近年来,引起手足口病的多种柯萨奇病毒逐渐引起人们的关注。为探索柯萨奇病毒进化和变异的潜在机制,本文以柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12五种型别病毒的全基因组RNA为研究对象,针对编码结构蛋白的P1区和编码非结构蛋白的P2-P3区基因,分别...近年来,引起手足口病的多种柯萨奇病毒逐渐引起人们的关注。为探索柯萨奇病毒进化和变异的潜在机制,本文以柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12五种型别病毒的全基因组RNA为研究对象,针对编码结构蛋白的P1区和编码非结构蛋白的P2-P3区基因,分别计算五种型别柯萨奇病毒的核苷酸和氨基酸遗传距离、相对同义密码子使用度(Relative synonymous codon usage,RSCU)、有效密码子数(Effective number of codon,ENC),并进行中性进化分析以及对应分析。结果表明,五种型别柯萨奇病毒的密码子使用均存在多样性,偏倚较弱;与G/C相比,它们的密码子第三位更偏向于使用A/U。ENC-plot分析表明,五种型别柯萨奇病毒P1区受到的突变压力作用均强于P2-P3区。然而,中性进化和对应分析的结果提示,突变压力对这些病毒密码子偏倚的形成仅起着较小的作用,而自然选择在病毒的进化过程中起着更重要的作用。本研究基于密码子水平的生物信息学分析,评估了突变压力和自然选择在柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12这五种型别病毒进化中的作用,为深入了解柯萨奇病毒的遗传进化机制提供了理论依据。展开更多
目的基于网络药理学方法阐明金银花治疗糖尿病主要活性成分、作用靶点,揭示其潜在作用机制。方法依据中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)挖掘金银花的...目的基于网络药理学方法阐明金银花治疗糖尿病主要活性成分、作用靶点,揭示其潜在作用机制。方法依据中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)挖掘金银花的活性成分与对应靶点,以药动学参数[生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%、类药性(drug-likeness,DL)≥0.18]为条件进行筛选,运用人类基因-疾病相关的数据库(GeneCards)、OMIM数据库筛选出金银花活性成分的糖尿病靶点;运用Cytoscape 3.8.2绘制“成分-靶点-疾病”网络,借助STRING数据库绘制蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络图;应用R 4.0.4软件及Bioconductor软件对金银花潜在作用的糖尿病靶点的基因本体(gene ontology,GO)以及京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路进行分析;使用RCSB PDB和TCMSP数据库、Pymol和AutoDockTools 1.5.6软件对金银花核心化合物和靶点进行分子对接。结果从金银花中筛选得到DL及口服吸收较好的16个主要活性成分,预测治疗糖尿病的相关靶点120个,GO功能分析及KEGG通路富集分析显示,金银花治疗糖尿病作用机制主要涉及DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合等生物过程,并通过脂质与动脉硬化、PI3K-Akt信号通路和TNF信号通路等多条通路共同发挥作用;分子对接结果显示,金银花核心化合物中的木犀草素、槲皮素以及山柰酚对AKT 1具有较高亲和力。结论金银花治疗糖尿病是多成分、多靶点、多通路的作用结果,这为金银花治疗糖尿病的进一步研究提供了理论基础。展开更多
文摘近年来,引起手足口病的多种柯萨奇病毒逐渐引起人们的关注。为探索柯萨奇病毒进化和变异的潜在机制,本文以柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12五种型别病毒的全基因组RNA为研究对象,针对编码结构蛋白的P1区和编码非结构蛋白的P2-P3区基因,分别计算五种型别柯萨奇病毒的核苷酸和氨基酸遗传距离、相对同义密码子使用度(Relative synonymous codon usage,RSCU)、有效密码子数(Effective number of codon,ENC),并进行中性进化分析以及对应分析。结果表明,五种型别柯萨奇病毒的密码子使用均存在多样性,偏倚较弱;与G/C相比,它们的密码子第三位更偏向于使用A/U。ENC-plot分析表明,五种型别柯萨奇病毒P1区受到的突变压力作用均强于P2-P3区。然而,中性进化和对应分析的结果提示,突变压力对这些病毒密码子偏倚的形成仅起着较小的作用,而自然选择在病毒的进化过程中起着更重要的作用。本研究基于密码子水平的生物信息学分析,评估了突变压力和自然选择在柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12这五种型别病毒进化中的作用,为深入了解柯萨奇病毒的遗传进化机制提供了理论依据。
文摘目的基于网络药理学方法阐明金银花治疗糖尿病主要活性成分、作用靶点,揭示其潜在作用机制。方法依据中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)挖掘金银花的活性成分与对应靶点,以药动学参数[生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%、类药性(drug-likeness,DL)≥0.18]为条件进行筛选,运用人类基因-疾病相关的数据库(GeneCards)、OMIM数据库筛选出金银花活性成分的糖尿病靶点;运用Cytoscape 3.8.2绘制“成分-靶点-疾病”网络,借助STRING数据库绘制蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络图;应用R 4.0.4软件及Bioconductor软件对金银花潜在作用的糖尿病靶点的基因本体(gene ontology,GO)以及京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路进行分析;使用RCSB PDB和TCMSP数据库、Pymol和AutoDockTools 1.5.6软件对金银花核心化合物和靶点进行分子对接。结果从金银花中筛选得到DL及口服吸收较好的16个主要活性成分,预测治疗糖尿病的相关靶点120个,GO功能分析及KEGG通路富集分析显示,金银花治疗糖尿病作用机制主要涉及DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合等生物过程,并通过脂质与动脉硬化、PI3K-Akt信号通路和TNF信号通路等多条通路共同发挥作用;分子对接结果显示,金银花核心化合物中的木犀草素、槲皮素以及山柰酚对AKT 1具有较高亲和力。结论金银花治疗糖尿病是多成分、多靶点、多通路的作用结果,这为金银花治疗糖尿病的进一步研究提供了理论基础。
