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基于数据挖掘分析PEG3基因在肾透明细胞癌中的表达及预后意义 被引量:5
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作者 陈展 崔强 +4 位作者 齐闯 赵虎 朱合欢 路君 谭建明 《现代肿瘤医学》 CAS 2018年第4期548-553,共6页
目的:阐述印迹基因PEG3在肾细胞癌中的表达及意义。方法:利用Oncomine数据库及GEPIA分析PEG3在肾透明细胞癌组织中的表达情况;利用KM-Plotter做PEG3与肾透明细胞癌患者生存期的相关性分析,经Meth HC分析PEG3启动子区甲基化水平,String-D... 目的:阐述印迹基因PEG3在肾细胞癌中的表达及意义。方法:利用Oncomine数据库及GEPIA分析PEG3在肾透明细胞癌组织中的表达情况;利用KM-Plotter做PEG3与肾透明细胞癌患者生存期的相关性分析,经Meth HC分析PEG3启动子区甲基化水平,String-DB数据库分析PEG3相互作用蛋白;通过The Human Protein Atlas分析PEG3蛋白在肾透明细胞癌中的蛋白表达情况。结果 :在mRNA水平上,PEG3在肾透明细胞癌中较正常肾组织显著低表达,表达水平与肾癌预后呈负相关(Log-rank P=0.001 1),PEG3蛋白在肾透明细胞癌中也较正常肾脏组织低表达,且其启动子甲基化水平则显著增高。与PEG3相关蛋白有NLRP7、MEST、SIAH1、PEG10、CDC25 B等,可能参与细胞有丝分裂周期调节及遗传印迹等细胞功能。结论 :通过肿瘤基因数据库信息挖掘发现,PEG3在肾透明细胞癌组织中呈低表达,且与患者生存期有关,将为后续的肿瘤研究提供重要的理论依据。 展开更多
关键词 PEG3 肾透明细胞癌 数据库分析 甲基化
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肾透明细胞癌差异表达基因的筛选及其核心基因相应miRNA和lncRNA预测分析 被引量:3
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作者 朱合欢 赵虎 +3 位作者 林智文 王洁 路君 谭建明 《中山大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期771-779,790,共10页
【目的】筛选肾透明细胞癌(ccRCC)中差异表达基因并其相关miRNA和lncRNA,寻找可作为ccRCC诊断及治疗的生物标志物。【方法】通过从TCGA数据库和GEO数据库筛选ccRCC差异表达基因并取交集,对差异表达基因进行GO功能分析和KEGG通路富集分析... 【目的】筛选肾透明细胞癌(ccRCC)中差异表达基因并其相关miRNA和lncRNA,寻找可作为ccRCC诊断及治疗的生物标志物。【方法】通过从TCGA数据库和GEO数据库筛选ccRCC差异表达基因并取交集,对差异表达基因进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,使用MCODE软件筛选出差异表达基因中的核心基因,并利用mirDIP数据库和STARBASE数据库对核心基因上游的miRNA和lncRNA进行预测。【结果】共筛选出427个差异表达基因,这些差异表达基因在GO功能分析上主要与催化活性、受体活性和细胞黏附分子活性等功能相关,KEGG信号通路富集结果则表明其主要与PPAR、Rap1以及细胞因子受体相互作用等信号通路相关。从这些差异表达基因中筛选出11个核心基因,并预测到134个相应miRNA,接着对5个与ccRCC总体生存率相关的miRNA在STARBASE中共预测到6个相应lncRNA。最后将lncRNA、miRNA、核心基因以及相应信号通路在CYTOSCAPE中构建出一个互作网络。【结论】利用生物信息学技术将TCGA数据库与GEO数据库结合起来,筛选出ccRCC中差异表达基因,并对其中的核心基因进行miRNA与lncRNA预测分析,为后续找到可用于ccRCC临床诊断的靶标与治疗的靶点提供了有力帮助。 展开更多
关键词 肾透明细胞癌 差异表达基因 MIRNA lncRNA 生物信息学
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肾透明细胞癌Caki-1细胞系差异表达基因的生物信息学分析 被引量:1
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作者 朱合欢 赵虎 +3 位作者 林智文 王洁 路君 谭建明 《中华细胞与干细胞杂志(电子版)》 2018年第2期80-87,共8页
目的比较肾透明细胞癌Caki-1细胞系与正常肾上皮细胞系ASE-5063中的差异表达基因(DEGs),寻找潜在的肾透明细胞癌特异性分子标志物。方法利用GEO数据库自带的GEO2R在线分析工具分析基因芯片GSE78179,将筛选出的DEGs分别导入Metascape、ST... 目的比较肾透明细胞癌Caki-1细胞系与正常肾上皮细胞系ASE-5063中的差异表达基因(DEGs),寻找潜在的肾透明细胞癌特异性分子标志物。方法利用GEO数据库自带的GEO2R在线分析工具分析基因芯片GSE78179,将筛选出的DEGs分别导入Metascape、STRING以及Cytoscape进行综合分析并筛选出核心基因。最后使用Fun Rich等软件对筛选出的核心基因进行GO和KEGG富集分析。结果共筛选出562个DEGs,其中上调基因345个,下调基因217个。进一步使用MCODE筛选出36个关键基因,GO功能分析发现这些基因与细胞粘附分子活性、趋化因子活性、细胞通讯和信号转导等密切相关;KEGG通路富集结果则表明差异基因主要集中在趋化因子信号通路、TNF信号通路以及NF-κB信号通路等多种与肿瘤相关的通路上。结论运用生物信息学方法筛选出肾透明细胞癌Caki-1细胞系中DEGs,其中数个核心基因广泛参与多种肿瘤的病理进程,但尚未在肾透明细胞癌有相关研究报道,提示其可能是治疗肾透明细胞癌的潜在靶点。 展开更多
关键词 肾透明细胞癌 生物信息学 差异表达基因
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棕榈酸酯诱导人脐带间充质干细胞内质网应激和细胞凋亡 被引量:1
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作者 路君 董会月 +3 位作者 林灵婧 王庆华 黄梁浒 谭建明 《生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期600-606,共7页
饱和游离脂肪酸棕榈酸酯(palmitate,PA)可诱导包括胰岛β细胞在内的多种细胞凋亡,本文旨在观察PA诱导人脐带间充质干细胞(human umbilical cord-derived mesenchymal stem cells,hUC-MSCs)凋亡的作用,并探讨其作用机制。研究采用的hUC-M... 饱和游离脂肪酸棕榈酸酯(palmitate,PA)可诱导包括胰岛β细胞在内的多种细胞凋亡,本文旨在观察PA诱导人脐带间充质干细胞(human umbilical cord-derived mesenchymal stem cells,hUC-MSCs)凋亡的作用,并探讨其作用机制。研究采用的hUC-MSCs经细胞表面标志分子抗体标记,通过流式细胞检测鉴定。hUC-MSCs在PA干预后通过Annexin V-FITC和7-AAD双染,流式细胞术检测细胞凋亡率。PA处理后的细胞用于细胞内质网应激标志蛋白检测。半定量PCR观察XBP1 mRNA剪切体,荧光定量PCR检测BiP、GRP94、ATF4和CHOP mRNA表达,Western blot检测BiP和CHOP基因表达。结果显示,培养的hUC-MSCs表达符合MSCs的表面标志分子,PA暴露诱导hUC-MSCs凋亡率显著升高,内质网应激标志基因XBP1 mRNA剪切体增多,BiP、GRP94、ATF4和CHOP基因表达升高。研究结果提示,PA具有诱导hUC-MSCs细胞凋亡的作用,内质网应激可能是细胞凋亡的主要原因。 展开更多
关键词 棕榈酸酯 间充质干细胞 细胞凋亡 内质网应激
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间充质干细胞在恶性肿瘤生物学中作用的研究进展 被引量:2
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作者 林婷婷 任群 王水良 《中华细胞与干细胞杂志(电子版)》 2018年第1期39-48,共10页
过去近半个世纪的研究表明,间充质干细胞(MSCs)作为肿瘤微环境中细胞成份的重要成员之一,它在肿瘤细胞生长增殖、凋亡调控、侵袭性生长和转移、血管新生、能量代谢以及治疗抗性等诸多恶性生物学特性中均发挥重要的生物学作用,其相关的... 过去近半个世纪的研究表明,间充质干细胞(MSCs)作为肿瘤微环境中细胞成份的重要成员之一,它在肿瘤细胞生长增殖、凋亡调控、侵袭性生长和转移、血管新生、能量代谢以及治疗抗性等诸多恶性生物学特性中均发挥重要的生物学作用,其相关的分子机制也逐步被揭示;相应地,基于这些发现的基因工程修饰和物理(化学)预处理的MSCs在特定肿瘤综合治疗中临床应用研究也取得了令人振奋的结果。本文就目前MSCs在恶性肿瘤发生发展中所起的生物学作用及其分子机制研究的相关进展作一综述,并就未来MSCs相关的新研究方向及其肿瘤综合治疗中可能的临床应用作一简单的展望。 展开更多
关键词 间充质干细胞 肿瘤微环境 肿瘤生物学
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