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基于权重基因共表达网络分析挖掘人参皂苷Rh1生物合成相关基因 被引量:1
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作者 刘畅 刘思章 +4 位作者 于靖辉 陈屏 雷军 王义 张美萍 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期2723-2733,共11页
目的通过权重基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)挖掘人参皂苷Rh1生物合成相关基因。方法以种植于吉林省人参主产区304个农家品种的转录组测序数据为基础,以人参皂苷Rh1含量为表型进行差异表达基... 目的通过权重基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)挖掘人参皂苷Rh1生物合成相关基因。方法以种植于吉林省人参主产区304个农家品种的转录组测序数据为基础,以人参皂苷Rh1含量为表型进行差异表达基因的挖掘。结果通过WGCNA获得6个与人参皂苷Rh1含量密切相关的基因共表达模块,根据关联分析结果确定Green模块为与人参皂苷Rh1含量显著相关的关键模块。功能注释结果显示Green模块内的基因富集到m RNA结合、蛋白修饰等多个相关途径。通过构建基因互作网络筛选获得7个核心基因,功能预测表明这些基因可能在人参皂苷Rh1的生物合成途径中起着重要作用。对7个候选基因进行茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,Me JA)体外调控分析。对人参不定根进行MeJA诱导处理,随Me JA的诱导,comp9517_c0_seq1、comp10896_c0_seq1、comp43180_c0_seq2、comp64014_c0_seq8的表达量与人参皂苷Rh1的含量同时呈现显著变化,但只有comp64014_c0_seq8的表达趋势与人参皂苷Rh1在Me JA诱导下的表达趋势相同,表明这条候选基因可能与人参皂苷Rh1的合成密切相关。结论为人参皂苷Rh1生物合成途径的解析提供了理论基础。 展开更多
关键词 人参 人参皂苷RH1 差异表达基因 权重基因共表达网络分析 茉莉酸甲酯
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植物干细胞培养研究进展 被引量:5
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作者 刘连 王义 +2 位作者 史植元 张美萍 孙春玉 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1734-1741,共8页
植物干细胞位于分生组织,是处于未分化状态的细胞,液泡化程度低,具有较高的线粒体活性,遗传稳定,具有很强的自我更新和再生能力。植物干细胞培养在下游制药和功能性食品以及化妆品行业具有广泛的应用潜质。文中综述了植物干细胞的基本... 植物干细胞位于分生组织,是处于未分化状态的细胞,液泡化程度低,具有较高的线粒体活性,遗传稳定,具有很强的自我更新和再生能力。植物干细胞培养在下游制药和功能性食品以及化妆品行业具有广泛的应用潜质。文中综述了植物干细胞的基本培养技术、鉴别技术,为该领域的深入研究提供参考。 展开更多
关键词 植物 干细胞 分生组织 茎尖 根尖 培养
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人参皂苷生物合成相关基因PgRg_(2)BBE克隆及生物信息学分析 被引量:2
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作者 李傲 刘思章 +5 位作者 王义 王康宇 朱蕾 李俐 姜悦 王艳芳 《吉林农业大学学报》 CSCD 北大核心 2023年第6期693-701,共9页
克隆与人参皂苷Rg_(2)合成相关的重要酶基因PgRg_(2)BBE全长cDNA序列,并利用在线软件对该基因编码的蛋白质进行理化性质、结构域、亚细胞定位和系统进化等分析。结果表明:PgRg_(2)BBE基因cDNA序列长为1638 bp,编码545个氨基酸。PgRg_(2)... 克隆与人参皂苷Rg_(2)合成相关的重要酶基因PgRg_(2)BBE全长cDNA序列,并利用在线软件对该基因编码的蛋白质进行理化性质、结构域、亚细胞定位和系统进化等分析。结果表明:PgRg_(2)BBE基因cDNA序列长为1638 bp,编码545个氨基酸。PgRg_(2)BBE蛋白分子量为60967.10 u,等电点为8.88,不稳定性指数为34.04,预测该蛋白为一种稳定的亲水性跨膜蛋白,主要由α-螺旋和无规则卷曲组成。PgRg_(2)BBE蛋白含有FAD_binding_4和BBE功能结构域,定位于叶绿体中,含有24个氨基酸序列信号肽。系统发育树分析发现,其与智利茄的亲缘关系最近,氨基酸序列多重比对发现,RgRg_(2)BBE中含有4个保守基序,进一步与拟南芥AtBBE家族蛋白进行同源序列比对,发现它们同时具有4个保守基序(RKYGL、MGED、FWAIRGG、FPEI)。 展开更多
关键词 人参皂苷Rg_(2) 生物合成 PgRg_(2)BBE 基因克隆 生物信息学 序列分析
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人参LCAT基因的生物信息学分析及其转化胡萝卜 被引量:2
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作者 刘铁鹰 李纯 +6 位作者 赵明珠 王康宇 孙春玉 陈静 王艳芳 张美萍 王义 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期4588-4595,共8页
本研究对人参卵磷脂甾醇酰基转移酶基因(PgLCAT)进行生物信息学分析,以胡萝卜为受体进行遗传转化。根据已筛选的PgLCAT基因序列,利用ProtParam、ExPASy等生物信息学在线软件对PgLCAT核酸和蛋白质序列进行基本分析;使用R语言、BioLayout ... 本研究对人参卵磷脂甾醇酰基转移酶基因(PgLCAT)进行生物信息学分析,以胡萝卜为受体进行遗传转化。根据已筛选的PgLCAT基因序列,利用ProtParam、ExPASy等生物信息学在线软件对PgLCAT核酸和蛋白质序列进行基本分析;使用R语言、BioLayout Express3D等软件对PgLCAT基因的表达模式进行分析;设计PgLCAT引物,以人参总RNA反转录得到的cDNA为模板,进行PCR扩增,并构建克隆载体与表达载体,进行胡萝卜转化研究。结果显示,PgLCAT基因长度为1438 bp,完整开放阅读框(ORF)的长度为1371 bp,编码457个氨基酸,相对分子质量为51473.00 kD,理论等电点为5.43,是无跨膜结构且不编码信号肽的亲水性蛋白,PgLCAT在人参14个组织部位的叶片中表达较高,其表达模式与人参皂苷的生物合成紧密相关,显著(p<0.01)影响人参单体皂苷Rb1和总皂苷的生物合成;成功构建表达载体,转化胡萝卜并获得了转基因阳性植株。为进一步深入研究PgLCAT基因的功能及其对人参皂苷生物合成机制的研究提供了科学依据。 展开更多
关键词 人参 卵磷脂甾醇酰基转移酶 胡萝卜 生物信息学分析
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