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基于细菌16S rRNA基因扩增子测序数据的系统发生树图制作方法 被引量：3
1
作者 丁可 阎星羽 +3 位作者 廉振颖 成丽娟 刁玉涛 王家林 《医学信息》 2021年第1期67-74,共8页
目的通过QIIME系统和R语言的“ggtree”包绘制基于细菌16S rRNA基因扩增子测序数据的系统发生树图,并构建系统发生树图操作流程。方法通过QIIME将16S rRNA基因测序数据转化为OTUs表,对OTUs表数据进行筛选和转换,用相关命令生成Newick格... 目的通过QIIME系统和R语言的“ggtree”包绘制基于细菌16S rRNA基因扩增子测序数据的系统发生树图,并构建系统发生树图操作流程。方法通过QIIME将16S rRNA基因测序数据转化为OTUs表,对OTUs表数据进行筛选和转换,用相关命令生成Newick格式的系统发生树文件,以此文件为输入,用R语言“ggtree”包的相关函数和代码绘制不同类型的系统发生树图。结果成功开发了绘制系统发生树图的工作流程,使用该流程对公开发表的细菌16S rRNA基因扩增子测序数据进行处理,生成了包含物种丰度和分类信息的OTUs表,以该表为输入数据,绘制了物种相对丰度累积条图和多种形式的系统发生树图。结论使用本流程绘制的图形更准确和美观,最大的优点是能通过各种附加信息对树形图进行多方面的注释,还可以针对系统发生与微生物丰度联合作图。 展开更多
关键词 16S rRNA基因 QIIME系统 R语言“ggtree”包 系统发生树 操作流程
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miR-664b-3p调控Caspase-1介导细胞焦亡在深静脉血栓形成中的作用 被引量：3
2
作者 褚楚 刘文 +7 位作者 郭红 赵霖 魏然 张振 郭强 朱肖肖 王彬 李霞 《山东医药》 CAS 2021年第8期20-23,共4页
目的观察深静脉血栓形成(DVT)患者外周血微小RNA-664b-3p(miR-664b-3p)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶1(Caspase-1)水平变化,分析二者在细胞焦亡中的调控关系。方法选择健康志愿者(健康对照组)和DVT患者(DVT组)各30例,空腹抽取外周静脉血,分... 目的观察深静脉血栓形成(DVT)患者外周血微小RNA-664b-3p(miR-664b-3p)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶1(Caspase-1)水平变化,分析二者在细胞焦亡中的调控关系。方法选择健康志愿者(健康对照组)和DVT患者(DVT组)各30例,空腹抽取外周静脉血,分离血清及单个核细胞(PBMC)。Western blotting法检测PBMC中活化的半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶1(Cleaved Caspase-1)、焦孔素D(GSDMD)活性片段(GSDMD-N)蛋白,qPCR法检测PBMC中的miR-664b-3p,ELISA法检测血清中的细胞焦亡相关炎症因子白细胞介素(IL)1β和IL-18蛋白。采用Target Scan 7.2生物信息学软件,预测miR-664b-3p与Caspase-1 mRNA的3′非翻译区(3′UTR)是否存在互补结合位点;分别构建包含结合位点的野生型及突变型Caspase-1 mRNA 3′UTR质粒,双荧光素酶报告基因系统检测miR-664b-3p对其荧光素酶报告基因活性的影响。结果DVT组PBMC中Cleaved Caspase-1、GSDMD-N蛋白表达及血清IL-1β、IL-18蛋白水平均高于健康对照组,miR-664b-3p表达低于健康对照组(P均<0.05);生物信息学分析显示,miR-664b-3p与Caspase-1 mRNA的3′UTR存在互补结合位点;转染miR-664b-3p mimics可以降低野生型Caspase-1 mRNA 3′UTR荧光素酶报告基因活性(P<0.05),但对突变型Caspase-1 mRNA 3′UTR报告基因活性无显著影响(P>0.05)。结论DVT患者PBMC中miR-664b-3p表达降低,可解除对靶基因Caspase-1的表达抑制,Caspase-1活性增强使GS⁃DMD-N表达升高,进而导致细胞焦亡及相关炎症因子(IL-1β、IL-18)表达升高,最终导致DVT。 展开更多
关键词 深静脉血栓形成 细胞焦亡 微小RNA-664b-3p 半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶1 焦孔素D 白细胞介素
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姜黄素的药理作用及其在脑血管疾病与痴呆防治中的研究进展 被引量：6
3
作者 王耀宇 张雨萌 +3 位作者 吕天翼 张华 刘振东 宋华静 《中华老年心脑血管病杂志》 北大核心 2022年第6期667-669,共3页
脑血管疾病具有高患病率、高复发率、高病死率等特点,严重危害人类健康。随着人类寿命的延长、社会老龄化进程的加速,我国脑血管疾病的发病率和病死率持续增高,严重影响我国居民健康,成为阻碍社会经济发展的重大公共卫生问题。因此,寻... 脑血管疾病具有高患病率、高复发率、高病死率等特点,严重危害人类健康。随着人类寿命的延长、社会老龄化进程的加速,我国脑血管疾病的发病率和病死率持续增高,严重影响我国居民健康,成为阻碍社会经济发展的重大公共卫生问题。因此,寻找有效的预防和治疗方法也逐渐成为研究的热点。姜黄素是从姜科姜黄属植物根茎中提取的一种植物多酚,具有抗氧化应激、抗炎、抗纤维化等多种药理作用,对脑血管疾病的防治具有重要的应用价值。我们就近年来姜黄素在脑血管疾病防治中的研究和应用进展进行综述。 展开更多
关键词 姜黄素 脑血管障碍 痴呆 活性氧 PPARΓ 自噬 细胞凋亡 白细胞介素6
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基于微滴数字PCR检测线粒体DNA低频异质性
4
作者 漆小琴 王嘉慧 +7 位作者 王雅雅 方晨 程凤 张晓梦 李娜 马鲁豫 王艳 严江伟 《中国法医学杂志》 CSCD 2022年第6期579-583,共5页
目的 基于微滴数字PCR(Droplet digital PCR,ddPCR)技术,建立线粒体DNA低频异质性检测方法。方法 针对DNA标准品9947A和HL-60线粒体分型不同的两个SNP位点(nt93和nt16311)以及9947A存在的异质性位点(nt1393、nt3242和nt7861)设计引物和... 目的 基于微滴数字PCR(Droplet digital PCR,ddPCR)技术,建立线粒体DNA低频异质性检测方法。方法 针对DNA标准品9947A和HL-60线粒体分型不同的两个SNP位点(nt93和nt16311)以及9947A存在的异质性位点(nt1393、nt3242和nt7861)设计引物和探针,建立ddPCR反应体系,分别检测9947A和HL-60的6种不同混合比例(1:1、1:4、1:9、1:99、1:999、1:999 9)的异质性模型和9947A的异质性位点,并进行测序验证。结果经过验证,所建方法成功检测出9947A的异质性位点,并能检测出异质性比例低至0.01%的位点。结论 本研究建立的基于ddPCR技术的检测方法,可用于线粒体低频异质性分析。 展开更多
关键词 ddPCR 线粒体DNA 低频异质性
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大黄联合益生菌治疗老年重度急性脑梗死的临床疗效研究 被引量：7
5
作者 王莹 肖贺 刘春华 《老年医学与保健》 CAS 2023年第1期30-34,共5页
目的探究大黄联合益生菌治疗对老年重度急性脑梗死患者肠道菌群、胃肠道功能、炎症指标及预后的影响。方法选取2020年1月—2021年12月收治的老年重度急性脑梗死患者128例,随机分为观察组(n=64)和对照组(n=64)。所有患者入组后接受心电... 目的探究大黄联合益生菌治疗对老年重度急性脑梗死患者肠道菌群、胃肠道功能、炎症指标及预后的影响。方法选取2020年1月—2021年12月收治的老年重度急性脑梗死患者128例,随机分为观察组(n=64)和对照组(n=64)。所有患者入组后接受心电监护与常规对症治疗。在此基础之上,对照组接受益生菌肠内营养支持,观察组接受益生菌肠内营养支持联合大黄治疗,2组均连续治疗4周。比较2组治疗前后的肠道菌群、胃肠道功能、炎症指标及预后情况。结果2组治疗前后双歧杆菌、乳杆菌、肠球菌和大肠杆菌的菌群数差值比较,差异有统计学意义(均P<0.001)。2组治疗前后降钙素基因相关肽和胃动素的差值比较,差异有统计学意义(均P<0.001)。2组治疗前后白介素-6、C反应蛋白和肿瘤坏死因子-α的差值比较,差异有统计学意义(均P<0.001)。2组美国国立卫生研究院脑卒中量表评分治疗前后的差值比较,差异有统计学意义(P<0.001)。结论大黄联合益生菌可能通过维持肠道菌群平衡、恢复胃肠道功能和减轻炎症反应等,改善老年重度急性脑梗死患者的预后。 展开更多
关键词 老年 脑梗死 大黄 益生菌 肠道菌群
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静息与感染状态下巨噬细胞和经典树突状细胞的发育及功能研究进展
6
作者 张蕾 崔洁 +2 位作者 梁尹攀 张欢欢 伊淑莹 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期556-560,共5页
巨噬细胞(MAC)和经典树突状细胞(cDC)是免疫防御的首要防线,在先天免疫和适应性免疫中扮演着重要角色,它们具有高度组织特异性,能够精确的适应环境变化。MAC在维持组织稳态和免疫监视方面发挥作用,而cDC作为最有效的抗原提呈细胞,在免... 巨噬细胞(MAC)和经典树突状细胞(cDC)是免疫防御的首要防线,在先天免疫和适应性免疫中扮演着重要角色,它们具有高度组织特异性,能够精确的适应环境变化。MAC在维持组织稳态和免疫监视方面发挥作用,而cDC作为最有效的抗原提呈细胞,在免疫应答中起关键作用。这两种细胞类型之间也存在相似性和相互联系,MAC和cDC都能识别病原体和组织损伤,它们通过分泌细胞因子激活其他先天免疫细胞,并通过与T细胞的相互作用启动或调节适应性免疫。本文总结了静息与感染过程中MAC及cDC的发育及功能的研究进展,阐述了它们在免疫系统中的关系和相互作用,为疾病的深入研究提供了理论基础。 展开更多
关键词 巨噬细胞 树突状细胞 炎症 免疫训练 免疫耐受 综述
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