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如何减少新型冠状病毒核酸检测的假阴性 被引量：72
1
作者 张瑞 李金明 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期801-804,共4页
核酸检测是新型冠状病毒肺炎确诊的重要手段,但是目前临床上反映存在较高比例核酸检测假阴性的问题。本文将明确核酸检测假阴性的概念,并分析造成核酸检测假阴性的原因。在核酸检测基础上,补充新型冠状病毒特异性IgM/IgG抗体的联合动态... 核酸检测是新型冠状病毒肺炎确诊的重要手段,但是目前临床上反映存在较高比例核酸检测假阴性的问题。本文将明确核酸检测假阴性的概念,并分析造成核酸检测假阴性的原因。在核酸检测基础上,补充新型冠状病毒特异性IgM/IgG抗体的联合动态多次检测,可以明显减少有病毒性肺炎临床症状和影像学证据、但核酸多次或始终检测为阴性的临床层面上的假阴性,对临床诊断病例的最终确诊和准确性评价具有重要意义。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 核酸检测 假阴性
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新型冠状病毒核酸快速检测临床规范化应用专家共识 被引量：23
2
作者 中国医学装备协会基因检测分会 中国医学装备协会现场快速检测(POCT)装备技术分会 +7 位作者 国家医学检验临床医学研究中心 国家卫生健康委能力建设和继续教育中心检验医学专家委员会分子学组 北京市医学检验质量控制和改进中心 张瑞 韩晓旭 樊高威 李金明 王清涛 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期698-702,共5页
在新型冠状病毒肺炎防控工作中,为缩短检测时间,减少实验过程中所需的辅助仪器设备、降低对实验室空间大小的要求,临床上开始出现向即时检测(POCT)发展的新型冠状病毒核酸检测方法。由于这些方法尚未达到理想的POCT要求,本共识暂时以行... 在新型冠状病毒肺炎防控工作中,为缩短检测时间,减少实验过程中所需的辅助仪器设备、降低对实验室空间大小的要求,临床上开始出现向即时检测(POCT)发展的新型冠状病毒核酸检测方法。由于这些方法尚未达到理想的POCT要求,本共识暂时以行业内普遍使用的“快速检测”来描述。为规范新型冠状病毒核酸快速检测的临床应用,中国医学装备协会基因检测分会、中国医学装备协会现场快速检测(POCT)装备技术分会、国家医学检验临床医学研究中心、国家卫生健康委能力建设和继续教育中心检验医学专家委员会分子学组和北京市医学检验质量控制和改进中心制定该共识。该共识中的声明内容包括实验室总体要求、标本的采集、运送和保存、标准操作程序及性能验证、室内质量控制、室间质量评价、结果分析和报告、实验室安全管理等。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 快速核酸检测 质量控制 生物安全
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高通量测序技术临床检测规范化应用北京专家共识(第一版通用部分) 被引量：17
3
作者 无 王清涛 +8 位作者 李金明 樊高威 刘文彬 孟雪红 田婵 王威 魏星 张瑞 张秀艳 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第43期3393-3397,共5页
一、前言高通量测序(high-throughput sequencing,HTS)即下一代测序(next generation sequencing,NGS),又称为大规模平行测序(massively parallel sequencing,MPS).相较于传统测序技术,高通量测序单碱基检测成本较低、速度较快、一次可... 一、前言高通量测序(high-throughput sequencing,HTS)即下一代测序(next generation sequencing,NGS),又称为大规模平行测序(massively parallel sequencing,MPS).相较于传统测序技术,高通量测序单碱基检测成本较低、速度较快、一次可检测大量靶基因,因而广泛应用于染色体非整倍体无创产前筛查、肿瘤靶向治疗基因突变检测、遗传性肿瘤检测、遗传病及罕见病检测、病原微生物及宏基因组检测、胚胎植入前遗传学筛查和胚胎植入前遗传学诊断等领域[1]. 展开更多
关键词 染色体非整倍体 罕见病 高通量测序技术 病原微生物 下一代测序 宏基因组 临床检测
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计量溯源性和临床检验参考系统 被引量：16
4
作者 周伟燕 刘庆香 +2 位作者 刘珍妮 邓宇航 张传宝 《临床检验杂志》 CAS 2020年第10期721-728,共8页
精确诊断和治疗离不开准确可比的实验室检测结果。随着自动化、室间质量评价和实验室认可的发展,检测结果越来越趋向于全球化。无论使用何种分析系统,同一个样本的检测结果应在空间和时间上具有可比性,为临床提供准确可靠的信息。计量... 精确诊断和治疗离不开准确可比的实验室检测结果。随着自动化、室间质量评价和实验室认可的发展,检测结果越来越趋向于全球化。无论使用何种分析系统,同一个样本的检测结果应在空间和时间上具有可比性,为临床提供准确可靠的信息。计量溯源能使检测结果溯源到高级别的参考系统,是保证终端实验室检测结果准确可比、实现标准化的重要途径。该文就计量溯源性和参考系统相关内容进行概述,并介绍了2020版ISO 17511的6种校准等级及其与2003版的区别。 展开更多
关键词 计量溯源性 参考系统 参考测量程序 参考物质 ISO 17511
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儿茶酚胺及其代谢物的检测现状及标准化期望 被引量：13
5
作者 刘庆香 周伟燕 张传宝 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期322-327,共6页
儿茶酚胺包括多巴胺、去甲肾上腺素和肾上腺素,其主要的代谢物有3-甲氧基酪胺、甲氧基去甲肾上腺素、甲氧基肾上腺素、高香草酸和香草扁桃酸。儿茶酚胺及其代谢物的检测是诊断来源于神经嵴的神经内分泌肿瘤如嗜铬细胞瘤、副神经节瘤及... 儿茶酚胺包括多巴胺、去甲肾上腺素和肾上腺素,其主要的代谢物有3-甲氧基酪胺、甲氧基去甲肾上腺素、甲氧基肾上腺素、高香草酸和香草扁桃酸。儿茶酚胺及其代谢物的检测是诊断来源于神经嵴的神经内分泌肿瘤如嗜铬细胞瘤、副神经节瘤及神经母细胞瘤的基石。液相色谱串联质谱法因其高灵敏度、高特异性等优点逐渐广泛用于儿茶酚胺及其代谢物的检测,但不同实验室间液相色谱串联质谱法的检测结果差异大,缺乏可比性。由于儿茶酚胺及其代谢物易氧化降解、存在众多干扰物及在血浆和尿液样品中浓度低,因此准确测定血浆及尿液中儿茶酚胺及其代谢物是当前临床检测领域的一项挑战。 展开更多
关键词 儿茶酚胺类 神经内分泌瘤 色谱法 液相 串联质谱法
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高通量测序技术临床规范化应用北京专家共识(第一版肿瘤部分) 被引量：13
6
作者 无 王清涛 +10 位作者 李金明 张瑞 樊高威 贾淑芹 杨玲 杜长诗 楚玉星 韩彦熙 阮力 刘慧 郑青松 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期648-659,共12页
随着个体化医学的发展和“精准医学”概念的提出,肿瘤药物治疗发展迅速,临床研究逐渐发现并证实更多与药物治疗疗效预测相关的基因突变[1]。传统的基因突变检测方法如Sanger测序、焦磷酸测序和实时荧光PCR等仅能对单个基因,或者单个基... 随着个体化医学的发展和“精准医学”概念的提出,肿瘤药物治疗发展迅速,临床研究逐渐发现并证实更多与药物治疗疗效预测相关的基因突变[1]。传统的基因突变检测方法如Sanger测序、焦磷酸测序和实时荧光PCR等仅能对单个基因,或者单个基因的部分外显子突变进行检测,采用上述传统基因突变检测方法同时检测多个基因,一则需要的样本量大,其次需要更长的检测时间和更大的工作量。高通量测序(HTS)即下一代测序(NGS),能够同时对上百万甚至数十亿个DNA片段进行测序,可实现在较低的成本下,一次对多至上百个肿瘤相关基因、全外显子以及全基因组进行检测,而且需要的样本量并不增加。 展开更多
关键词 精准医学 药物治疗疗效 肿瘤相关基因 个体化医学 肿瘤药物治疗 焦磷酸测序 实时荧光PCR 规范化应用
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新型冠状病毒抗原快速检测专家共识(2022) 被引量：12
7
作者 中国医院协会临床微生物实验室专业委员会 徐英春 +3 位作者 胡继红 邹嘉琪 王瑶 康可人 《协和医学杂志》 CSCD 2022年第3期402-411,共10页
新型冠状病毒肺炎疫情持续时间长、流行范围广,给全球公共卫生带来了巨大负担。作为感染早期诊断和疫情防控的主要检测手段之一,新型冠状病毒抗原快速检测已在国内逐步开展临床应用。就目前医务人员和社会公众所关注的新型冠状病毒抗原... 新型冠状病毒肺炎疫情持续时间长、流行范围广,给全球公共卫生带来了巨大负担。作为感染早期诊断和疫情防控的主要检测手段之一,新型冠状病毒抗原快速检测已在国内逐步开展临床应用。就目前医务人员和社会公众所关注的新型冠状病毒抗原检测相关问题,中国医院协会临床微生物实验室专业委员会组织医学检验、临床医学、感染控制、公共卫生及体外诊断产品研发等多领域专家,依据国内外最新研究进展和应用实践,共同制定了《新型冠状病毒抗原快速检测专家共识(2022)》。本共识介绍了目前新型冠状病毒抗原快速检测方法的技术原理、性能特点、结果解读及处置建议,并就不同场景下新型冠状病毒抗原快速检测应用策略和注意事项进行了解析,以期为临床诊疗和疫情防控中正确理解和应用这一检测技术提供参考建议。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 新型冠状病毒肺炎 抗原快速检测 专家共识
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我国宏基因组高通量测序检测血液微生物游离DNA的方法及质量保证情况分析 被引量：10
8
作者 刁振丽 张瑞 李金明 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第15期1114-1118,共5页
目的:调查我国实验室开展血液标本微生物细胞游离DNA(mcfDNA)宏基因组高通量测序(mNGS)的检测方法及质量保证情况。方法:2020年10月向来自全国的80家实验室发放了mNGS检测血液标本中mcfDNA的调查问卷。问卷内容包括mNGS分析前、分析中... 目的:调查我国实验室开展血液标本微生物细胞游离DNA(mcfDNA)宏基因组高通量测序(mNGS)的检测方法及质量保证情况。方法:2020年10月向来自全国的80家实验室发放了mNGS检测血液标本中mcfDNA的调查问卷。问卷内容包括mNGS分析前、分析中、分析后及性能确认开展情况4个部分。(1)分析前:对标本质量的要求,如对标本的采集、储存及运输条件等;(2)分析中:mcfDNA的提取流程、文库的质量要求、测序平台的使用及生物信息学分析软件等;(3)分析后:对mNGS的结果解释标准;(4)性能确认开展情况:对各类病原体的最低检出限。要求各实验室依据实际情况填写调查问卷。对上述调查问卷的回报结果进行统计分析。结果:80家实验室包括20家医疗单位和60家独立医学实验室。80.0%(64/80)的mNGS实验室检测血液中的mcfDNA时表示血浆及血清标本均可使用,其余实验室(16/80,20.0%)只采用血浆标本。参与调查的mNGS实验室所用的测序平台包括illumina 49家(61.3%),华大基因16家(20.0%),Ion Torrent 13家(16.3%),纳米孔测序2家(2.5%)。87.5%(70/80)的实验室使用第三方实验室搭建的集成分析工具,其他实验室(12.5%,10/80)使用开源软件自主搭建了分析平台。实验室间对mNGS结果的解释标准不一,其中标准化后病原体特异性序列数、相对丰度、基因组覆盖率及阴性对照中该微生物的检出情况是实验室考虑的主要因素。大部分实验室(76.3%,61/80)做过mcfDNA测序流程的性能确认实验,各实验室自建mNGS检测流程对革兰阳性菌、革兰阴性菌、真菌、寄生虫及其他病原体的最低检出限主要分布在10~100 拷贝/ml,对DNA病毒的检出限主要分布在500~1 000拷贝/ml。结论:各实验室之间的检测流程具有很大差异,为了确保检测结果的及时准确,需要各实验室积极优化mNGS检测流程,完善质量保证措施,应用于临床前规范开展性能确认工作。 展开更多
关键词 血液 宏基因组 高通量测序 血流感染 质量保证 横断面研究
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加强我国醛固酮标准化和肾素一致化建设 被引量：10
9
作者 周伟燕 张传宝 +2 位作者 马文君 蔡军 陈文祥 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期245-249,共5页
醛固酮和肾素是高血压诊疗中重要的检测指标。目前醛固酮检测方法主要包括免疫法和质谱法,方法内变异系数大,方法间偏差较大,且免疫法结果远高于质谱法。临床上肾素的检测主要包括直接肾素浓度和肾素活性,两者在高血压诊疗中各有优劣。... 醛固酮和肾素是高血压诊疗中重要的检测指标。目前醛固酮检测方法主要包括免疫法和质谱法,方法内变异系数大,方法间偏差较大,且免疫法结果远高于质谱法。临床上肾素的检测主要包括直接肾素浓度和肾素活性,两者在高血压诊疗中各有优劣。醛固酮肾素不一致的检测结果给临床诊疗带来很大的困扰,急需开展标准化/一致化工作以使得各实验室检测结果具有可比性,为临床提供准确可靠的诊疗指标。我国肾素醛固酮标准化/一致化项目的启动将大大推动肾素醛固酮标准化进程,实现检验结果准确可比。 展开更多
关键词 醛固酮 肾素 结果可重复性 色谱法 液相 串联质谱法
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新型冠状病毒康复者血浆IgM和IgG不同试剂检测结果的差异分析 被引量：10
10
作者 陈富强 朱海峰 +8 位作者 肖晨 李文超 颜鑫 刘虹 李英莲 陈剑锋 贺韦东 王露楠 李蓬 《临床输血与检验》 CAS 2020年第3期258-263,共6页
目的 分析评价新型冠状病毒抗体酶联免疫吸附法(ELISA)试剂和胶体金免疫层析法(胶体金)试剂检测性能。检测新型冠状病毒感染的肺炎康复者恢复期血浆(以下简称"COVID-19 CP")IgG、IgM抗体滴度并分析亚甲蓝病毒灭活对IgG抗体滴... 目的 分析评价新型冠状病毒抗体酶联免疫吸附法(ELISA)试剂和胶体金免疫层析法(胶体金)试剂检测性能。检测新型冠状病毒感染的肺炎康复者恢复期血浆(以下简称"COVID-19 CP")IgG、IgM抗体滴度并分析亚甲蓝病毒灭活对IgG抗体滴度的影响。方法 对15例符合采集恢复期血浆要求的新冠肺炎康复者血浆标本,遵照《血站技术操作规程(2019版)》要求及经新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸检测合格后,按照原倍、20、40、80、160、320倍稀释,采用3种IgG、2种IgM的ELISA试剂、1种胶体金试剂分别检测2019-nCoV IgG、IgM抗体。对其中7例血浆标本,比较亚甲蓝病毒灭活前、后IgG抗体滴度变化,评估病毒灭活对IgG抗体滴度的影响。结果 15例标本常规检测及2019-nCoV核酸检测均合格,但ALT偏高。2019-nCoV 3种IgG ELISA试剂检测抗体滴度、2种IgM ELISA试剂的结果差异较显著,病毒灭活前后IgG抗体滴度无明显变化。结论 国产ELISA试剂能够较好地检测出新冠病毒的IgG、IgM,但是由于试剂生产工艺、检验原理、灵敏度差异,不同试剂抗体滴度检测水平有差异。亚甲蓝/光化学法病毒灭活对2019-nCoV IgG抗体滴度无明显影响。 展开更多
关键词 酶联免疫吸附法 胶体金免疫层析法 新型冠状病毒 IGG IGM 抗体滴度 亚甲蓝
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同位素稀释质谱法与两种化学发光免疫分析法醛固酮测定结果一致性评价 被引量：8
11
作者 罗文波 周伟燕 +8 位作者 易喜连 李倩倩 李淼 赵海建 张江涛 张天娇 曾洁 闫颖 张传宝 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期545-551,共7页
目的比较同位素稀释质谱法与两种化学发光免疫法间醛固酮测定结果的相关性与一致性,结合国家卫生健康委临床检验中心2018年醛固酮室间质评数据,评价我国醛固酮检测现状。方法方法学评价。2018年7至11月收集北京医院内分泌科剩余血浆标本... 目的比较同位素稀释质谱法与两种化学发光免疫法间醛固酮测定结果的相关性与一致性,结合国家卫生健康委临床检验中心2018年醛固酮室间质评数据,评价我国醛固酮检测现状。方法方法学评价。2018年7至11月收集北京医院内分泌科剩余血浆标本,用同位素稀释质谱法、进口系统A与国产系统B检测45份临床血浆样本、4份质控品、5份冻干牛血清样本与3份新鲜冰冻混合人血清样本。根据EP15-A3指南评价方法不精密度,以Deming回归分析方法间相关性,Bland-Altman图分析方法间绝对与相对偏差,以一致性相关系数(CCC)评价方法间一致性。结果3种方法的不精密度均满足生物学变异导出的适当性能要求。进口A系统与LC-MS/MS间具有较好相关性与一致性(R^2=0.985,CCC=0.967),国产系统B与进口系统A或LC-MS/MS间相关性与一致性较差(R^2分别为0.538和0.547,CCC分别为0.605和0.528)。以LC-MS/MS为参比方法,方法间平均相对偏差均不满足生物学变异最低偏倚要求(18.60%)。结论LC-MS/MS法与两种化学发光免疫法测定血浆醛固酮结果存在差异,建立醛固酮参考方法研制有证参考物质,完善醛固酮检测溯源体系,改进免疫试剂特异性,是推动醛固酮临床检测标准化的努力方向。 展开更多
关键词 醛固酮 发光 免疫测定 色谱法 液相 串联质谱法
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中国人群遗传病基因型与表型数据库的建立对遗传病精准诊断的重要性 被引量：8
12
作者 张括 李金明 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第39期3041-3044,共4页
先证者表型和基因型检测结果对遗传病的精准诊断同样重要。遗传变异的精准解读需借助于基因型数据和表型数据。目前,国际已有多个通过数据共享建立的基因型与表型数据库,但鉴于国际现有数据库尚存在一定的缺陷和不足,其收录的数据无法... 先证者表型和基因型检测结果对遗传病的精准诊断同样重要。遗传变异的精准解读需借助于基因型数据和表型数据。目前,国际已有多个通过数据共享建立的基因型与表型数据库,但鉴于国际现有数据库尚存在一定的缺陷和不足,其收录的数据无法代表中国人群遗传变异谱及表型谱特征,我国实验室之间目前的变异解读差异仍较大,有必要建立中国人群基因型-表型数据库。数据库的建立需要组织和管理者、临床实验室和领域内专家的共同努力。通过数据库的建立,可促进遗传病精准诊断和个体化治疗。 展开更多
关键词 遗传 基因型 表型 数据库 精准诊断
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北京某医院感染性腹泻患者致泻性大肠埃希菌毒力和耐药特征分析
13
作者 马思宇 马立艳 +3 位作者 罗虎 周妍妍 王雅轩 苏建荣 《临床检验杂志》 CAS 2024年第1期43-47,共5页
目的明确本院感染性腹泻患者致泻性大肠埃希菌毒力和耐药特征。方法采用VITEK MS微生物质谱检测系统初步鉴定,多重实时荧光PCR检测毒力基因,对本院感染性腹泻患者临床分离的致泻性大肠埃希菌(Diarrheagenic Escherichia coli,DEC)进行5... 目的明确本院感染性腹泻患者致泻性大肠埃希菌毒力和耐药特征。方法采用VITEK MS微生物质谱检测系统初步鉴定,多重实时荧光PCR检测毒力基因,对本院感染性腹泻患者临床分离的致泻性大肠埃希菌(Diarrheagenic Escherichia coli,DEC)进行5种型别鉴定。微量肉汤稀释法和E-test法药敏试验检测DEC菌株的耐药表型特征。二代测序及生物信息学分析其耐药分子特征。采用Fisher确切概率法进行统计学分析。结果本院DEC检出率为11.9%,其中EAEC占比37.5%,非典型EPEC占比34.38%,ETEC占比25.0%,EIEC占比3.12%,未检出EHEC菌株。32株DEC对氨苄西林、四环素、甲氨苄啶/磺胺异恶唑耐药率最高,分别为53.12%、43.75%和37.5%。ESBLs(+)株占比18.75%,其多重耐药菌株检出率为83.83%,显著高于ESBLs(-)菌株,差异有统计学意义(P=0.042)。32株DEC共有25个ST型,优势基因型为ST10共4株(12.5%),ST28、ST31和ST3153各2株(各占比6.25%),其他21个型别各1株菌(各占比3.13%)。EAEC中检出1株携带bla_(NDM-1)的耐碳青霉烯类菌株。结论我院感染性腹泻患者的DEC以aggR、pic、astA、eae 4种毒力基因较为常见,以EAEC、EPEC为主要型别,基因型别呈高度多态性,检出多重耐药菌株。 展开更多
关键词 致泻性大肠埃希菌 毒力基因 耐药基因
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新型冠状病毒核酸混采对检测结果的影响 被引量：6
14
作者 闫颖 常乐 +4 位作者 姬慧敏 宋诗 肖瑛子 卢卓群 王露楠 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期388-393,共6页
目的评估新型冠状病毒(2019-nCoV)样本混采对提取、扩增步骤的影响。方法取10只阴性咽拭子储存在6 ml病毒保存液中,充分混匀后1∶2、1∶10稀释,加入灭活2019-nCoV病毒培养液,以模拟10混1、5混1和单人份检测。使用a、b、c 3种提取方式和... 目的评估新型冠状病毒(2019-nCoV)样本混采对提取、扩增步骤的影响。方法取10只阴性咽拭子储存在6 ml病毒保存液中,充分混匀后1∶2、1∶10稀释,加入灭活2019-nCoV病毒培养液,以模拟10混1、5混1和单人份检测。使用a、b、c 3种提取方式和体系不同的核酸提取试剂及A~E 5种模板上样量和检测灵敏度不同的扩增试剂分别进行提取和扩增。结果对于相同的模拟混采样本,a提取的模板比b、c提取的模板检测循环阈值(Ct)分别提前2.10±0.47和3.46±0.62;扩增相同的混采核酸模板,A试剂的N基因Ct值比B试剂提前1.16±0.48,ORF1ab基因Ct提前2.36±0.54。扩增体系中加入10拭子核酸使A试剂检测Ct值滞后1.36±0.32,对B试剂无影响。使用a试剂提取,10混1混采后,C、D、E试剂的扩增Ct值比检测单拭子样本高1.66±0.39。对于400拷贝/ml的10混1样本,C、E试剂均可检出,D试剂的N基因漏检。结论混采引入的大量人基因组DNA干扰提取和扩增效率。在加大样本提取体积、提高提取试剂性能的同时,应选择大模板量上样、检测灵敏度高的扩增试剂,方可提高系统灵敏度和结果稳定性,大大降低漏检风险。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 核酸检测 混采
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基于检测范围动态扩展模式的肿瘤靶向和免疫治疗基因突变高通量测序规范化路径
15
作者 张瑞 王铎 李金明 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第15期1211-1215,共5页
高通量测序(NGS)是精准肿瘤学的关键技术支撑。肿瘤靶向和免疫治疗基因突变NGS不仅是方法原理的创新,同时也有检测理念的变革;肿瘤基因突变标志物并非固定不变,其随着基础研究和药物研发进展而不断更新。肿瘤基因突变NGS检测的规范化应... 高通量测序(NGS)是精准肿瘤学的关键技术支撑。肿瘤靶向和免疫治疗基因突变NGS不仅是方法原理的创新,同时也有检测理念的变革;肿瘤基因突变标志物并非固定不变,其随着基础研究和药物研发进展而不断更新。肿瘤基因突变NGS检测的规范化应结合NGS方法和肿瘤治疗基因突变标志物的特点来进行。肿瘤治疗基因突变NGS检测,无论是体外诊断产品,还是自建方法,在方法研发和临床应用过程中,在一个确定的检测系统下,根据标志物临床证据等级的变化,在增加补充新位点分析性能确认结果的基础上,进行检测范围动态扩展,是实现最大程度满足肿瘤临床诊疗需求且有效控制风险的规范化路径。本文主要结合肿瘤靶向和免疫治疗基因突变NGS检测方法的特点、肿瘤基因突变标志物的特点以及目前肿瘤基因突变NGS检测规范化应用的现状进行论述,探讨我国肿瘤基因突变NGS检测的规范化路径。 展开更多
关键词 高通量测序 肿瘤诊疗 规范化
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基于m6A修饰相关基因构建FLT3突变型老年急性髓系白血病患者预后模型
16
作者 龙璐瑶 郭婕 任思楣 《中华老年医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期354-360,共7页
目的筛选m6A修饰相关基因,在FLT3突变型的急性髓系白血病(AML)患者中,尤其是这一突变型的老年患者中建立预后模型,并评估模型效能。方法利用基因表达综合数据库(GEO)数据集分析在FLT3突变型AML中异常表达的m6A修饰酶和阅读蛋白基因,通... 目的筛选m6A修饰相关基因,在FLT3突变型的急性髓系白血病(AML)患者中,尤其是这一突变型的老年患者中建立预后模型,并评估模型效能。方法利用基因表达综合数据库(GEO)数据集分析在FLT3突变型AML中异常表达的m6A修饰酶和阅读蛋白基因,通过相关性分析在表达谱中筛选m6A修饰相关基因。整合癌症基因组图谱(TCGA)和BEAT数据库,纳入83例FLT3突变型AML样本,其中年龄60岁及以上的老年患者32例;使用单因素Cox回归、Lasso回归分析构建预后风险模型。通过Kaplan-Meier曲线与时间依赖性受试者工作曲线(tROC)评估预后模型效能;并对老年患者进行亚组分析。利用一致性指数(C指数)和校准曲线评估模型区分度及准确度。结果在FLT3突变型AML中共有14个m6A修饰酶或阅读蛋白异常表达,相关性分析在表达谱中筛选出2476个m6A修饰相关基因。在TCGA和BEAT整合数据中,单因素Cox回归分析获得132个预后相关基因。Lasso回归筛选出AKAP9、AVEN、DMCA1、DPYD、FAR2、GPHN、SPECC1L 7个候选基因并进一步构建预后风险模型。Kaplan-Meier曲线显示,该模型高危组较低危组患者生存期显著缩短,风险比(HR)为5.08(95%CI:2.54~10.14,P<0.001)。tROC结果显示,该模型评估FLT3突变AML患者1年生存期曲线下面积(AUC)为0.83,该模型C指数为0.737。在老年患者中,该风险模型评估患者1年生存期HR为3.40(95%CI:1.25~9.24,P=0.017),AUC为0.79。结论基于m6A修饰相关基因构建模型对FLT3突变型AML预后具有一定预测价值,尤其对于这一型老年AML患者的预后具有意义。 展开更多
关键词 白血病 髓样 急性 DNA突变分析 基因 预后
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Omicron变异株病毒学特征:关键突变、致病性、免疫逃逸 被引量：1
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作者 陈玉清 李金明 《协和医学杂志》 CSCD 2023年第5期945-952,共8页
新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2) Omicron变异株首次在博茨瓦纳被检出,随后造成了全世界范围内的感染人数激增。截至目前,Omicron是需要关注的SARS-CoV-2变异株中突变数量最多的毒株,已在整... 新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2) Omicron变异株首次在博茨瓦纳被检出,随后造成了全世界范围内的感染人数激增。截至目前,Omicron是需要关注的SARS-CoV-2变异株中突变数量最多的毒株,已在整个基因组中发生至少50次突变。Omicron基因组发生的突变赋予病毒一定的适应性优势,如受体结合域与人类血管紧张素转换酶2受体亲和力增强导致病毒传播能力增强;与先前变异株相比,病毒复制能力减弱导致在COVID-19患者中引起的症状相对较轻。此外,该变异株具有较高的环境稳定性,部分逃脱了来自疫苗接种或先前感染诱导的宿主免疫反应,且对大多数治疗性抗体具有较高的耐药性。本文对Omicron变异株的关键突变、病毒学特征、致病性和免疫逃逸能力进行总结,以期为完善疫情防控策略和公共卫生举措提供科学参考。 展开更多
关键词 Omicron变异株 基因突变 病毒学特征 致病性 免疫逃逸 COVID-19
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宏基因组高通量测序技术的临床应用:现状、挑战与前景 被引量：1
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作者 刁振丽 李金明 《协和医学杂志》 CSCD 2023年第5期905-910,共6页
传统微生物学检测方法难以满足临床复杂多变的病原体检测需求。近年来,新兴的宏基因组高通量测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术被广泛应用于各种感染性疾病诊断、新发及突发传染病病因分析、耐药基因检测和宿主... 传统微生物学检测方法难以满足临床复杂多变的病原体检测需求。近年来,新兴的宏基因组高通量测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术被广泛应用于各种感染性疾病诊断、新发及突发传染病病因分析、耐药基因检测和宿主免疫应答分析等领域。mNGS检测流程十分复杂,检测过程中每一步骤引入的变异均会影响检测结果的准确性。检测方法缺乏标准化、人员认知和能力不足、仪器试剂成本高昂是mNGS临床推广面临的主要障碍,因此亟需对检测方法进行标准化、规范化,快速提升检测人员的认知和综合能力。未来,整合mNGS病原体信息、转录组信息和耐药基因信息以提高对感染性疾病患者的临床管理水平是mNGS检测的重要发展方向。 展开更多
关键词 宏基因组 高通量测序 感染 标准化
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临床质谱实验室自建方法的常见问题和对策分析 被引量：5
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作者 曹志民 周伟燕 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期1160-1165,共6页
在美国,实验室自建方法(LDT)包括所有未经食品药品监督管理局(FDA)批准,以及FDA批准后又经过实质性修改的方法。被允许使用的LDT必须与FDA批准的方法具有相同的分析质量水平。在纽约州,LDT仅在经过严格的审查程序批准后才能用于临床样... 在美国,实验室自建方法(LDT)包括所有未经食品药品监督管理局(FDA)批准,以及FDA批准后又经过实质性修改的方法。被允许使用的LDT必须与FDA批准的方法具有相同的分析质量水平。在纽约州,LDT仅在经过严格的审查程序批准后才能用于临床样品的检测。通过对纽约州卫生厅审批的与临床质谱LDT方法学相关的一千多篇文献的查阅和分析,本研究总结了其中存在的主要问题,并对相关问题进行了解析,提出解决方案。这些问题主要来源于7个方面,包括色谱、内标、方法验证中所使用的样品基质、线性验证、基质效应、参考区间和室内质量控制。 展开更多
关键词 实验室自建方法 液相色谱 质谱 方法验证
原文传递
高效液相色谱检测血液CD38酶活性方法的建立
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作者 赵香慧 步霄霄 +9 位作者 朱涵誉 李红霞 史济华 王思明 牟洪娜 李姿芸 吴铸 董军 陈文祥 杨睿悦 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期1074-1082,共9页
目的建立高效液相色谱(HPLC)测定血液烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)主要消耗酶CD38酶活性的方法,检测CD38酶活性在不同年龄和健康状态人群中的差异。方法选择50μl全血作为检测样本、150μl浓度为500μmol/L的β-NAD为酶反应底物,全血预孵... 目的建立高效液相色谱(HPLC)测定血液烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)主要消耗酶CD38酶活性的方法,检测CD38酶活性在不同年龄和健康状态人群中的差异。方法选择50μl全血作为检测样本、150μl浓度为500μmol/L的β-NAD为酶反应底物,全血预孵育消耗掉内源性β-NAD后,加入底物,在37℃温育40 min,高氯酸(PCA)终止反应,HPLC测定酶促反应前后产物烟酰胺(NAM)变化量并计算CD38酶活性。评价方法的线性、检测限、定量限、精密度、回收率和稳定性等。用所建方法检测60名健康体检者和30名结直肠癌患者血液CD38活性。结果37℃预孵育20 min可消除内源性β-NAD的影响。NAM在浓度为0.1~3.2μmol/L的范围内线性良好,r=0.999,检测限为0.5 nmol/L,定量限为2.1 nmol/L。平均批内精密度(CV)和总CV分别为3.22%~4.03%、2.91%~4.70%。加样回收率在94.82%~96.81%。全血在4℃放置48 h、室温放置8 h、冻存全血融化后室温放置2 h以及反复冻融3次均不影响CD38酶活性。NAM、β-NAD标准品和前处理后的样本在4℃放置48 h、室温放置8 h均可保持稳定。CD38活性随加入的CD38抑制剂4-氨基喹啉衍生物78c的浓度升高而逐渐降低。60例健康体检者结果显示,老年组CD38酶活性高于青年组(t=-2.776,P=0.007),30例结直肠癌患者CD38酶活性高于健康体检者(t=-2.572,P=0.012)。结论本研究建立的HPLC测定CD38酶活性的方法简单高效、准确性高、重复性好,为衰老及衰老相关疾病的研究提供了技术手段。 展开更多
关键词 色谱法 高压液相 CD38 衰老 结直肠癌 NAD+
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