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SARS-CoV-2与SARS病毒基因组中密码子使用的比较
1
作者 王芳平 王志坚 +1 位作者 孙咏萍 安战海 《中国医学物理学杂志》 CSCD 2023年第11期1402-1407,共6页
目的:分析冠状病毒基因中密码子的进化和变异。方法:运用生物信息学方法和生物统计学方法,对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)和非典病毒(SARS)基因中密码子使用的偏好性和密码子的上下文关系进行比较分析。结果:两种病毒密码子的使用都存在显... 目的:分析冠状病毒基因中密码子的进化和变异。方法:运用生物信息学方法和生物统计学方法,对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)和非典病毒(SARS)基因中密码子使用的偏好性和密码子的上下文关系进行比较分析。结果:两种病毒密码子的使用都存在显著的偏好性(RSCU值的变化为0.10~2.67),且偏好使用的密码子(偏爱密码子)和避免使用的密码子(稀有密码子)基本是一致的;通过相关性分析发现在两种病毒中密码子适应性指数(CAI)与密码子第三位点的GC含量(GC3)呈显著的负相关性,但SARS-CoV-2的负相关性更强(SARS-CoV-2:R^(2)=0.76,P<0.001;SARS:R^(2)=0.48,P<0.001),随着CAI的增大,GC3降低由于CAI是反映基因表达水平的参数,即高表达基因偏好低GC3的同义密码子。比较偏爱密码子和稀有密码子的上下文关系,发现偏爱密码子与稀有密码子各位点的核苷酸组分存在显著差异,这种差异性表现为在密码子不同位点GC和AT的显著区别,反映了GC含量对同义密码子使用偏爱性的约束。结论:SARSCoV-2和SARS病毒基因组GC含量、密码子的上下文关系、密码子各位点核苷酸的组分、基因的表达水平是影响密码子偏爱性的重要因素,研究结果对SARS-CoV-2和SARS病毒基因组的进化和变异的研究具有参考意义。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 非典病毒 二核苷酸 GC含量 密码子适应性指数
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三种模式微生物基因组中GC含量的比较 被引量：4
2
作者 王芳平 王志坚 李永香 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期2215-2220,共6页
GC含量是核酸序列组成的重要特征,其含量可作为反映进化的一种指标。为了探索GC含量作用于基因组的进化压力,本研究研究了大肠杆菌(Escherichia coli)和枯草杆菌(Bacillus subtilis)、真核生物酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)三种... GC含量是核酸序列组成的重要特征,其含量可作为反映进化的一种指标。为了探索GC含量作用于基因组的进化压力,本研究研究了大肠杆菌(Escherichia coli)和枯草杆菌(Bacillus subtilis)、真核生物酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)三种模式微生物基因组编码序列的GC含量,分析了其基因组中蛋白质编码序列的GC含量与编码序列长度的关联,结果发现编码序列的GC含量与序列相对频数有一定的相关性,且编码序列的GC含量随序列相对频数的分布具有一定的规律。根据分布曲线我们推测这种规律应该符合某种分布,并用各种分布函数进行拟合,研究结果发现基因组中编码序列的GC含量随序列频数的分布与高斯分布相符合,且这种分布在真核生物和原核生物间有显著区别。另外,不同长度的编码序列GC含量的分析结果表明,编码序列的GC含量与序列长度有一定的相关性。 展开更多
关键词 大肠杆菌(Escherichia coli) 枯草杆菌(Bacillus subtilis) 真核生物酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)GC含量 高斯分布
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果蝇基因组中内含子数目随其长度的分布研究 被引量：2
3
作者 王芳平 王志坚 李永香 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期1062-1066,共5页
为了研究内含子可能储存的有关生命进化信息,本研究以果蝇基因组中的内含子为样本,统计了内含子在不同长度区间内的相对频数,得到了内含子随其长度的分布,发现这种分布呈现出一定的规律性,即长度在1~80 bp内的内含子数目随其长度增加而... 为了研究内含子可能储存的有关生命进化信息,本研究以果蝇基因组中的内含子为样本,统计了内含子在不同长度区间内的相对频数,得到了内含子随其长度的分布,发现这种分布呈现出一定的规律性,即长度在1~80 bp内的内含子数目随其长度增加而增加,长度大于80 bp的内含子数目随其长度的增加而减少;本研究推论这种分布规律应该与某种分布模型一致,经过各种分布的拟合,最后发现这种分布与Γ(α,β)分布相符合;另外,将果蝇内含子分布规律和相应的外显分布进行了比较分析,发现虽然两类序列的分布规律都符合Γ(α,β)分布,但也存在明显的区别,并就此讨论了两类序列在生物进化中的意义。 展开更多
关键词 果蝇 基因组 内含子 Γ(α β)
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