目的:通过生物信息学方法分析甲状腺乳头状癌预后相关基因,为后续实验提供理论基础,以便进一步研究甲状腺乳头状癌发生的可能机制。方法:利用生物信息学方法从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中下载甲状腺乳头状癌...目的:通过生物信息学方法分析甲状腺乳头状癌预后相关基因,为后续实验提供理论基础,以便进一步研究甲状腺乳头状癌发生的可能机制。方法:利用生物信息学方法从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中下载甲状腺乳头状癌和癌旁组织样本的RNA测序数据,通过差异分析获取差异基因;利用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes Genomes,KEGG)进行差异基因生物学功能和通路富集分析;通过蛋白交互网络分析法(protein-protein interaction,PPI)筛选出关键基因;通过生存分析研究关键基因对甲状腺乳头状癌患者生存预后的影响。结果:在TCGA数据库中共筛选出甲状腺乳头状癌患者237例,其中甲状腺乳头状癌组织212例,甲状腺癌旁组织25例。通过差异基因分析后共筛选出715个差异基因;通路富集分析显示,神经信号转导活性、逆行内源性大麻素信号为主要的信号通路;通过PPI法共筛选出18个关键基因,包含9个上调基因和9个下调基因;通过生存分析发现高表达OPRK1的患者预后较差。结论:OPRK1的表达水平变化与患者的生存时间存在显著相关性,具体机制有待进一步研究。展开更多
目的通过生物信息学方法探讨影响Ⅲ期结肠癌患者预后的相关基因,为后续实验室研究提供依据。方法从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中下载所有结肠癌患者转录组的mRNA测序数据,筛选出Ⅲ期结肠癌患者,通过差异表达...目的通过生物信息学方法探讨影响Ⅲ期结肠癌患者预后的相关基因,为后续实验室研究提供依据。方法从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中下载所有结肠癌患者转录组的mRNA测序数据,筛选出Ⅲ期结肠癌患者,通过差异表达分析获取癌组织与癌旁组织中的差异表达基因;通过GO功能和通路富集分析以获取差异基因的主要功能和通路;通过蛋白相互作用网络分析法(protein-protein interaction,PPI)筛选出核心转录组基因;通过生存分析法探讨上述核心基因对生存预后的影响。结果在TCGA数据库中,筛选出Ⅲ期结肠癌患者共126例,包含了126例癌组织和8例癌旁组织。比较癌组织和癌旁组织的基因表达,获得991个差异表达基因;富集分析提示差异表达基因在cAMP信号通路和神经活性配体-受体相互作用相关通路中功能较为活跃;PPI法共筛选出了20个核心差异基因,分别是NPY,CASR,NPY2R,PENK,CCL16,SST,HTR1D,CXCL5,CNR1,PYY,CXCR5,PPBP,INSL5,P2RY4,P2RY12,GALR1,GNG8,GNG13,CHRM2,TAS1R1;通过生存分析发现高表达CXCL5以及GNG13的患者预后较差。结论CXCL5和GNG13基因高表达是影响Ⅲ期结肠癌患者预后的不良因素,其内在的分子机制有待后续进一步验证。展开更多
文摘目的:通过生物信息学方法分析甲状腺乳头状癌预后相关基因,为后续实验提供理论基础,以便进一步研究甲状腺乳头状癌发生的可能机制。方法:利用生物信息学方法从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中下载甲状腺乳头状癌和癌旁组织样本的RNA测序数据,通过差异分析获取差异基因;利用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes Genomes,KEGG)进行差异基因生物学功能和通路富集分析;通过蛋白交互网络分析法(protein-protein interaction,PPI)筛选出关键基因;通过生存分析研究关键基因对甲状腺乳头状癌患者生存预后的影响。结果:在TCGA数据库中共筛选出甲状腺乳头状癌患者237例,其中甲状腺乳头状癌组织212例,甲状腺癌旁组织25例。通过差异基因分析后共筛选出715个差异基因;通路富集分析显示,神经信号转导活性、逆行内源性大麻素信号为主要的信号通路;通过PPI法共筛选出18个关键基因,包含9个上调基因和9个下调基因;通过生存分析发现高表达OPRK1的患者预后较差。结论:OPRK1的表达水平变化与患者的生存时间存在显著相关性,具体机制有待进一步研究。
文摘目的通过生物信息学方法探讨影响Ⅲ期结肠癌患者预后的相关基因,为后续实验室研究提供依据。方法从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中下载所有结肠癌患者转录组的mRNA测序数据,筛选出Ⅲ期结肠癌患者,通过差异表达分析获取癌组织与癌旁组织中的差异表达基因;通过GO功能和通路富集分析以获取差异基因的主要功能和通路;通过蛋白相互作用网络分析法(protein-protein interaction,PPI)筛选出核心转录组基因;通过生存分析法探讨上述核心基因对生存预后的影响。结果在TCGA数据库中,筛选出Ⅲ期结肠癌患者共126例,包含了126例癌组织和8例癌旁组织。比较癌组织和癌旁组织的基因表达,获得991个差异表达基因;富集分析提示差异表达基因在cAMP信号通路和神经活性配体-受体相互作用相关通路中功能较为活跃;PPI法共筛选出了20个核心差异基因,分别是NPY,CASR,NPY2R,PENK,CCL16,SST,HTR1D,CXCL5,CNR1,PYY,CXCR5,PPBP,INSL5,P2RY4,P2RY12,GALR1,GNG8,GNG13,CHRM2,TAS1R1;通过生存分析发现高表达CXCL5以及GNG13的患者预后较差。结论CXCL5和GNG13基因高表达是影响Ⅲ期结肠癌患者预后的不良因素,其内在的分子机制有待后续进一步验证。
