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题名高粱SBP-box基因家族全基因组鉴定及表达分析
被引量：20
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作者
常建忠
闫凤霞
乔麟轶
郑军
张福耀
柳青山
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机构
山西省农业科学院旱地农业研究中心农业部黄土高原作物基因资源和种质创制重点实验室
山西省农业科学院高粱研究所高粱遗传与种质创新山西省重点实验室
山西省农业科学院作物科学研究所
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出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第6期569-580,共12页
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基金
现代农业产业技术体系建设专项(编号:CARS-06-01-01)
山西省财政支农项目(编号:2014ZYFZ-09)
+1 种基金
山西省农业科学院重点项目(编号:YZD1401)
山西省农业科学院博士研究基金项目(编号:YBSJJ1407)资助~~
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文摘
SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN box(SBP-box)基因家族编码一类绿色植物特有的转录因子,其功能涉及作物遗传改良的许多方面,如产量、株型、抗逆性等,具有重要的实际应用价值。本研究通过生物信息学方法从高粱(Sorghum bicolor L.)全基因组中鉴定出18个SBP-box基因,分布于9条染色体上,其中8个基因位于基因组重复区域。系统发育分析表明高粱SBP-box基因家族可分为6个亚家族,其中Sb SBP12、Sb SBP3和Sb SBP15分别与玉米Zm LG1、Zm TGA1和Zm UB2/3直系同源。基于RNA-seq数据的表达分析发现高粱SBP-box基因在花序原基中表达量最高,Sb SBP9和Sb SBP17为花序原基特异表达基因,Sb SBP5、Sb SBP8和Sb SBP18等基因受外源ABA和PEG胁迫上调表达,表明SBP-box基因可能参与高粱对非生物逆境的响应。本研究为高粱SBP-box家族重要基因的克隆提供了参考,相关基因可作为高粱遗传改良的候选基因。
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关键词
高粱
SBP—box基因家族
系统进化分析
表达分析
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Keywords
Sorghum bicolor L.
SBP-box gene family
phylogenetic analysis
expression analysis
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分类号
Q943.2
[生物学—植物学]
S514
[农业科学—作物学]
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