基于图像插值的小样本手写数字识别研究 被引量：5

1

作者 宋伟 谢建平 +2 位作者 高倩 谢良旭 许晓军 《数据采集与处理》 CSCD 北大核心 2022年第2期298-307,共10页

人工智能方法的高性能通常需要有充足的数据来训练模型参数。如何在数据量不足的情况下提升模型的性能,即小样本学习,是人工智能领域的重要研究方向之一。本文提出了基于图像插值的小样本学习策略,并在手写数字图像识别任务中验证了该... 人工智能方法的高性能通常需要有充足的数据来训练模型参数。如何在数据量不足的情况下提升模型的性能,即小样本学习,是人工智能领域的重要研究方向之一。本文提出了基于图像插值的小样本学习策略,并在手写数字图像识别任务中验证了该策略的可行性。系统研究了全连接神经网络和卷积神经网络对MNIST和USPS手写数字图像识别的小样本学习性能。计算结果表明,基于图像插值的数据增强方法可以显著提升神经网络在小样本数据中的特征提取能力和学习效率,且选择合适的图像插值缩放系数可以进一步优化神经网络的小样本学习性能。 展开更多

关键词 人工智能 手写数字 小样本学习 计算机视觉 图像识别

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以非洲猪瘟病毒DNA聚合酶X为靶点的海洋药物计算机虚拟筛选 被引量：7

2

作者 王卓亚 李阳阳 +3 位作者 徐锡明 于日磊 魏志强 杨金波 《中国海洋药物》 CAS CSCD 2018年第6期1-7,共7页

目的从天然产物中高效快速地筛选出一批有效针对非洲猪瘟病毒的药物苗头化合物,为寻找能抑制猪瘟蔓延的生物饲料提供线索。方法利用计算机辅助药物设计技术,以非洲猪瘟病毒DNA聚合酶X的DNA结合区为靶点,进行虚拟筛选,在陆生和海洋天然... 目的从天然产物中高效快速地筛选出一批有效针对非洲猪瘟病毒的药物苗头化合物,为寻找能抑制猪瘟蔓延的生物饲料提供线索。方法利用计算机辅助药物设计技术,以非洲猪瘟病毒DNA聚合酶X的DNA结合区为靶点,进行虚拟筛选,在陆生和海洋天然产物中,化合物通过文献搜索和数据库查询明确部分天然产物的来源。结果从陆生天然产物库中筛选出16个苗头化合物,其中有5个源自中国;在海洋化合物数据库MarinChem3D中得到了59个苗头化合物,其中有8个源自中国。结论中国境内分布有13种潜在的具抑制非洲猪瘟效果的天然产物,其中大部分来源于海洋生物。 展开更多

关键词 非洲猪瘟病毒 天然产物 海洋化合物 非洲猪瘟病毒DNA聚合酶X 虚拟筛选

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基于体外药效学结合分子对接技术研究穿山龙抗心肌缺血的作用机制

3

作者 杨小芳 孔韧 +3 位作者 权建野 袁博 闫寒 卜伟 《现代药物与临床》 CAS 2023年第4期767-775,共9页

目的 通过液质联用技术、体外药效学及分子对接技术探究穿山龙抗心肌缺血的物质基础和作用机制。方法 利用UPLC-Q TOF-MS技术确定穿山龙醇提物中的主要成分,比较不同质量浓度(40、10、4、0.4、0.004 mg/mL)的穿山龙醇提物对H9c2心肌细... 目的 通过液质联用技术、体外药效学及分子对接技术探究穿山龙抗心肌缺血的物质基础和作用机制。方法 利用UPLC-Q TOF-MS技术确定穿山龙醇提物中的主要成分,比较不同质量浓度(40、10、4、0.4、0.004 mg/mL)的穿山龙醇提物对H9c2心肌细胞缺氧/复氧(H/R)损伤后细胞活力的影响。应用AutoDock软件对潜在药效物质和关键靶点进行分子对接,相关结果采用Cytoscape 3.6.1进行构图和网络拓扑结构分析。结果 从穿山龙的醇提物中鉴定出7个化学成分,并证明穿山龙醇提物对H/R损伤H9c2心肌细胞具有一定的保护作用。筛选出5种(薯蓣皂苷元、薯蓣皂苷、对羟基苄基酒石酸、原薯蓣皂苷、薯蓣次皂苷A)与抗心肌缺血相关的活性成分,5种活性成分的分子对接结果显示潜在的药效物质与关键靶点内皮一氧化氮合酶(NOS)2、NOS3、环氧化酶/细胞色素C氧化酶多肽Ⅱ(COX2)、热休克蛋白(HSP70)对接结果能量低于-8 kcal/mol。结论 穿山龙中的甾体皂苷类成分可能是其治疗心肌缺血的物质基础,穿山龙治疗心肌缺血是多成分与多靶点相互作用的结果。 展开更多

关键词 穿山龙 抗心肌缺血 UPLC-Q TOF-MS技术 薯蓣皂苷元 薯蓣皂苷 对羟基苄基酒石酸 原薯蓣皂苷 薯蓣次皂苷A

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采用分子模拟方法探究MIF与二芳基三唑类抑制剂的结合机理

4

作者 许磊 《江苏理工学院学报》 2023年第2期93-104,共12页

采用一整套分子模拟方法,从原子水平探究了MIF与二芳基三唑类抑制剂的微观结合模式及结构决定性因素。基于能量计算和结合机理的分析发现:高活性二芳基三唑类抑制剂的设计需要与N_(325)形成较强的氢键相互作用,与非极性氨基酸I_(64)形... 采用一整套分子模拟方法,从原子水平探究了MIF与二芳基三唑类抑制剂的微观结合模式及结构决定性因素。基于能量计算和结合机理的分析发现:高活性二芳基三唑类抑制剂的设计需要与N_(325)形成较强的氢键相互作用,与非极性氨基酸I_(64)形成较强的疏水相互作用,与Y_(36)、F_(113)、Y_(323)形成π-π相互作用。 展开更多

关键词 MIF 二芳基三唑类抑制剂 分子对接 分子动力学模拟 MM/GBSA结合自由能

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基于EfficientNetV2和ASPP的脊柱MRI图像分割

5

作者 蔡标 杨成 +3 位作者 徐晴 陆翼 仇胥斌 常珊 《现代计算机》 2023年第13期69-72,84,共5页

脊柱是人体比较重要的器官。针对MRI数据对骨骼识别困难等缺点,提出一种基于简化的EfficientNetV2和ASPP的脊柱MRI图像分割方法。在特定的数据集上训练并进行测试,得到了DSC评价指标为84.61%和IoU评价指标为82.56%的医学图像分割模型。... 脊柱是人体比较重要的器官。针对MRI数据对骨骼识别困难等缺点,提出一种基于简化的EfficientNetV2和ASPP的脊柱MRI图像分割方法。在特定的数据集上训练并进行测试,得到了DSC评价指标为84.61%和IoU评价指标为82.56%的医学图像分割模型。实验数据表明,该方法可以提高MRI图像脊柱分割精度。 展开更多

关键词 EfficientNetV2 脊柱 图像分割 ASPP

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环索奈德通过靶向HIV-1衣壳蛋白六聚体调节其体外装配

6

作者 张莉 张大为 包小峰 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期19-24,共6页

多肽CAI在HIV-1衣壳蛋白(CA)C末端的结合口袋可用来筛选CA蛋白装配调节剂。采用均相时间分辨荧光技术(HTRF)筛选399个化合物,发现1个小分子化合物环索奈德(ciclesonide)能够竞争性抑制十二肽CAI与CA蛋白C末端的结合,其半数抑制浓度IC_(... 多肽CAI在HIV-1衣壳蛋白(CA)C末端的结合口袋可用来筛选CA蛋白装配调节剂。采用均相时间分辨荧光技术(HTRF)筛选399个化合物,发现1个小分子化合物环索奈德(ciclesonide)能够竞争性抑制十二肽CAI与CA蛋白C末端的结合,其半数抑制浓度IC_(50)值为6.06μmol/L。生物膜干涉技术(BLI)测量环索奈德与CA蛋白(单体和六聚体)的结合,环索奈德与CA六聚体的亲和力为159 nmol/L,远远大于其与CA单体的亲和力(K_(D)=1.68 mmol/L)。衣壳蛋白体外装配实验表明,环索奈德能促进CA蛋白的装配,且具有浓度依赖性。分子模拟分析环索奈德与CA蛋白的结合模式,显示环索奈德与CA六聚体的相互作用发生在六聚体相邻亚基N末端-C末端的界面上,并与H67和L211两个残基形成氢键。研究表明,环索奈德是一种潜在的HIV-1衣壳装配调节剂。 展开更多

关键词 环索奈德 衣壳装配 C端结构域 人类免疫缺陷病毒1型 均相时间分辨荧光技术

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计算机模拟技术在SARS-CoV-2病毒分子机制研究中的应用

7

作者 刘凯 许志旺 +2 位作者 何王秋 常珊 孔韧 《现代计算机》 2023年第7期9-15,22,共8页

由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引发的严重急性呼吸系统综合症到目前为止仍然是影响人类健康的重要问题,病毒突变体的不断出现给药物治疗以及疫苗设计带来了严重的挑战。因此,对于新冠病毒生命周期的分子机制及其突变逃逸机制的研究十分重... 由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引发的严重急性呼吸系统综合症到目前为止仍然是影响人类健康的重要问题,病毒突变体的不断出现给药物治疗以及疫苗设计带来了严重的挑战。因此,对于新冠病毒生命周期的分子机制及其突变逃逸机制的研究十分重要。包括分子动力学模拟在内的计算机模拟方法在病毒机制研究方面得到了广泛的应用,故对近年来模拟技术在SARS-CoV-2病毒研究方面的发展状况进行调查,特别探究了分子动力学模拟在刺突蛋白(S蛋白)及其突变体和ACE2以及中和抗体的结合中的应用。 展开更多

关键词 SARS-CoV-2 分子动力学模拟 刺突蛋白 中和抗体

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序列组装在蛋白质测序技术中的方法

8

作者 陆翼 葛成 +3 位作者 徐晴 蔡标 孔韧 常珊 《现代计算机》 2023年第4期18-24,48,共8页

从头测序技术是应用于蛋白质组学的测序方法。与其他测序技术相比,从头测序技术的优势是在不依赖数据库搜索和无需PCR扩增的基础上对DNA或者蛋白质进行测序。目前,从头测序技术也广泛应用于蛋白质组学领域。研究人员为了将测序技术所得... 从头测序技术是应用于蛋白质组学的测序方法。与其他测序技术相比,从头测序技术的优势是在不依赖数据库搜索和无需PCR扩增的基础上对DNA或者蛋白质进行测序。目前,从头测序技术也广泛应用于蛋白质组学领域。研究人员为了将测序技术所得的短序列reads进一步组装成一条完整的序列,就需要使用序列组装方法。首先,介绍了测序技术的发展背景、从头测序技术的概念以及序列组装算法的出现;其次,总结了基于Overlap⁃Layout⁃Consensus策略、deBruijn图策略和Greedy策略的序列组装算法的具体概念和成果;最后,阐述了序列组装算法面临的挑战。 展开更多

关键词 从头测序 序列组装算法 deBruijn图

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八角莲内生真菌抑制HIV-1 IN-LEDGF/p75相互作用活性筛选 被引量：3

9

作者 周雅琴 张大为 +4 位作者 余丽莹 韦莹 唐红珍 杨世林 谭小明 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1808-1813,共6页

该实验以人类免疫缺陷病毒-1(HIV-1)整合酶与晶状体上皮源性生长因子p75蛋白(LEDGF/p75)之间的蛋白-蛋白相互作用为靶点,采用均相时间分辨荧光技术(HTRF),对药用植物八角莲内生真菌发酵产物进行抗该蛋白-蛋白相互作用活性的筛选。结果显... 该实验以人类免疫缺陷病毒-1(HIV-1)整合酶与晶状体上皮源性生长因子p75蛋白(LEDGF/p75)之间的蛋白-蛋白相互作用为靶点,采用均相时间分辨荧光技术(HTRF),对药用植物八角莲内生真菌发酵产物进行抗该蛋白-蛋白相互作用活性的筛选。结果显示,从分离培养的53株不同形态型的内生真菌中,筛选获得8株具有抗IN-LEDGF/p75相互作用活性的内生真菌,其中,106号菌株的发酵液部分提取物的活性最好,IC50为5. 23 mg·L-1; ITS-rDNA,LSU,RPB2序列综合鉴定的结果,表明106号真菌属于Magnaporthaceae科的一个潜在的新种。该研究证明了抗癌药用植物八角莲内生真菌中具有抑制INLEDGF/p75相互作用的天然活性成分,这一结果将为新型抗获得性免疫缺陷综合征药物的研究和开发提供可利用的候选菌株资源。 展开更多

关键词 八角莲 内生真菌 HIV-1 蛋白-蛋白相互作用 整合酶 LEDGF/p75

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面向非专业学生开设“人工智能导论”通选课的教学实践与反思 被引量：2

10

作者 谢良旭 许晓军 《科技风》 2021年第18期68-69,共2页

为配合建设全国知名的高水平职业技术大学的发展导向,以及培养新世纪应用型人才的需求,各高校开始试点面向非计算机专业开设“人工智能导论”公共选修课。根据非专业学生的基础参差不齐、专业背景复杂的特点,借助人工智能的应用案例有... 为配合建设全国知名的高水平职业技术大学的发展导向,以及培养新世纪应用型人才的需求,各高校开始试点面向非计算机专业开设“人工智能导论”公共选修课。根据非专业学生的基础参差不齐、专业背景复杂的特点,借助人工智能的应用案例有针对性地对重点难点内容进行讲授。结合教学实践,对该课程设置的必要性和教学内容进行探索,并对教学过程中的教学策略和考核方式进行总结与反思。本文所总结的教学经验与思考对将来交叉学科的教学情况具有一定的借鉴意义。 展开更多

关键词 人工智能导论 高等教育 教学改革

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纳豆激酶体外溶栓作用研究 被引量：2

11

作者 许晓双 常珊 戴东升 《亚太传统医药》 2019年第3期21-23,共3页

目的:以初凝的小鼠血块为样本模拟小鼠血栓,研究纳豆激酶不同浓度对小鼠的溶栓作用,从而得到溶栓效果好且不溶血的最佳纳豆激酶浓度。方法:采用天然界筛选的菌种发酵提取的2个批次的纳豆激酶NK-1、NK-2,分别稀释至1 000、500、250、125... 目的:以初凝的小鼠血块为样本模拟小鼠血栓,研究纳豆激酶不同浓度对小鼠的溶栓作用,从而得到溶栓效果好且不溶血的最佳纳豆激酶浓度。方法:采用天然界筛选的菌种发酵提取的2个批次的纳豆激酶NK-1、NK-2,分别稀释至1 000、500、250、125、62.5、31.25和15.63U/mL溶解小鼠体外血凝块,以尿激酶为对照,观测计算0～7h内血栓溶解率,并用显微镜及试管观察0～18h内溶栓与溶血效果。结果:500、1 000U/mL纳豆激酶在7h内能完全溶解0.12g左右的小鼠体外血凝块,125、250、500、1000U/mL的纳豆激酶溶解血凝块作用依次增强,表现出一定的剂量效应,尤其是发现125～250U/mL纳豆激酶体外溶栓效果较好,且溶血作用不明显,且500～1000U/mL纳豆激酶可能存在溶血作用。结论:该研究结果可为纳豆激酶新型药物的开发提供理论依据,而且具有一定的产业化参考意义。 展开更多

关键词 纳豆激酶 体外溶栓 溶血

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基于Transformer网络的抗癌肽的预测 被引量：1

12

作者 蔡标 葛成 +3 位作者 徐晴 陆翼 孔韧 常珊 《现代计算机》 2022年第18期9-15,共7页

癌症是造成人类死亡的一个重要原因。抗癌肽(ACPs)是一系列由10~60个氨基酸组成的短肽,可以抑制肿瘤细胞的增殖或迁移,不易引起耐药性。将肽序列作为输入,搭建基于Transformer网络的抗癌肽模型并预测,模型自动将序列信息通过字符嵌入的... 癌症是造成人类死亡的一个重要原因。抗癌肽(ACPs)是一系列由10~60个氨基酸组成的短肽,可以抑制肿瘤细胞的增殖或迁移,不易引起耐药性。将肽序列作为输入,搭建基于Transformer网络的抗癌肽模型并预测,模型自动将序列信息通过字符嵌入的方法映射为特征向量,实现了使用Transformer网络模型来自动识别抗癌肽和非抗癌肽。五倍交叉验证实验结果表明,该模型在数据集ACP240和ACP740上的准确率分别达到87.92%和83.75%。该模型能够有效地预测抗癌肽。 展开更多

关键词 TRANSFORMER 抗癌肽 预测 肽序列

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组蛋白甲基转移酶在骨肉瘤中的研究进展 被引量：2

13

作者 袁晓峰 朴莲花 刘志伟 《中国细胞生物学学报》 CAS CSCD 2018年第9期1593-1598,共6页

组蛋白甲基转移酶(histone methyltransferases,HMTs)主要由一类能催化组蛋白赖氨酸(也可发生于精氨酸、组氨酸、天冬酰胺)甲基化的蛋白质组成,小部分底物也可以为非组蛋白。组蛋白的甲基化修饰参与染色质的多种调控功能,包括基因转录... 组蛋白甲基转移酶(histone methyltransferases,HMTs)主要由一类能催化组蛋白赖氨酸(也可发生于精氨酸、组氨酸、天冬酰胺)甲基化的蛋白质组成,小部分底物也可以为非组蛋白。组蛋白的甲基化修饰参与染色质的多种调控功能,包括基因转录调控、基因组稳定性维持、干细胞成熟分化、DNA修复、炎症免疫调节等多种生理过程。目前已发现多种HMTs在骨肉瘤(osteosarcoma,OS)中的异常表达与患者病程及预后密切相关。针对这些HMTs在骨肉瘤细胞中的作用机制,已有部分高选择性的小分子抑制剂被研制出来,以期未来应用于临床诊断、预后评估及靶向生物治疗。该文就近年来在骨肉瘤领域的组蛋白甲基转移酶及相关抑制剂的研究现状作一综述。 展开更多

关键词 骨肉瘤 组蛋白甲基转移酶 抑制剂 表观遗传学

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以HIV-1 IN-LEDGF/p75相互作用为靶点的抑制剂筛选 被引量：2

14

作者 许晓双 张大为 《中国医药生物技术》 2018年第6期493-499,共7页

目的晶状体上皮源性生长因子p^(75)蛋白(LEDGF/p75)与HIV-1整合酶(IN)之间的蛋白-蛋白相互作用是开发抗HIV-1药物的有效靶点,本文旨在寻找以HIV-1IN-LEDGF/p75相互作用为靶点的小分子抑制剂。方法采用均相时间分辨荧光技术(HTRF)筛选了... 目的晶状体上皮源性生长因子p^(75)蛋白(LEDGF/p75)与HIV-1整合酶(IN)之间的蛋白-蛋白相互作用是开发抗HIV-1药物的有效靶点,本文旨在寻找以HIV-1IN-LEDGF/p75相互作用为靶点的小分子抑制剂。方法采用均相时间分辨荧光技术(HTRF)筛选了799个化合物,比对IN-LEDGF/p75相互作用的抑制活性。结果发现5个化合物——肾上腺酮、6-溴-1,2-二氢萘-1,2-二酮、头孢噻吩、根皮含柘树呫吨酮L和迷迭香酸对该相互作用表现出不同程度的抑制作用,其IC50值分别为12.3、22.7、26.2、18.5和1.13μmol/L。结论为HIV-1IN-LEDGF/p75相互作用抑制剂的发现以及新的抗HIV-1药物的开发提供了重要基础。 展开更多

关键词 HIV整合酶 HIV整合酶抑制剂 LEDGF/p75 均相时间分辨荧光技术 蛋白-蛋白相互作用

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分子对接与分子动力学模拟法探究PI3Kδ/度维利塞(Duvelisib)的选择性结合

15

作者 郁莉 蒋颖敏 +1 位作者 许磊 朱景宇 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期341-348,共8页

大量研究表明磷脂酰肌醇3-激酶δ(PI3Kδ)与多种恶性肿瘤及免疫疾病的发生、发展密切相关,因此成为一个备受关注的药物靶点。伊德利塞(Idelalisib),PI3Kδ抑制剂,是首个被FDA批准上市的PI3K抑制剂,以此开启了PI3Kδ选择性抑制剂开发的热... 大量研究表明磷脂酰肌醇3-激酶δ(PI3Kδ)与多种恶性肿瘤及免疫疾病的发生、发展密切相关,因此成为一个备受关注的药物靶点。伊德利塞(Idelalisib),PI3Kδ抑制剂,是首个被FDA批准上市的PI3K抑制剂,以此开启了PI3Kδ选择性抑制剂开发的热潮,但是严重的毒副作用阻碍了该类化合物的使用。随后,度维利塞(Duvelisib,IPI-145)于2018年被批准上市,度维利塞是PI3Kδ/γ选择性抑制剂,然而目前关于度维利塞的选择性PI3K抑制分子机制报道较少,且目前尚无度维利塞/PI3K复合物晶体结构报道。因此本文采用整合的计算机模拟策略来揭示度维利塞的选择性抑制机制:通过分子对接获得度维利塞与PI3K各亚型的合理结合构象;分子动力学模拟结合自由能计算揭示选择性产生的关键位点及热点氨基酸。目前,因与其他亚型之间高度的同源性与结构保守性,使得PI3Kδ选择性抑制剂开发受到极大挑战,本文以上市药物度维利塞为研究主体,有望为新型PI3Kδ选择性抑制剂的开发及合理药物设计提供一定的指导意义。 展开更多

关键词 磷脂酰肌醇-3-激酶δ(PI3Kδ) 选择性抑制剂 度维利塞(Duvelisib IPI-145) 分子对接 分子动力学模拟(MD) 自由能计算

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神经网络的深度与宽度对药物分子pKa预测性能影响的研究 被引量：1

16

作者 谢良旭 薛亮亮 李峰 《江苏理工学院学报》 2021年第2期1-8,共8页

pKa(解离常数)关系到药物分子在生物体内的吸收、代谢等过程。近年来,基于机器学习模型预测药物分子性质在药物筛选中获得广泛应用,神经网络可通过在深度与宽度两个方向上的扩展来增强模型的学习能力。以神经网络在药物分子pKa预测中的... pKa(解离常数)关系到药物分子在生物体内的吸收、代谢等过程。近年来,基于机器学习模型预测药物分子性质在药物筛选中获得广泛应用,神经网络可通过在深度与宽度两个方向上的扩展来增强模型的学习能力。以神经网络在药物分子pKa预测中的应用为例,比较了神经网络的深度与宽度对预测结果的影响。通过分析预测结果的均方差以及预测值与真实值之间的相关系数,系统地评估了模型的深度与宽度对预测性能的影响。基于定量的比较结果,提出了组合的神经网络模型计算方案。计算结果表明:深度神经网络模型在使用组合MACCS和ECFP指纹时,预测准确性超过了单一的宽度或深度神经网络。 展开更多

关键词 人工智能 神经网络 深度学习 定量构效关系 药物发现 PKA

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采用分子模拟方法探究巨噬细胞移动抑制因子与异噁唑类抑制剂的结合模式及相互作用 被引量：1

17

作者 李焕婷 许磊 +1 位作者 杨敏 高博闻 《广东药科大学学报》 CAS 2021年第6期7-13,共7页

目的采用分子模拟方法探究巨噬细胞移动抑制因子(Macrophage migration inhibitory factor, MIF)与异噁唑类抑制剂的结合模式及相互作用,设计出更强抗炎活性的MIF抑制剂。方法基于MIF与典型的异噁唑类抑制剂ISO-1及其类似物ISO-66的晶... 目的采用分子模拟方法探究巨噬细胞移动抑制因子(Macrophage migration inhibitory factor, MIF)与异噁唑类抑制剂的结合模式及相互作用,设计出更强抗炎活性的MIF抑制剂。方法基于MIF与典型的异噁唑类抑制剂ISO-1及其类似物ISO-66的晶体结构1LJT、4K9G,采用Glide半柔性分子对接方法中3种不同精度的打分函数(HTVS、SP、XP),将已知的ISO-1系列抑制剂分别对接到MIF结合口袋中。通过比较对接打分与实验活性的线性相关性,获得最优的晶体结构和打分模式;接着分析MIF重要氨基酸残基与ISO-1类似物侧链基团的相互作用及结构决定性因素。在此基础上,设计了6个新颖的MIF抑制剂分子,并对它们进行分子对接打分及成药性预测。结果根据对接打分发现,4K9G-HTVS模式可以获得最佳的受体-配体结合亲和力排序,通过在R侧链引入较大的非极性基团可以与Pro33、Ile64、Trp108、Phe113等形成较强的疏水相互作用。理论预测结果显示,设计的6个新颖结构的ISO-1类似物,具有较强的MIF抑制活性和较好的成药性。结论本文计算结果为深入了解MIF与配体的结合机理,理性设计具有更强抗炎活性和成药性的ISO-1衍生物提供了理论基础。 展开更多

关键词 巨噬细胞移动抑制因子 异噁唑类化合物 分子对接 相互作用

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基于新型冠状病毒SARS-CoV-2主蛋白酶结构的小分子抑制剂虚拟筛选

18

作者 徐浩 薛瑞 +5 位作者 李娟 李波 陈舟 朴莲花 常珊 孔韧(指导) 《江苏理工学院学报》 2021年第2期65-71,共7页

通过使用分子对接与虚拟筛选技术,以SARS-CoV-2主蛋白酶(Main Protease,Mpro)为靶点,利用Autodock Vina软件和Python脚本进行分子对接,结合小分子的对接评分与结合模式分析,筛选出特异性作用于主蛋白酶的小分子抑制剂。结果发现,以SARS-... 通过使用分子对接与虚拟筛选技术,以SARS-CoV-2主蛋白酶(Main Protease,Mpro)为靶点,利用Autodock Vina软件和Python脚本进行分子对接,结合小分子的对接评分与结合模式分析,筛选出特异性作用于主蛋白酶的小分子抑制剂。结果发现,以SARS-CoV-2主蛋白酶原配体N3为对照,Reactive blue 2等分子具有更好的对接打分与合理的结合模式,或可成为潜在的主蛋白酶小分子抑制剂,可为寻找抗新冠病毒治疗药物提供线索。 展开更多

关键词 分子对接 COVID-19 虚拟筛选 主蛋白酶 小分子抑制剂

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HTLV-1蛋白酶与印地那韦识别的分子动力学模拟

19

作者 常珊 梁立 +2 位作者 刘嵬 胡建平 苟小军 《湖北农业科学》 2015年第12期3034-3040,共7页

对HTLV-1蛋白酶和抑制剂印地那韦的复合物进行了11 ns的分子动力学模拟,从分子整体、氢键、结合自由能及运动性等方面进行了分析。结果表明,动力学模拟使得体系更为松弛,但大部分氢键仍得到保持;疏水相互作用有利于HTLV-1蛋白酶和印地... 对HTLV-1蛋白酶和抑制剂印地那韦的复合物进行了11 ns的分子动力学模拟,从分子整体、氢键、结合自由能及运动性等方面进行了分析。结果表明,动力学模拟使得体系更为松弛,但大部分氢键仍得到保持;疏水相互作用有利于HTLV-1蛋白酶和印地那韦的结合,关键残基主要分布在R10、L30-V39、V56-F67和W98-I1004个区域;结合自由能预测值与试验数据吻合较好。印地那韦结合仅能部分抑制HTLV-1蛋白酶的Flap、top-site以及两个exo-site位点柔性,解释了印地那韦的HIV-1 PR抑制活性为何略大于HTLV-1 PR。该研究为基于受体结构的抗HTLV-1药物研发打下了一定的结构和理论基础。 展开更多

关键词 HTLV-1蛋白酶 印地那韦 分子动力学模拟 分子识别 结合自由能

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蛋白质精氨酸甲基转移酶抑制剂的研究进展

20

作者 许晓双 朴莲花 孔韧 《江苏医药》 CAS 2018年第9期1068-1071,共4页

蛋白质精氨酸甲基转移酶(PRMTs)主要负责催化蛋白质底物中精氨酸残基的甲基化,涉及转录、RNA剪接、DNA修复等多种重要的细胞过程。PRMTs的异常表达与肿瘤、乳腺癌和白血病等疾病的发生密切相关,因此PRMTs抑制剂的研究已成为药物研发中... 蛋白质精氨酸甲基转移酶(PRMTs)主要负责催化蛋白质底物中精氨酸残基的甲基化,涉及转录、RNA剪接、DNA修复等多种重要的细胞过程。PRMTs的异常表达与肿瘤、乳腺癌和白血病等疾病的发生密切相关,因此PRMTs抑制剂的研究已成为药物研发中的热门内容。本文从作用机理、药理活性等方面阐述了主要PRMTs抑制剂的研究进展。 展开更多

关键词 抑制剂 IC 组蛋白 AMI 乳腺癌 蛋白质精氨酸甲基转移酶 精氨酸甲基化 精氨酸

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