目的利用生物信息学方法探索酒精性肝病(alcoholic liver disease,ALD)潜在的关键基因并通过实验验证,为寻找ALD潜在的生物标志物提供依据。方法从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的公...目的利用生物信息学方法探索酒精性肝病(alcoholic liver disease,ALD)潜在的关键基因并通过实验验证,为寻找ALD潜在的生物标志物提供依据。方法从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的公共基因芯片数据平台(Gene Expression Omnibus,GEO)的数据库下载两个基因表达谱芯片(GSE28619和GSE100901),利用GEO2R筛选出酒精性肝病实验组与正常对照组的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),对DEGs进行基因本体论(gene ontology,GO)与京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路的富集分析,进一步应用STRING数据库构建蛋白质的相互作用网络,用Cytoscape来筛选出关键基因。构建ALD小鼠模型,通过RT-qPCR验证筛选出关键基因。结果总共鉴定出173个DEGs,GO显示DEGs生物学功能主要涉及5个KEGG通路,包括补体和凝血级联、胆固醇代谢、视黄醇代谢、药物代谢-细胞色素P450、胆汁分泌相关信号通路,结合蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI)和CytoHubba的结果,筛选出SERPINC1、AHSG、FGG、FGA、ITIH3、FGB、APOB、ALB和APOH 9个关键基因,通过RT-qPCR检测验证,发现与WT小鼠相比,ALD小鼠肝脏ALB、APOB和FGB的mRNA表达上调(P<0.05),而ITIH3、FGG和SERPINC1的mRNA表达下调(P<0.05)。结论ALB、APOB、FGB、ITIH3、FGG、SERPINC1有望成为ALD潜在的生物标志物。展开更多
目的建立可同时测定尿中11种羟基多环芳烃(hydroxy-polycyclic aromatic hydrocarbons,OH-PAHs)的超高效液相色谱串联质谱分析(ultra-high performance liquid chromatography tandem with mass spectrometry,UPLC-MS/MS)法。方法尿液...目的建立可同时测定尿中11种羟基多环芳烃(hydroxy-polycyclic aromatic hydrocarbons,OH-PAHs)的超高效液相色谱串联质谱分析(ultra-high performance liquid chromatography tandem with mass spectrometry,UPLC-MS/MS)法。方法尿液样品在pH=5.5条件下,在37℃水浴中经β-葡萄糖苷酸酶—芳基硫酸酯酶避光水解16 h,3.0 mL正己烷萃取、涡旋、离心,取上层有机相,重复萃取两次,合并萃取液,氮吹至近干,再复溶于20%乙腈水溶液中。流动相为水和10%异丙醇甲醇溶液,梯度洗脱模式洗脱,CORTECS C18色谱柱分离,ESI-模式测定尿液中11种羟基多环芳烃浓度,内标法定量分析。结果11种羟基多环芳烃线性关系良好,相关系数(r)均大于0.997。方法的检出限为0.01~0.10 ng/mL;日间回收率为79.8%~97.3%,精密度为1.9%~4.7%(n=3);日内回收率为78.6%~92.3%,精密度为3.7%~7.1%(n=3)。结论该方灵敏度高,准确可靠,适用于人群中多种羟基多环芳烃的监测。展开更多
文摘目的利用生物信息学方法探索酒精性肝病(alcoholic liver disease,ALD)潜在的关键基因并通过实验验证,为寻找ALD潜在的生物标志物提供依据。方法从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的公共基因芯片数据平台(Gene Expression Omnibus,GEO)的数据库下载两个基因表达谱芯片(GSE28619和GSE100901),利用GEO2R筛选出酒精性肝病实验组与正常对照组的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),对DEGs进行基因本体论(gene ontology,GO)与京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路的富集分析,进一步应用STRING数据库构建蛋白质的相互作用网络,用Cytoscape来筛选出关键基因。构建ALD小鼠模型,通过RT-qPCR验证筛选出关键基因。结果总共鉴定出173个DEGs,GO显示DEGs生物学功能主要涉及5个KEGG通路,包括补体和凝血级联、胆固醇代谢、视黄醇代谢、药物代谢-细胞色素P450、胆汁分泌相关信号通路,结合蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI)和CytoHubba的结果,筛选出SERPINC1、AHSG、FGG、FGA、ITIH3、FGB、APOB、ALB和APOH 9个关键基因,通过RT-qPCR检测验证,发现与WT小鼠相比,ALD小鼠肝脏ALB、APOB和FGB的mRNA表达上调(P<0.05),而ITIH3、FGG和SERPINC1的mRNA表达下调(P<0.05)。结论ALB、APOB、FGB、ITIH3、FGG、SERPINC1有望成为ALD潜在的生物标志物。
文摘目的建立可同时测定尿中11种羟基多环芳烃(hydroxy-polycyclic aromatic hydrocarbons,OH-PAHs)的超高效液相色谱串联质谱分析(ultra-high performance liquid chromatography tandem with mass spectrometry,UPLC-MS/MS)法。方法尿液样品在pH=5.5条件下,在37℃水浴中经β-葡萄糖苷酸酶—芳基硫酸酯酶避光水解16 h,3.0 mL正己烷萃取、涡旋、离心,取上层有机相,重复萃取两次,合并萃取液,氮吹至近干,再复溶于20%乙腈水溶液中。流动相为水和10%异丙醇甲醇溶液,梯度洗脱模式洗脱,CORTECS C18色谱柱分离,ESI-模式测定尿液中11种羟基多环芳烃浓度,内标法定量分析。结果11种羟基多环芳烃线性关系良好,相关系数(r)均大于0.997。方法的检出限为0.01~0.10 ng/mL;日间回收率为79.8%~97.3%,精密度为1.9%~4.7%(n=3);日内回收率为78.6%~92.3%,精密度为3.7%~7.1%(n=3)。结论该方灵敏度高,准确可靠,适用于人群中多种羟基多环芳烃的监测。
