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物理是一种文化
被引量:
8
1
作者
郝柏林
《物理通报》
2012年第12期2-5,共4页
说明:本文基于作者2011年12月13日在澳门举行的两岸四地物理教学研讨会上的发言.删去了可能涉及版权的图片,内容也略有增减.当19世纪后半叶物理学从西方传人中国时,metaphysics已经被翻译成形而上学,于是有人把physics称为“形而...
说明:本文基于作者2011年12月13日在澳门举行的两岸四地物理教学研讨会上的发言.删去了可能涉及版权的图片,内容也略有增减.当19世纪后半叶物理学从西方传人中国时,metaphysics已经被翻译成形而上学,于是有人把physics称为“形而下学”.不过后来还是从日本译文借回来源于中国的“物理”一词.日文翻译是受到庄子《知北游》中一段话的启示:“天地有大美而不言,万物有成理而不说.夫圣人者原天地之美,而达万物之理.”原来我们物理工作者就是探求世间万物的道理,追溯自然之美的圣人!
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关键词
物理学
文化
教学研讨会
形而上学
工作者
中国
翻译
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职称材料
从完全基因组出发建立原核生物亲缘关系和分类系统时遇到的数学问题
被引量:
2
2
作者
李强
左光宏
郝柏林
《中国科学:物理学、力学、天文学》
CSCD
北大核心
2014年第12期1301-1310,共10页
我们课题组近10年所发展的组分矢量(CVTree)方法,已经成为从完全基因组出发而不使用序列联配来构建细菌亲缘关系的有效手段.在整个生物分类学日益后继乏人的背景下,组分矢量(CVTree)方法伴随着基因组时代的发展,成为人人可以方便使用的...
我们课题组近10年所发展的组分矢量(CVTree)方法,已经成为从完全基因组出发而不使用序列联配来构建细菌亲缘关系的有效手段.在整个生物分类学日益后继乏人的背景下,组分矢量(CVTree)方法伴随着基因组时代的发展,成为人人可以方便使用的微生物分类的定义性工具.本综述不讨论CVTree的生物学结果,而着重从非线性科学的角度,介绍我们在研究过程中所提出和解决的数学问题.这将涉及组合学、图论、形式语言学等离散数学的篇章.我们特别希望,本文所列举的一些尚未解决的数学问题能引发新的研究工作,使CVTree方法的理论基础更为坚实.
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关键词
无序列比对
全基因组亲缘关系
原核生物
组合学
欧拉圈
可因式化语言
原文传递
基于全基因组的微生物亲缘关系与分类系统研究工具——CVTree
3
作者
左光宏
郝柏林
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第11期60-67,共8页
组分矢量构树(CVTree)方法是基于全基因组的、不用序列联配的物种亲缘关系研究方法。CVTree3是我们最新开发的CVTree网络服务器,它基于并行化的核心程序,以适应当前基因组数据的海量增加;它自动对比物种亲缘关系与分类系统,并在网页上...
组分矢量构树(CVTree)方法是基于全基因组的、不用序列联配的物种亲缘关系研究方法。CVTree3是我们最新开发的CVTree网络服务器,它基于并行化的核心程序,以适应当前基因组数据的海量增加;它自动对比物种亲缘关系与分类系统,并在网页上以交互作用形式显示,从而使研究更加直观。使用CVTree3网络服务器,用户可以快速的对未知的全基因组序列进行亲缘关系分析,并对其分类地位进行初步鉴定。由于合理利用全基因组信息,CVTree方法能对种以下的亲缘关系与分类具有高分辨力。随着CVTree方法的深入与完善,希望其能成为阐明原核生物亲缘关系与分类系统的定义性的工具。
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关键词
CVTree
原核生物
全基因组
亲缘关系树
分类系统
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职称材料
题名
物理是一种文化
被引量:
8
1
作者
郝柏林
机构
复旦大学物理系
和
理论
生命科学
研究
中心
中国
科学
院
理论
物理
研究
所
出处
《物理通报》
2012年第12期2-5,共4页
文摘
说明:本文基于作者2011年12月13日在澳门举行的两岸四地物理教学研讨会上的发言.删去了可能涉及版权的图片,内容也略有增减.当19世纪后半叶物理学从西方传人中国时,metaphysics已经被翻译成形而上学,于是有人把physics称为“形而下学”.不过后来还是从日本译文借回来源于中国的“物理”一词.日文翻译是受到庄子《知北游》中一段话的启示:“天地有大美而不言,万物有成理而不说.夫圣人者原天地之美,而达万物之理.”原来我们物理工作者就是探求世间万物的道理,追溯自然之美的圣人!
关键词
物理学
文化
教学研讨会
形而上学
工作者
中国
翻译
分类号
O4-0 [理学—物理]
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职称材料
题名
从完全基因组出发建立原核生物亲缘关系和分类系统时遇到的数学问题
被引量:
2
2
作者
李强
左光宏
郝柏林
机构
复旦大学物理系
和
理论
生命科学
研究
中心
科学
院
和
马普学会计算生物学伙伴
研究
所
出处
《中国科学:物理学、力学、天文学》
CSCD
北大核心
2014年第12期1301-1310,共10页
基金
国家重点基础研究发展计划(编号:2007CB814800
2013CB834100)
+1 种基金
上海市基础研究计划(编号:B111)
复旦大学物理系应用表面物理国家重点实验室资助项目
文摘
我们课题组近10年所发展的组分矢量(CVTree)方法,已经成为从完全基因组出发而不使用序列联配来构建细菌亲缘关系的有效手段.在整个生物分类学日益后继乏人的背景下,组分矢量(CVTree)方法伴随着基因组时代的发展,成为人人可以方便使用的微生物分类的定义性工具.本综述不讨论CVTree的生物学结果,而着重从非线性科学的角度,介绍我们在研究过程中所提出和解决的数学问题.这将涉及组合学、图论、形式语言学等离散数学的篇章.我们特别希望,本文所列举的一些尚未解决的数学问题能引发新的研究工作,使CVTree方法的理论基础更为坚实.
关键词
无序列比对
全基因组亲缘关系
原核生物
组合学
欧拉圈
可因式化语言
Keywords
alignment-free, whole-genome-based phylogeny, prokaryote, combinatorics, Eulerian cycles, factorizable language
分类号
Q11 [生物学—普通生物学]
Q19
原文传递
题名
基于全基因组的微生物亲缘关系与分类系统研究工具——CVTree
3
作者
左光宏
郝柏林
机构
复旦大学物理系
和
理论
生命科学
研究
中心
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第11期60-67,共8页
基金
国家重点基础研究"973"计划(2007CB814800
2013CB834100)
文摘
组分矢量构树(CVTree)方法是基于全基因组的、不用序列联配的物种亲缘关系研究方法。CVTree3是我们最新开发的CVTree网络服务器,它基于并行化的核心程序,以适应当前基因组数据的海量增加;它自动对比物种亲缘关系与分类系统,并在网页上以交互作用形式显示,从而使研究更加直观。使用CVTree3网络服务器,用户可以快速的对未知的全基因组序列进行亲缘关系分析,并对其分类地位进行初步鉴定。由于合理利用全基因组信息,CVTree方法能对种以下的亲缘关系与分类具有高分辨力。随着CVTree方法的深入与完善,希望其能成为阐明原核生物亲缘关系与分类系统的定义性的工具。
关键词
CVTree
原核生物
全基因组
亲缘关系树
分类系统
Keywords
CVTree
prokaryotic genome
phylogenetic tree
classification system
分类号
Q939 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
物理是一种文化
郝柏林
《物理通报》
2012
8
下载PDF
职称材料
2
从完全基因组出发建立原核生物亲缘关系和分类系统时遇到的数学问题
李强
左光宏
郝柏林
《中国科学:物理学、力学、天文学》
CSCD
北大核心
2014
2
原文传递
3
基于全基因组的微生物亲缘关系与分类系统研究工具——CVTree
左光宏
郝柏林
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2015
0
下载PDF
职称材料
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