作为评价指标。结果抗酸染色、960快速培养和Gene Xpert MTB/RIF检测结核病的敏感度分别为21.57%、39.21%和59.80%,特异度分别为100.00%、97.22%和100.00%。ROC曲线分析显示,抗酸染色、960结核菌培养和Gene XpertMTB/RIF的AUC分别是0.60、0.70和0.80,差异有统计学意义(P<0.05);95%置信区间范围分别为0.50~0.70,0.61~0.78,0.73~0.87。T-SPOT.TB和结核抗体检测的敏感度分别为84.61%和70.19%,特异度分别为95.83%和79.16%。ROC曲线分析结核抗体与TSPOT检测的AUC分别为0.75和0.90,95%,置信区间范围分别为0.64~0.86和0.84~0.97。T-SPOT.TB和Gene Xpert MTB/RIF的阳性率分别为86.47%和36.60%。结论在结核病诊断中,Gene Xpert MTB/RIF和T-SPOT.TB检测结核病的敏感性高于痰涂片和痰培养检查及结核抗体检测,其中T-SPOT.TB检测的阳性率较高。Gene Xpert MTB/RIF和T-SPOT.TB均可应用于肺结核的临床诊断以提高肺结核的诊治效率。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌及利福平耐药株实时荧光定量核酸扩增 结核感染T细胞斑点试验 痰涂片 液体培养 肺结核:结核抗体
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济宁市2014—2021年流行性腮腺炎流行病学特征分析 被引量:3
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作者 解翠华 《中国农村卫生》 2023年第2期62-65,共4页
目的分析济宁市2014—2021年流行性腮腺炎的流行病学特征,为流行性腮腺炎防控提供参考依据。方法收集济宁市2014—2021年所有医疗机构报告的流行性腮腺炎病例信息,应用流行病学方法分析流腮病例的发病时间、发病分布地区和发病人群分布... 目的分析济宁市2014—2021年流行性腮腺炎的流行病学特征,为流行性腮腺炎防控提供参考依据。方法收集济宁市2014—2021年所有医疗机构报告的流行性腮腺炎病例信息,应用流行病学方法分析流腮病例的发病时间、发病分布地区和发病人群分布特征。结果济宁市在2014—2021年间共报告流行性腮腺炎病例6619例,年平均发病率为9.85/10万,无死亡病例。①发病时间具有季节性分布的特点,以冬季和夏季高发,夏季发病率略高于冬季。②分布有明显的地区差异(P<0.05),其中兖州区,任城区,金乡县报告发病率最高(23.9/10万)。③20岁以下报告发病数占病例总数的90.59%(5996/6619),6~10岁组发病率最高,年均发病率65.14/10万,发病数占病例总数的38.30%(2535/6619);各年龄组年均发病率差异有明显的统计学意义(P<0.05)。④男女性别比为1.94∶1,男性年均发病率为12.72/10万,女性年均发病率为7.2/10万,发病率在不同性别人群中的差异有明显的统计学意义(P<0.05)。⑤流行性腮腺炎发病以散居儿童、幼托儿童和学生为主,占发病总数的90.59%(5996/6619),比例最高的是学生,占病例总数的45.74%(3028/6619)。⑥2014—2021年济宁市麻疹-腮腺炎-风疹联合减毒活疫苗年均接种率为92.22%,2017年后免疫接种率保持在90%以上。结论流行性腮腺炎在济宁市各县市区广泛流行,呈周期性高发,发病人群主要集中在幼托儿童和学生,需进一步探索有效防控策略,加强易感人群的免疫保护和重点地区的防控。 展开更多
关键词 流行性腮腺炎 流行特征 分析
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2017—2018年济宁城区市售食品中有机磷农药残留量监测分析 被引量:6
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作者 唐娜 《检验检疫学刊》 2019年第2期44-45,共2页
为了监测济宁市城区市售食品中有机磷农药污染情况及其残留量监测,抽查了济宁市城区主要镇街的市场、商场和饮食单位,采集水果和蔬菜等主要食品,检测甲胺磷等有机磷农药的残留量。结果显示,叶类蔬菜样品有机磷农药残留量超标率显著高于... 为了监测济宁市城区市售食品中有机磷农药污染情况及其残留量监测,抽查了济宁市城区主要镇街的市场、商场和饮食单位,采集水果和蔬菜等主要食品,检测甲胺磷等有机磷农药的残留量。结果显示,叶类蔬菜样品有机磷农药残留量超标率显著高于瓜果类样品(P<0.01)。2017年与2018年各种食品有机磷农药残留量超标率比较无显著性差异(P>0.05)。2017年检出甲胺磷、敌敌畏、毒死蜱农药残留量超标。2018年检出毒死蜱、乙酰甲胺磷、敌敌畏农药残留量超标。由此得出,叶类蔬菜受有机磷农药污染较严重。应对农产品有机磷农药残留污染现状进行全面调查,尽可能把污染的危害降到最低。 展开更多
关键词 济宁市城区 食品 有机磷农药 残留量监测
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济宁市一起学校聚集感染乙型流感病毒Victoria系全基因组测序分析 被引量:2
8
作者 刘甜甜 吴长静 +4 位作者 孔政 张崇 江亚娟 窦慧馨 焦伯延 《中国预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期503-508,共6页
目的分析2021年5月济宁市一起学校聚集感染乙型流感病毒(Influenza B virus,FluB)Victoria系(BV系)聚集疫情的流行病学特点和全基因组特征,为疫情防控提供参考依据。方法对病例进行现场流行病学调查,采集咽拭子样本进行病毒核酸检测和... 目的分析2021年5月济宁市一起学校聚集感染乙型流感病毒(Influenza B virus,FluB)Victoria系(BV系)聚集疫情的流行病学特点和全基因组特征,为疫情防控提供参考依据。方法对病例进行现场流行病学调查,采集咽拭子样本进行病毒核酸检测和细胞培养,对培养毒株进行全基因组测序,利用生物信息学软件分析进化变异特征。结果本次学校流感聚集疫情报告病例29例,班级罹患率为69.05%(29/42);核酸检测BV系阳性率为77.78%(14/18),培养毒株9株。同疫苗株B/Washington/02/2019相比,9株毒株8个节段核苷酸相似性为98.33%~99.74%。9株毒株HA基因序列在进化树上属于1A分支。血凝素抗原决定簇3个氨基酸发生置换,神经氨酸酶抑制剂耐药位点和酸性聚合酶抑制剂耐药位点均未发生变异。HA丢失位于抗原决定簇的N197糖基化位点,NS1丢失N107糖基化位点。多个蛋白的磷酸化位点发生改变。结论引起本次学校聚集疫情的病原体是BV系,应加强对学校流感样病例聚集疫情监测。 展开更多
关键词 乙型流感病毒 Victoria系 聚集疫情 全基因组 学校
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2022年山东省济宁市食品中蜡样芽孢杆菌分布及其分子特征分析
9
作者 孔政 韩淑琪 +2 位作者 丁一 杜照中 焦伯延 《预防医学论坛》 2023年第7期502-506,共5页
目的 了解2022年山东省济宁市食品中蜡样芽孢杆菌的污染情况、药敏情况及其分子特征。方法 按照《2022年国家食品污染物和有害因素风险监测工作手册》方法,采集2022年济宁市辖区90份食品样品,开展蜡样芽孢杆菌分离鉴定;对分离菌株进行... 目的 了解2022年山东省济宁市食品中蜡样芽孢杆菌的污染情况、药敏情况及其分子特征。方法 按照《2022年国家食品污染物和有害因素风险监测工作手册》方法,采集2022年济宁市辖区90份食品样品,开展蜡样芽孢杆菌分离鉴定;对分离菌株进行毒力基因检测、药敏检测和全基因组测序分析。结果 济宁市食品中蜡样芽孢杆菌的检出率为24.44%(22/90)。22株蜡样芽孢杆菌均携带毒力基因,nhe、hbl和ces的阳性率分别为100.00%(22/22)、50.00(11/22)和9.09%(2/22)。分离菌株对苯唑西林和青霉素的耐药率为100%(22/22),对头孢西丁和达托霉素的耐药率分别为95.45%(21/22)和86.36%(19/22);未发现对克林霉素、左氧氟沙星、庆大霉素、万古霉素、替考拉宁、利福平、利奈唑胺和呋喃妥因耐药。获得蜡样芽孢杆菌全基因组序列16条,共分成了9个ST型。结论 2022年山东省济宁市食品中存在蜡样芽孢杆菌污染,检出的蜡样芽孢杆菌均含有毒力基因,并存在一定的耐药性。 展开更多
关键词 食品卫生 蜡样芽孢杆菌 毒力基因 耐药
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应用数字PCR对新型冠状病毒核酸检测结果的分析 被引量:2
10
作者 王体辉 江亚娟 +2 位作者 范莹莹 孔政 焦伯延 《中国口岸科学技术》 2021年第8期65-69,共5页
比较数字PCR(dPCR)和实时荧光定量PCR(qPCR)对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸检测的结果,为利用dPCR对SARS-CoV-2含量低的样品进行核酸检测提供数据支持。利用dPCR和qPCR对济宁市17份新型冠状病毒肺炎(COVID-19)核酸样本进行N基因和ORF1a... 比较数字PCR(dPCR)和实时荧光定量PCR(qPCR)对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸检测的结果,为利用dPCR对SARS-CoV-2含量低的样品进行核酸检测提供数据支持。利用dPCR和qPCR对济宁市17份新型冠状病毒肺炎(COVID-19)核酸样本进行N基因和ORF1ab基因检测。qPCR检测N基因17份阳性,ORF1ab基因15份阳性,N基因和ORF1ab基因Ct值差异无统计学意义,但Ct值大于32的样本,N基因和ORF1ab基因Ct值差异有统计学意义。经dPCR检测获得17份样本的N基因和ORF1ab基因的浓度,Ct值和浓度高度相关。且qPCR检测ORF1ab基因阴性2份样本,dPCR可以检出。dPCR和qPCR检测结果一致性较好,而dPCR检测敏感度和准确性均高于qPCR。对于qPCR检测Ct值较大样本或单基因阳性样本,dPCR可以作为qPCR的有效补充。 展开更多
关键词 数字PCR 实时荧光定量PCR 新型冠状病毒 核酸检测
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2株新型冠状病毒全基因测序及插入和终止突变分析
11
作者 韩淑琪 《预防医学论坛》 2022年第5期330-334,共5页
目的 分析2株新型冠状病毒基因进化变异情况及分子特征。方法 利用二代测序技术,对2份新型冠状病毒核酸检测阳性样本进行全基因组测序。利用生物信息学软件对基因序列进行分析。结果 获得长度分别为29 826 bp和29 837 bp的两条新型冠状... 目的 分析2株新型冠状病毒基因进化变异情况及分子特征。方法 利用二代测序技术,对2份新型冠状病毒核酸检测阳性样本进行全基因组测序。利用生物信息学软件对基因序列进行分析。结果 获得长度分别为29 826 bp和29 837 bp的两条新型冠状病毒全基因序列,与Wuhan-Hu-1株基因序列同源性分别为99.96%和99.97%。两条序列的N蛋白均发生S194L变异,N蛋白S194磷酸化位点和N192潜在糖基化位点消失。其中序列1的3 647~3 648 bp之间插入了CCCAC序列,导致非结构蛋白3(NSP3)发生移码突变,即编码一种新的无跨膜结构、含有完整泛素样结构域的NSP3Δ蛋白。序列2发生了C27978T突变,导致开放读码框8(ORF8)发生终止突变,即编码1个新的仅含28个氨基酸的截短型ORF8蛋白。结论 新型冠状病毒进化变异方式复杂多样,插入突变和终止突变可能改变相关蛋白的结构和性质,应加大新型冠状病毒的病原学监测力度。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 全基因组测序 突变 非结构蛋白3 开放读码框8
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免疫共沉淀验证HBx蛋白与ALDOA、ALDOB和ALDOC相互作用
12
作者 王卫红 《中文科技期刊数据库(全文版)医药卫生》 2021年第3期77-78,共2页
目的;利用免疫共沉淀技术验证乙型肝炎病毒X蛋白(HBx)与醛缩酶A(ALDOA)、ALDOB和ALDOC之间在肝细胞内存在直接相互作用。方法;利用脂质体法将含HBx;编码基因的FLAG标签真核表达载体pFLAG-CMV-2-HBx转染Huh7肝癌细胞;48h后裂解细胞;进行... 目的;利用免疫共沉淀技术验证乙型肝炎病毒X蛋白(HBx)与醛缩酶A(ALDOA)、ALDOB和ALDOC之间在肝细胞内存在直接相互作用。方法;利用脂质体法将含HBx;编码基因的FLAG标签真核表达载体pFLAG-CMV-2-HBx转染Huh7肝癌细胞;48h后裂解细胞;进行免疫共沉淀实验(CO-IP);并通过Western;blot检测免疫沉淀复合物确定HBx蛋白与肝细胞内源性ALDOA、ALDOB和ALDOC存在直接相互作用。结果;用Anit-FLAG抗体对细胞裂解液进行免疫沉淀实验;FLAG-HBx蛋白可以将ALDOA、ALDOB和ALDOC分别沉淀;用Anit-ALDOA、Anit-ALDOB和Anit-ALDOC抗体分别进行免疫沉淀实验;ALDOA、ALDOB和ALDOC均能将FLAG-HBx蛋白沉淀。结论;HBx蛋白与ALDOA、ALDOB和ALDOC在肝细胞内均存在直接相互作用;为进一步研究HBx蛋白的致病机制奠定基础;为阐述醛缩酶在乙型肝炎病毒相关肝癌过程发挥的作用提供依据。 展开更多
关键词 HBX蛋白 ALDOA ALDOB ALDOC 免疫共沉淀
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新型冠状病毒核衣壳蛋白生物信息学分析
13
作者 王玉宁 解翠华 +4 位作者 王胜男 范莹莹 江亚娟 尹强 焦伯延 《智慧健康》 2021年第34期184-187,共4页
目的探讨新型冠状病毒核衣壳蛋白(N蛋白)的生物学特征,为新型冠状病毒肺炎的防控提供依据。方法在NCBI数据库获取N蛋白序列,利用ExPASy分析N蛋白的理化性质和亲疏水性;利用DisPhos分析N蛋白磷酸化位点;利用TMHMM、SignalP和cNLS分析N蛋... 目的探讨新型冠状病毒核衣壳蛋白(N蛋白)的生物学特征,为新型冠状病毒肺炎的防控提供依据。方法在NCBI数据库获取N蛋白序列,利用ExPASy分析N蛋白的理化性质和亲疏水性;利用DisPhos分析N蛋白磷酸化位点;利用TMHMM、SignalP和cNLS分析N蛋白的跨膜结构、信号肽和核定位信号;利用SOPMA和Phyre2分别构建N蛋白的二级结构和三级结构;利用NetMHCIIpan、NetCTL和ABCpred分析辅助性T细胞、杀伤性T细胞、B细胞抗原识别位点;利用PredictProtein分析N蛋白的二硫键、亚细胞定位和RNA结合位点。结果N蛋白由419个氨基酸组成。N蛋白分子式为C1971H3137N607O627S7,等电点为10.07,无跨膜结构无信号肽,含有13个磷酸化位点,含2个核定位信号,主要分布于细胞核。二级结构以无规卷曲和α螺旋为主,并获得三级结构模型。N蛋白含有多个辅助性T细胞、细胞毒性T淋巴细胞和B淋巴细胞抗原识别表位,含有多个DNA和RNA结合位点,35-98和255-277位氨基酸区域可能与新型冠状病毒基因组RNA结合。结论利用生物信息学对N蛋白的理化性质、结构、抗原表位、结合位点进行了预测,为更深刻的了解新型冠状病毒的特征提供线索。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 核衣壳蛋白 生物信息学 基因组
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基于2021—2022年济宁市禽肉中小肠结肠炎耶尔森氏菌检出情况及全基因组的测序分析 被引量:2
14
作者 孔政 丁一 +2 位作者 杜照中 焦伯延 韩淑琪 《中国口岸科学技术》 2023年第5期85-90,共6页
采集140份市售禽肉样本,按照《2021年国家食品污染物和有害因素风险监测工作手册》和《2022年国家食品污染物和有害因素风险监测工作手册》方法分别对2021年和2022年的样本进行小肠结肠炎耶尔森氏菌检测,对分离的菌株进行药敏试验和全... 采集140份市售禽肉样本,按照《2021年国家食品污染物和有害因素风险监测工作手册》和《2022年国家食品污染物和有害因素风险监测工作手册》方法分别对2021年和2022年的样本进行小肠结肠炎耶尔森氏菌检测,对分离的菌株进行药敏试验和全基因组测序分析。结果显示,小肠结肠炎耶尔森氏菌的检出率为4.3%(6/140),其中生禽肉检出率较高,为7.5%(6/80),而在熟禽肉制品中未检出。分离的6株菌株中5株对15种抗生素均敏感,1株菌株对环丙沙星和萘啶酸产生了耐药性。获得6条小肠结肠炎耶尔森氏菌全基因组序列,共分成5个ST型。5株菌株携带ystB、myfA和invA毒力基因;1株菌株携带ystB和myfA毒力基因。本次监测结果说明济宁市生禽肉中能够检出小肠结肠炎耶尔森氏菌,ST分型呈多态分布,含有毒力基因,少量菌株产生了耐药性,应加强对小肠结肠炎耶尔森氏菌的监测力度。 展开更多
关键词 小肠结肠炎耶尔森氏菌 耐药 全基因组序列 毒力基因
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新冠病毒奥密克戎变异株感染者咽拭子样本全基因组测序分析 被引量:2
15
作者 刘赞赞 解翠华 +3 位作者 江亚娟 王小羽 窦慧馨 焦伯延 《中国公共卫生》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期113-116,共4页
目的对一起新型冠状病毒(SARS-CoV-2)奥密克戎(Omicron)变异株引起的疫情感染者咽拭子样本进行全基因组测序分析,为新冠病毒感染疫情防控提供参考依据。方法利用高通量测序技术对2022年4月山东省某县级市4例SARS-CoV-2感染者咽拭子样本... 目的对一起新型冠状病毒(SARS-CoV-2)奥密克戎(Omicron)变异株引起的疫情感染者咽拭子样本进行全基因组测序分析,为新冠病毒感染疫情防控提供参考依据。方法利用高通量测序技术对2022年4月山东省某县级市4例SARS-CoV-2感染者咽拭子样本进行全基因组测序,利用MEGA 7.0.14软件分析病毒同源性并构建进化树、分析变异位点等。结果4条SARS-CoV-2全基因组序列与参考株wuhan-hu-1相比同源性为99.76%~99.77%,在进化树上均位于奥密克戎BA.2进化分支;均发生多个基因位点变异和缺失,其中,A28271T变异致使N翻译起始区的-3位核苷酸由A变异为T;S蛋白LPP24-26缺失致使双色氨酸(WW)结构域的潜在结合基序PPAY25-28丢失。结论Omicron变异株出现大量变异位点,这些变异位点或与Omicron变异株传染性强、隐匿性高、引起临床严重程度低有一定关系。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 奥密克戎变异株 全基因组 翻译起始区 双色氨酸结构域
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