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题名粳稻基因组SSR偏好性分布研究
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作者
高建明
桂枝
施利利
赵飞
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机构
天津农学院农学与资源环境学院
和田职业技术学院科研处
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出处
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2024年第5期936-943,共8页
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基金
天津市农业产学研用“揭榜挂帅”项目(JBGG202210)。
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文摘
【目的】旨在分析简单重复序列(Simple sequence repeat, SSR)在粳稻(Oryza sativa ssp japonica)基因组中的分布偏好性。【方法】采用生物信息学的方法搜索和分析粳稻全基因组中SSR在基因座5′侧翼区、3′侧翼区、外显子区和内含子区的分布规律。【结果】随着5′侧翼区距起始密码子距离的增加,SSR的相对频率(某一区域的频率与基因组频率的比值)逐渐下降,且在1~500 bp区域内大于1.50;在外显子区和3′侧翼区,SSR的相对频率略大于1.00,而内含子区SSR的相对频率明显小于1.00。进一步分析发现,在5′侧翼区,CCG、AGG和AG 3类SSR的频率最高,其相对频率分别在1~200、1~400、1~600 bp区间内大于1.50;在3′侧翼区,A、ATCG、AAG和AATT 4类SSR表现出较高的频率和较高的相对频率,但它们的相对频率大于1.50的区域并不相同;外显子区的SSR大多数为三碱基类型,其中,CCG、AGG、ACG、AGC和ACC 5种高C/G含量的SSR类型在外显子区的频率和相对频率均较高;在内含子区,A具有较高的频率和相对频率。【结论】SSR在基因座5′侧翼区大约1~500 bp范围内特异性出现,CCG、AGG和AG为主要的3个特异性分布SSR类型;外显子区和3′侧翼区的SSR频率与基因组频率接近,前者的SSR类型以C/G含量较高的三碱基类型,即CCG、AGG、ACG、AGC和ACC为主,后者以A、ATCG、AAG和AATT为主;而内含子区较少出现SSR,但A为主要的特异性分布类型。本研究可为更好地理解SSR的功能和开发水稻SSR分子标记提供参考。
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关键词
微卫星
水稻
分布偏好
5′侧翼区
外显子区
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Keywords
Microsatellite
Rice
Distribution preference
5'-flanking regions
Extron regions
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分类号
S522
[农业科学—作物学]
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题名硅对紫花苜蓿生长与土壤氮素吸收转化的影响
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作者
桂枝
高建明
卢树昌
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机构
天津农学院农学与资源环境学院
和田职业技术学院科研处
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出处
《天津农学院学报》
CAS
2024年第4期12-16,共5页
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基金
天津市高校“学科领军人才培养计划”项目(J01009030705)。
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文摘
硅虽然不是植物生长发育所必需的营养元素,但是它在增强植物的光合作用、提高作物产量、促进植物对其他营养元素的吸收与利用、适当缓解因营养元素过多而引起的不良反应等方面都有积极的作用。为了研究硅肥对紫花苜蓿蓿(Medicago sativa)生长和吸收利用氮素的情况,连续2年,采用田间试验的方式对苜蓿的株高、叶色、干重以及与氮素的吸收和利用相关的3个指标(吸氮量、土壤全氮含量和土壤脲酶含量)进行了研究。结果表明:在试验期内,中高度的硅肥施用量对紫花苜蓿的株高、叶色、干重、吸氮量均有显著地促进作用,且显著增加了土壤的全氮含量和脲酶活性,对土壤中硝态氮的吸收和利用情况也优于不施或少施。结论认为施用硅肥对紫花苜蓿的生长以及吸收和利用土壤中盈余氮素的能力有明显地促进作用,综合产投比、环境影响等多种因素建议施用量为3.2 kg/667m^(2)(SiO_(2))(T3处理)。
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关键词
硅肥
紫花苜蓿
生理指标
氮素
吸收与转化
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Keywords
silicon fertilizer
alfalfa
physiological indexes
nitrogen
absorption and conversion
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分类号
S551.7
[农业科学—作物学]
Q945.12
[生物学—植物学]
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