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基于TCGA数据集分析LINC00900在甲状腺乳头状癌中的表达及临床意义
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作者 黎春 郭陈刚 +1 位作者 逯素梅 马万山 《检验医学与临床》 CAS 2024年第9期1229-1234,共6页
目的研究甲状腺乳头状癌(PTC)中长链非编码RNA00900(LINC00900)的表达与患者临床病理特征及预后的关系。方法利用美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库收集PTC数据资料,下载基因表达谱资料和PTC临床病例信息资料。比较PTC癌组织和癌旁甲状腺... 目的研究甲状腺乳头状癌(PTC)中长链非编码RNA00900(LINC00900)的表达与患者临床病理特征及预后的关系。方法利用美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库收集PTC数据资料,下载基因表达谱资料和PTC临床病例信息资料。比较PTC癌组织和癌旁甲状腺组织中LINC00900的表达。分析LINC00900表达与患者临床病理特征的关系。绘制Kaplan-Meier生存曲线分析LINC00900表达与PTC患者生存时间的关系。通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)预测与LINC00900相关的蛋白编码基因(PCGs),利用注释、可视化和集成发现数据库(DAVID)在线注释工具对筛选出的PCGs进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果LINC00900在PTC癌组织的表达水平显著高于癌旁正常甲状腺组织(P<0.001)。不同年龄、病理T分期、组织学类型PTC患者的LINC00900表达水平比较,差异均有统计学意义(P<0.05);≥55岁PTC患者LINC00900表达水平明显低于<55岁组(P<0.01);T3~T4期PTC患者的LINC00900表达水平明显低于T1~T2期(P<0.01);高细胞亚型PTC患者LINC00900表达水平低于经典型、滤泡型和其他型(P<0.01)。Kaplan-Meier生存曲线结果显示,LINC00900高表达组PTC患者的生存率明显高于低表达组(Log-rankχ^(2)=6.691,P<0.05)。功能富集分析结果显示,LINC00900可能通过核小体装配、mRNA的剪接、组蛋白H3甲基化的修饰、染色体绑定、组蛋白乙酰转移酶调节因子活性调节、鞘氨醇-1-磷酸磷酸酶活性调节、黏蛋白型O-聚糖生物合成等通路影响PTC的进展及预后。结论在PTC中,LINC00900高表达是一种预后保护因素,可作为辅助判断PTC预后的有效生物标志物之一。 展开更多
关键词 甲状腺乳头状癌 癌症基因组图谱 长链非编码RNA LINC00900 生存曲线 预后
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组蛋白H1序列固有无序特性分析 被引量：2
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作者 王春玲 于家峰 +1 位作者 王红梅 王吉华 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1082-1086,共5页
组蛋白H1对于高阶染色质结构的形成和基因表达调控具有重要作用.为了揭示组蛋白H1在染色质结构形成中的生物学机制,本文对组蛋白H1三个结构域C-terminal domain(CTD)、N-terminal domain(NTD)和Globular domain(GD)及各区域连接位点对... 组蛋白H1对于高阶染色质结构的形成和基因表达调控具有重要作用.为了揭示组蛋白H1在染色质结构形成中的生物学机制,本文对组蛋白H1三个结构域C-terminal domain(CTD)、N-terminal domain(NTD)和Globular domain(GD)及各区域连接位点对应序列氨基酸偏好、复杂度等序列特征进行了系统对比研究,并对各区域进行了固有无序蛋白有序区/无序区预测分析.结果表明,组蛋白H1三个结构中,中间的球状结构域(GD)中的氨基酸序列是非常保守的,NTD富含疏水氨基酸,CTD末端富含碱性氨基酸.进一步的研究表明,CTD和NTD两个结构域普遍具有固有无序特性,因此这些区域具有较大的柔性结构,对其在染色质形成中行使的重要生物学功能具有重要意义. 展开更多
关键词 组蛋白H1 固有无序蛋白 序列分析
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