为评价菊苣酸改善猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)感染仔猪后引起其的肠道菌群失衡,本研究设置菊苣酸组、菊苣酸+感染组、感染组和空白组的仔猪结肠内容物样品进行16S rRNA基因高通量测序(Illumina Mi Seq),利用生物信息学软件对各组仔猪肠道...为评价菊苣酸改善猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)感染仔猪后引起其的肠道菌群失衡,本研究设置菊苣酸组、菊苣酸+感染组、感染组和空白组的仔猪结肠内容物样品进行16S rRNA基因高通量测序(Illumina Mi Seq),利用生物信息学软件对各组仔猪肠道微生物菌群多样性、菌群组成及物种差异进行分析。Alpha多样性分析显示,感染组仔猪结肠菌群多样性和丰度最低,菌群失衡;与感染组相比,菊苣酸+感染组仔猪结肠菌群多样性和丰度呈上升趋势。Beta多样性分析显示,菊苣酸+感染组的菌群结构与菊苣酸组、空白组相似,但与感染组存在差异。门、科、属、OUT水平的Venn分析显示,4个实验组中,菊苣酸组仔猪结肠菌群数量最多,感染组仔猪结肠菌群数量最少;菊苣酸+感染组仔猪结肠菌群数量与空白组相近。菌群群落组成分析显示,与空白组、菊苣酸组、菊苣酸+感染组相比,感染组仔猪的厚壁菌门(Firmicutes)、杆菌科(Lactobacillaceae)和乳杆菌属(Lactobacillus)的丰度呈升高趋势,拟杆菌门(Bacteroidota)的丰度降低趋势。菌群物种差异分析显示,互养菌门(Synergistota)的细菌丰度在空白组和菊苣组中呈显著增加,瘤胃球菌种(Ruminococcaceae)的细菌在感染组中的丰度最低。以上结果表明,仔猪口服菊苣酸后再以PDCoV感染,可改善PDCoV感染引起仔猪肠道菌群的失衡,恢复其肠道菌群的多样性和丰度。本研究为菊苣酸改善PDCoV感染引起仔猪肠道菌群的失衡提供了参考依据。展开更多
文摘为评价菊苣酸改善猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)感染仔猪后引起其的肠道菌群失衡,本研究设置菊苣酸组、菊苣酸+感染组、感染组和空白组的仔猪结肠内容物样品进行16S rRNA基因高通量测序(Illumina Mi Seq),利用生物信息学软件对各组仔猪肠道微生物菌群多样性、菌群组成及物种差异进行分析。Alpha多样性分析显示,感染组仔猪结肠菌群多样性和丰度最低,菌群失衡;与感染组相比,菊苣酸+感染组仔猪结肠菌群多样性和丰度呈上升趋势。Beta多样性分析显示,菊苣酸+感染组的菌群结构与菊苣酸组、空白组相似,但与感染组存在差异。门、科、属、OUT水平的Venn分析显示,4个实验组中,菊苣酸组仔猪结肠菌群数量最多,感染组仔猪结肠菌群数量最少;菊苣酸+感染组仔猪结肠菌群数量与空白组相近。菌群群落组成分析显示,与空白组、菊苣酸组、菊苣酸+感染组相比,感染组仔猪的厚壁菌门(Firmicutes)、杆菌科(Lactobacillaceae)和乳杆菌属(Lactobacillus)的丰度呈升高趋势,拟杆菌门(Bacteroidota)的丰度降低趋势。菌群物种差异分析显示,互养菌门(Synergistota)的细菌丰度在空白组和菊苣组中呈显著增加,瘤胃球菌种(Ruminococcaceae)的细菌在感染组中的丰度最低。以上结果表明,仔猪口服菊苣酸后再以PDCoV感染,可改善PDCoV感染引起仔猪肠道菌群的失衡,恢复其肠道菌群的多样性和丰度。本研究为菊苣酸改善PDCoV感染引起仔猪肠道菌群的失衡提供了参考依据。
