全基因组关联分析(genome-wide association studies,GWAS)是一种利用大规模群体的DNA样本进行全基因组高密度基因型分型,探究与目标性状相关联的遗传变异的研究方法。GWAS在揭示猪重要经济性状的变异规律和推动基因组选择在猪育种中的...全基因组关联分析(genome-wide association studies,GWAS)是一种利用大规模群体的DNA样本进行全基因组高密度基因型分型,探究与目标性状相关联的遗传变异的研究方法。GWAS在揭示猪重要经济性状的变异规律和推动基因组选择在猪育种中的实际应用等方面有着重要作用。本综述主要围绕GWAS的基本原理、GWAS的分析方法、GWAS在猪育种方面取得研究进展和其未来展望进行综述,以期为利用GWAS进行猪重要经济性状遗传基础的研究提供参考。展开更多
文摘全基因组关联分析(genome-wide association studies,GWAS)是一种利用大规模群体的DNA样本进行全基因组高密度基因型分型,探究与目标性状相关联的遗传变异的研究方法。GWAS在揭示猪重要经济性状的变异规律和推动基因组选择在猪育种中的实际应用等方面有着重要作用。本综述主要围绕GWAS的基本原理、GWAS的分析方法、GWAS在猪育种方面取得研究进展和其未来展望进行综述,以期为利用GWAS进行猪重要经济性状遗传基础的研究提供参考。
文摘系谱是动物育种的重要信息来源,本研究旨在探究高密度SNP标记重构系谱在生产群体中的效果,填补使用高密度SNP信息重构多品种、大规模真实生产猪群的空白。本研究利用Illumina GeneSeek GGP Porcine 50K芯片对四川某猪场2017—2021年出生的1471头曾祖代纯种杜洛克猪(n=986)和长白猪(n=485)进行分型,通过共祖片段法(common ancestor fragment method)分析上述两个品种群体内基因组亲缘关系,由此分别重构两品种群体系谱。同时选取有个体芯片分型信息及系谱记录的115头种猪,通过严格控制生产操作流程保证其系谱记录准确无误,用以评价准确性。结果表明,基于共祖片段法利用基因组信息可以同时推断多代次、品种混合的真实生产群体内个体对间的共祖片段分布情况及比例,且较状态相同片段(identical by state,IBS)能更准确的区分个体间亲缘关系,借此判断个体间亲缘关系并进一步推断家系结构。同时该方法在115头种猪的验证群体中共推断出702对亲缘关系,包括系谱记录的全部亲子关系对(n=184)、全同胞对(n=175)、半同胞关系对(n=109)和祖孙关系对(n=18),同时较记录系谱能额外推断出个体间未记录的三级亲缘关系(n=8)和四级亲缘关系(n=18)。其重构的系谱较常见三代系谱能更清晰地体现家系内个体间亲缘关系。本研究所用基于血缘同源(identity by descent,IBD)片段法(即共祖片段法)分析高密度SNP标记重构多品种群体系谱的方法可快速、简便的判断多品种混合群体的系谱正确性,可对丢失系谱的个体重构系谱,为选种选配、计算育种值及GWAS挖掘等育种工作提供基础。
