目的通过比较幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)感染者和H.pylori阴性健康人群胃内菌群差异,探讨H.pylori对胃内菌群的影响。方法 30例H.pylori感染者和30名H.pylori阴性健康志愿者胃黏膜标本,经组织研磨匀浆后提取基因组,对16S...目的通过比较幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)感染者和H.pylori阴性健康人群胃内菌群差异,探讨H.pylori对胃内菌群的影响。方法 30例H.pylori感染者和30名H.pylori阴性健康志愿者胃黏膜标本,经组织研磨匀浆后提取基因组,对16S r DNA基因V3-V4高变区进行扩增,构建小片段文库,基于Illumina Hi Seq 2000测序平台,利用250 bp Paired-End的方法进行双末端测序。下机数据经过生物信息处理后,得到有效序列,以97%一致性将序列聚类成为OTUs,经聚类及物种注释后获得每个样本在各分类水平的分布情况。比较分析两组样品α多样性差异和β多样性差异。统计分析两组在各分类水平相对丰度变化情况。寻找因H.pylori感染引起相对丰度发生显著变化的物种。结果与H.pylori阴性对照组相比,H.pylori阳性组α多样性显著降低。β多样性结果显示,组内的菌群结构相似度高,而组间的菌群相似度较低。H.pylori阴性对照组内优势菌属为Shewanella、Streptococcus、Escherichia、Pseudomonas、Prevotella、Neisseria、Oscillospira;而H.pylori阳性组内优势菌属为Helicobacter、Prevotella、Pseudomonas、Fusobacterium和Streptococcus。H.pylori阳性组内Streptococcus、Prevotella、Fusobacterium、Campylobacter、Porphyromonas、Rothia、Neisseria、Heamophilus[Prevotella]、Veillonella、Leptotrichia、Actinomyces、Bulleidia相对丰度显著升高;而阴性对照组Shewanella显著升高。结论H.pylori能够显著影响胃黏膜菌群结构,H.pylori可能与胃内菌群共同促进消化性溃疡、萎缩性胃炎、胃癌、MALT淋巴瘤的发生、发展。展开更多
文摘目的通过比较幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)感染者和H.pylori阴性健康人群胃内菌群差异,探讨H.pylori对胃内菌群的影响。方法 30例H.pylori感染者和30名H.pylori阴性健康志愿者胃黏膜标本,经组织研磨匀浆后提取基因组,对16S r DNA基因V3-V4高变区进行扩增,构建小片段文库,基于Illumina Hi Seq 2000测序平台,利用250 bp Paired-End的方法进行双末端测序。下机数据经过生物信息处理后,得到有效序列,以97%一致性将序列聚类成为OTUs,经聚类及物种注释后获得每个样本在各分类水平的分布情况。比较分析两组样品α多样性差异和β多样性差异。统计分析两组在各分类水平相对丰度变化情况。寻找因H.pylori感染引起相对丰度发生显著变化的物种。结果与H.pylori阴性对照组相比,H.pylori阳性组α多样性显著降低。β多样性结果显示,组内的菌群结构相似度高,而组间的菌群相似度较低。H.pylori阴性对照组内优势菌属为Shewanella、Streptococcus、Escherichia、Pseudomonas、Prevotella、Neisseria、Oscillospira;而H.pylori阳性组内优势菌属为Helicobacter、Prevotella、Pseudomonas、Fusobacterium和Streptococcus。H.pylori阳性组内Streptococcus、Prevotella、Fusobacterium、Campylobacter、Porphyromonas、Rothia、Neisseria、Heamophilus[Prevotella]、Veillonella、Leptotrichia、Actinomyces、Bulleidia相对丰度显著升高;而阴性对照组Shewanella显著升高。结论H.pylori能够显著影响胃黏膜菌群结构,H.pylori可能与胃内菌群共同促进消化性溃疡、萎缩性胃炎、胃癌、MALT淋巴瘤的发生、发展。
