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题名单细胞转录组数据批次效应评测的研究进展
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作者
李小刚
高正
陈佳锋
冯山入
傅修涛
丁振斌
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机构
复旦大学附属中山医院肝脏外科与移植外科
教育部癌变与侵袭原理重点实验室
上海市徐汇区中心医院
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出处
《生物信息学》
2023年第3期155-160,共6页
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基金
国家自然科学基金项目(No.81972229)
复旦大学附属中山医院优秀骨干计划项目(No.2019ZSGG03)
复旦大学附属中山医院优秀青年计划项目(No.2019ZSYQ07)。
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文摘
单细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing,ScRNA seq)是一种变革性的生物技术,以前所未有的高分辨率来解析组织复杂性,解决了普通转录组测序(Bulk RNA sequencing)无法回答的问题。但单细胞数据的高通量及复杂性给分析带来极大难度,批次效应(Batch effects,BEs)的处理便是主要挑战之一。批次效应是高通量生物数据分析中的技术性偏倚,其来源及处理具有高复杂性和研究依赖性。根据组织类型、测序技术及实验设计的不同,测序数据需采用不同的评估、分析、测量及处置流程来实现有效的批次效应处理。评测批次效应在单细胞数据分析中极易被忽略,但却有助于判断批次效应的来源、对数据变异的解释度、对数据分析结果的影响度及处理方法,是有效处理批次效应的基础。因此,本篇综述聚焦单细胞转录组数据的批次效应,分别论述批次效应的概念、与普通转录组批次效应的区别、评测方法及面临的挑战,并对未来发展做出展望。
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关键词
单细胞测序
批次效应
评测
未来展望
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Keywords
Single cell sequencing
Batch effects
Measurement
Future advancement
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分类号
Q2
[生物学—细胞生物学]
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