以白色杜洛克×二花脸资源家系冬、夏两季的两批F2屠宰个体为材料,分析比较两个季节组背最长肌、半膜肌pH值和肉色间差异及pH值对肉色影响的差异。结果显示:背最长肌和半膜肌pH值和肉色均受季节的显著影响。冬季组背最长肌45 m in p...以白色杜洛克×二花脸资源家系冬、夏两季的两批F2屠宰个体为材料,分析比较两个季节组背最长肌、半膜肌pH值和肉色间差异及pH值对肉色影响的差异。结果显示:背最长肌和半膜肌pH值和肉色均受季节的显著影响。冬季组背最长肌45 m in pH值显著高于夏季组,而2种肌肉24 h pH值在两组间无差异;夏季组2种肌肉的L*值均显著高于冬季组,a*和b*值显著低于冬季组。2组的2种肌肉pH值与L*值显著中度相关,a*值和b*值与pH值仅在夏季组中呈中度相关。展开更多
【目的】利用全基因组关联分析(GWAS)方法搜寻与苏太猪肉质性状相关的候选基因及分子标记。【方法】屠宰测定了150头苏太猪的背最长肌和半膜肌72 h pH值(包括72 h pH、45 min至72 h pH下降值)及72 h肉色性状(包括红度a,黄度b,亮度L和主...【目的】利用全基因组关联分析(GWAS)方法搜寻与苏太猪肉质性状相关的候选基因及分子标记。【方法】屠宰测定了150头苏太猪的背最长肌和半膜肌72 h pH值(包括72 h pH、45 min至72 h pH下降值)及72 h肉色性状(包括红度a,黄度b,亮度L和主观评分)。利用Illumina猪60 K SNP芯片,对这些个体进行基因型判定,用PLINK v1.07对获得的基因型数据进行质量控制,剔除检出率<99.7%、次等位基因频率(minor allele frequency,MAF)<0.05、偏离哈代温伯格(Hardy-Weinberg Equilibrium,HWE)P≤10-5的SNP标记和检出率<90%的个体,最终有150个个体和43 760个SNP用于GWAS研究。利用R语言环境下的GenABEL软件包中的广义线性混合模型,对每个SNP与性状作关联分析,采用Bonferroni方法确定关联显性阈值。群体层化效应的检测通过QQ-plot的结果展示,它通过比较无效假设关联显著性的分布与实际关联性分布的差异来展示可能的群体结构或者显著关联位点。【结果】1.背最长肌72 h pH和半膜肌72 h pH、背最长肌45 min至72 h pH下降值和半膜肌45 min至72 h pH下降值、背最长肌和半膜肌的72 h肌肉黄度、背最长肌和半膜肌的肉色主观评分与肌肉亮度L性状间均为高度相关,且均达到显著水平(P<0.05)。2.群体层化分析没有发现明显的整体系统偏差,也不存在明显群体层化效应。3.关联分析结果表明共有39个SNPs达到染色体显著水平,分布于基因组上的20个区域(≤10 Mb);其中,与pH显著关联的SNPs有17个,除了标记ASGA0082337没有定位在猪基因组序列上,其余16个SNPs分别位于3、4、10、14、X号染色体上;与肉色显著关联的SNPs有22个,它们分别位于1、3、7、10、12、14、15号染色体上;但在背最长肌的红度、亮度和肉色主观评分及半膜肌的亮度和肉色主观评分性状中未检测到显著SNPs。背最长肌和半膜肌的45 min至72 h pH下降值最强关联的SNP位点都为14号染色体上的M1G展开更多
本研究根据FBJ骨肉瘤原癌基因同源物B(FosB)在动物母性行为发生过程中的重要作用,选择其作为影响母猪母性行为的候选基因,以白色杜洛克×二花脸F2资源群体为材料,分析了FosB基因在此群体中的遗传变异及其与分娩母猪母性行为的相关...本研究根据FBJ骨肉瘤原癌基因同源物B(FosB)在动物母性行为发生过程中的重要作用,选择其作为影响母猪母性行为的候选基因,以白色杜洛克×二花脸F2资源群体为材料,分析了FosB基因在此群体中的遗传变异及其与分娩母猪母性行为的相关性。采用PCR产物直接测序法搜寻了FosB基因4888、06 bp 2个片段的单核苷酸多态位点(SNPs),鉴别到FosB-EU163403-g.187A>T,FosB-EU163403-g.188A>C和FosB-EU163403-g.297C>G 3个SNPs。采用PCR-MbiI-RFLP法分析了G297C位点在资源群体中的多态及与母猪母性行为的相关性。传递不平衡检测(TDT)表明该多态位点与母猪杀婴行为、衔草做窝、哺乳、踩仔猪、压仔猪等母性行为均无显著相关性(P>0.364)。FBAT分析结果也证实了这一点(P>0.236)。考虑到母性行为属于复杂性状,可能由微效多基因控制,因此有必要在更大规模群体进行分析或搜寻其他候选基因的突变位点。展开更多
文摘以白色杜洛克×二花脸资源家系冬、夏两季的两批F2屠宰个体为材料,分析比较两个季节组背最长肌、半膜肌pH值和肉色间差异及pH值对肉色影响的差异。结果显示:背最长肌和半膜肌pH值和肉色均受季节的显著影响。冬季组背最长肌45 m in pH值显著高于夏季组,而2种肌肉24 h pH值在两组间无差异;夏季组2种肌肉的L*值均显著高于冬季组,a*和b*值显著低于冬季组。2组的2种肌肉pH值与L*值显著中度相关,a*值和b*值与pH值仅在夏季组中呈中度相关。
文摘【目的】利用全基因组关联分析(GWAS)方法搜寻与苏太猪肉质性状相关的候选基因及分子标记。【方法】屠宰测定了150头苏太猪的背最长肌和半膜肌72 h pH值(包括72 h pH、45 min至72 h pH下降值)及72 h肉色性状(包括红度a,黄度b,亮度L和主观评分)。利用Illumina猪60 K SNP芯片,对这些个体进行基因型判定,用PLINK v1.07对获得的基因型数据进行质量控制,剔除检出率<99.7%、次等位基因频率(minor allele frequency,MAF)<0.05、偏离哈代温伯格(Hardy-Weinberg Equilibrium,HWE)P≤10-5的SNP标记和检出率<90%的个体,最终有150个个体和43 760个SNP用于GWAS研究。利用R语言环境下的GenABEL软件包中的广义线性混合模型,对每个SNP与性状作关联分析,采用Bonferroni方法确定关联显性阈值。群体层化效应的检测通过QQ-plot的结果展示,它通过比较无效假设关联显著性的分布与实际关联性分布的差异来展示可能的群体结构或者显著关联位点。【结果】1.背最长肌72 h pH和半膜肌72 h pH、背最长肌45 min至72 h pH下降值和半膜肌45 min至72 h pH下降值、背最长肌和半膜肌的72 h肌肉黄度、背最长肌和半膜肌的肉色主观评分与肌肉亮度L性状间均为高度相关,且均达到显著水平(P<0.05)。2.群体层化分析没有发现明显的整体系统偏差,也不存在明显群体层化效应。3.关联分析结果表明共有39个SNPs达到染色体显著水平,分布于基因组上的20个区域(≤10 Mb);其中,与pH显著关联的SNPs有17个,除了标记ASGA0082337没有定位在猪基因组序列上,其余16个SNPs分别位于3、4、10、14、X号染色体上;与肉色显著关联的SNPs有22个,它们分别位于1、3、7、10、12、14、15号染色体上;但在背最长肌的红度、亮度和肉色主观评分及半膜肌的亮度和肉色主观评分性状中未检测到显著SNPs。背最长肌和半膜肌的45 min至72 h pH下降值最强关联的SNP位点都为14号染色体上的M1G
文摘本研究根据FBJ骨肉瘤原癌基因同源物B(FosB)在动物母性行为发生过程中的重要作用,选择其作为影响母猪母性行为的候选基因,以白色杜洛克×二花脸F2资源群体为材料,分析了FosB基因在此群体中的遗传变异及其与分娩母猪母性行为的相关性。采用PCR产物直接测序法搜寻了FosB基因4888、06 bp 2个片段的单核苷酸多态位点(SNPs),鉴别到FosB-EU163403-g.187A>T,FosB-EU163403-g.188A>C和FosB-EU163403-g.297C>G 3个SNPs。采用PCR-MbiI-RFLP法分析了G297C位点在资源群体中的多态及与母猪母性行为的相关性。传递不平衡检测(TDT)表明该多态位点与母猪杀婴行为、衔草做窝、哺乳、踩仔猪、压仔猪等母性行为均无显著相关性(P>0.364)。FBAT分析结果也证实了这一点(P>0.236)。考虑到母性行为属于复杂性状,可能由微效多基因控制,因此有必要在更大规模群体进行分析或搜寻其他候选基因的突变位点。
