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山东省11株人星状病毒的全基因组序列特征分析
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作者 陈萌 徐明怡 +5 位作者 刘尧 林小娟 许金珂 王素婷 徐爱强 陶泽新 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期40-47,共8页
目的了解山东省人星状病毒(HAstV)的全基因组特征。方法收集山东省2020—2022年急性弛缓性麻痹病例监测系统的粪便标本,采用实时荧光定量PCR检测HAstV核酸,针对阳性标本应用下一代测序技术对HAstV的全基因组序列进行测定和分析,进行型... 目的了解山东省人星状病毒(HAstV)的全基因组特征。方法收集山东省2020—2022年急性弛缓性麻痹病例监测系统的粪便标本,采用实时荧光定量PCR检测HAstV核酸,针对阳性标本应用下一代测序技术对HAstV的全基因组序列进行测定和分析,进行型别鉴定,使用BioEdit和Mega软件进行同源性比较和系统发生学分析。结果共检测了667份标本,14份为HAstV核酸阳性(2.1%),其中HAstV-1基因型6份,MLB1基因型6份,MLB2基因型1份,VA2基因型1份。共有11份标本获得了全基因组序列。其中,6株HAstV-1型本地序列之间的核苷酸相似性为98.2%~99.9%,与其他地区HAstV-1的全基因组序列的核苷酸相似性为87.6%~98.6%;4株MLB1型本地序列之间的核苷酸相似性为99.1%~99.9%,与其他地区的MLB1型全基因组序列相似性为92.2%~99.4%;1株VA2型本地序列与其他VA2型全基因组序列相似性为96.0%~96.3%。基于ORF2编码区的系统发生学结果显示,HAstV-1型本地序列与日本株具有较为密切的亲缘关系,且与基于ORF1a、ORF1b序列的系统发生树拓扑结构不一致。结论共获得11株HAstV的全基因组序列,并发现了VA2型序列。 展开更多
关键词 病毒 基因扩增 人星状病毒 宏基因组测序
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