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杨树同义密码子用法的初步分析(英文) 被引量：22
1
作者 周猛 童春发 施季森 《植物生理与分子生物学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期285-293,共9页
杨树是世界上广泛栽培的重要造林树种之一,已经成为林木基因工程研究的模式植物。用杨树的314个蛋白编码基因,通过对应分析和ENC-plot分析探讨了若干重要因子对杨树密码子用法的效应。从分析结果中可以看出,在影响最大的第一条向量轴上... 杨树是世界上广泛栽培的重要造林树种之一,已经成为林木基因工程研究的模式植物。用杨树的314个蛋白编码基因,通过对应分析和ENC-plot分析探讨了若干重要因子对杨树密码子用法的效应。从分析结果中可以看出,在影响最大的第一条向量轴上,基因的坐标位置与该基因的表达水平(CAI)极显著负相关(r=-0.94**),其次是与GC3S和基因长度极显著相关(r=0.86**和r=-0.57**),说明基因表达水平高低是影响密码子发挥作用的主要因素,基因编码区碱基组成和基因长度次之。ENC-plot分析结果也证明了这一点。相对密码子使用值(RSCU)的计算结果表明,高表达基因强烈偏好以A或T结尾的密码子,并确定了TTA和ATA等10个密码子为杨树的主要偏爱密码子。将杨树的密码子使用频率与拟南芥、水稻、大肠杆菌和人等不同模式生物种比较后发现,杨树密码子的偏爱性与同为双子叶植物的拟南芥最为相似,与人和大肠杆菌之间的差异较大。 展开更多
关键词 密码子用法 对应分析 GC35含量 基因长度 基因表达水平 优越密码子 杨树
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岷江百合ISSR-PCR反应体系的优化 被引量：9
2
作者 邓明文 吴祝华 +4 位作者 席梦利 杨立伟 施季森 刘千里 张利 《林业科技开发》 2007年第6期19-22,共4页
以岷江百合为材料,对影响ISSR-PCR反应的主要参数进行优化,建立了适用于岷江百合的ISSR-PCR反应体系。20μL反应体系中,内含1×PCRbuffer、1.25mmol/LMg2+、0.4mmol/LdNTPs、0.6μmol/L引物、0.5UTaqDNA聚合酶、20ng模板DNA。扩增... 以岷江百合为材料,对影响ISSR-PCR反应的主要参数进行优化,建立了适用于岷江百合的ISSR-PCR反应体系。20μL反应体系中,内含1×PCRbuffer、1.25mmol/LMg2+、0.4mmol/LdNTPs、0.6μmol/L引物、0.5UTaqDNA聚合酶、20ng模板DNA。扩增程序为:94℃预变性5min;94℃变性40s,52.8℃退火45s,72℃延伸1min30s,共45个循环;最后72℃延伸8min。该优化系统的建立为今后利用ISSR标记技术开展岷江百合遗传多样性研究奠定了基础。 展开更多
关键词 岷江百合 ISSR 反应体系 优化
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基因芯片筛选差异表达基因方法比较 被引量：4
3
作者 单文娟 童春发 施季森 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第12期1640-1646,共7页
使用计算机模拟数据和真实的芯片数据,对8种筛选差异表达基因的方法进行了比较分析,旨在比较不同方法对基因芯片数据的筛选效果。模拟数据分析表明,所使用的8种方法对均匀分布的差异表达基因有很好的识别、检出作用。算法方面,SAM和Wilc... 使用计算机模拟数据和真实的芯片数据,对8种筛选差异表达基因的方法进行了比较分析,旨在比较不同方法对基因芯片数据的筛选效果。模拟数据分析表明,所使用的8种方法对均匀分布的差异表达基因有很好的识别、检出作用。算法方面,SAM和Wilcoxon秩和检验方法较好;数据分布方面,正态分布的识别效果较好,卡方分布和指数分布的识别效果较差。杨树cDNA芯片分析表明,SAM、Samroc和回归模型方法相近,而Wilcoxon秩和检验方法与它们有较大差异。 展开更多
关键词 基因芯片 杨树 差异表达
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百合总RNA提取方法的比较和分析 被引量：20
4
作者 吴小萍 席梦利 +1 位作者 缪红艳 施季森 《分子植物育种》 CAS CSCD 2006年第6期871-876,共6页
以卷丹、麝香百合品种富田和离体鲜切花的花蕾为材料,比较Trizol法、异硫氰酸胍法、CTAB改进法和SDS改进法提取总RNA的效果,结果表明,SDS改进法能有效去除多糖,提取的RNA中28SrRNA亮度约为18SrRNA的两倍,OD260/OD280值介于1.7～2.2之间... 以卷丹、麝香百合品种富田和离体鲜切花的花蕾为材料,比较Trizol法、异硫氰酸胍法、CTAB改进法和SDS改进法提取总RNA的效果,结果表明,SDS改进法能有效去除多糖,提取的RNA中28SrRNA亮度约为18SrRNA的两倍,OD260/OD280值介于1.7～2.2之间,卷丹RNA得率为132.52μg/g,富田RNA得率为186.88μg/g。进一步用SDS改进法分别提取富田外轮花瓣、内轮花瓣、雄蕊、雌蕊、叶和茎的RNA,同样可以获得完整的纯度高的RNA,其中28SrRNA亮度约为18SrRNA的两倍,OD260/OD280值介于1.7～2.2之间,说明此方法适用于百合各个组织RNA的提取。经RT-PCR获得了花发育基因的特异性条带,说明用SDS改进法从百合中提取的RNA质量好、产率高、完整性强,完全适合于百合进一步的分子生物学研究。 展开更多
关键词 百合 RNA SDS改进法 多糖
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麝香百合LLGLO1基因的克隆和表达 被引量：9
5
作者 吴小萍 席梦利 施季森 《植物生理学通讯》 CSCD 北大核心 2006年第5期871-876,共6页
用RACE方法克隆的麝香百合花发育的GLOBOSA(GLO)类B功能基因LLGLO1,与其他多种单子叶植物的GLO类基因高度同源,且C区具有典型的PI结构基序。通过RT-PCR检测,百合不同组织中的LLGLO1基因表达模式与郁金香的GLO类基因相似。即主要集中在... 用RACE方法克隆的麝香百合花发育的GLOBOSA(GLO)类B功能基因LLGLO1,与其他多种单子叶植物的GLO类基因高度同源,且C区具有典型的PI结构基序。通过RT-PCR检测,百合不同组织中的LLGLO1基因表达模式与郁金香的GLO类基因相似。即主要集中在百合第一、二、三轮花器官中表达,心皮和茎中有微量表达,而且随着心皮的成熟,其在心皮中的表达量逐渐增加,但在百合叶片中则未检测到LLGLO1的表达,因此认为LLGLO1在百合花器官中呈特异性表达。LLGLO1在百合第一轮花器官中的表达支持了vanTunen对ABC模型的修正。 展开更多
关键词 麝香百合 ABC模型 GLOBOSA 基因表达
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淹水胁迫下杂交鹅掌楸无性系几种酶活性的变化 被引量：16
6
作者 潘向艳 季孔庶 方彦 《西北林学院学报》 CSCD 北大核心 2007年第3期43-46,共4页
以抗涝性强的杂交鹅掌楸无性系NE39和NE48号、抗涝性差的无性系NE40和NE75为试验材料,研究淹水胁迫下几种酶活性的变化。结果表明:保护酶(SOD,CAT)活性的变化在时间和幅度上有差异。抗性强的无性系在淹水8 d后SOD活性最大,NE39和NE48的... 以抗涝性强的杂交鹅掌楸无性系NE39和NE48号、抗涝性差的无性系NE40和NE75为试验材料,研究淹水胁迫下几种酶活性的变化。结果表明:保护酶(SOD,CAT)活性的变化在时间和幅度上有差异。抗性强的无性系在淹水8 d后SOD活性最大,NE39和NE48的SOD活性分别由127.39、204.57 u.g-1上升到326.49、368.67 u.g-1;抗性差的无性系在淹水6 d后SOD活性最大,且增幅较小。淹水8 d后,NE39和NE48的CAT活性分别增加588.0、477.2 u.g-1,乙醇脱氢酶(ADH)活性分别由199.78、237.00 u.mg-1上升到349.00、297.00 u.g-1,苯丙氨酸解氨酶(PAL)活性分别增加421.67、270.00 u.g-1;NE40和NE75的CAT活性分别增加45.60、112.00 u.g-1,ADH活性分别由203.22、214.67 u.mg-1下降到159.33、166.89 u.mg-1,PAL活性分别下降了280.00、306.67 u.g-1。抗性强的无性系其体内酶活性高且维持时间长。 展开更多
关键词 杂交鹅掌楸 无性系 淹水胁迫 酶活性
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马尾松实生种子园花量分析 被引量：8
7
作者 方彦 张薇 +1 位作者 陈月旻 季孔庶 《林业科技开发》 2007年第6期43-46,共4页
观测了福建省上杭县白沙林场马尾松实生种子园的21个家系花量,分析了家系内与家系间雌雄球花量、各家系雌雄球花量在不同冠层和方位的分布。结果表明:家系间与家系内球花量差异显著。马尾松球花花量在不同冠层的分布呈现显著差异。雌球... 观测了福建省上杭县白沙林场马尾松实生种子园的21个家系花量,分析了家系内与家系间雌雄球花量、各家系雌雄球花量在不同冠层和方位的分布。结果表明:家系间与家系内球花量差异显著。马尾松球花花量在不同冠层的分布呈现显著差异。雌球花主要集中在上、中层,下层极少;雄球花则主要集中在中、下层。同时球花花量的分布在方位上差异不显著。可见,构建马尾松实生种子园过程中,在注重建园材料的生长、材性等重要经济性状的同时,还要注意雌雄球花量选择。此外,选择建园立地环境和加强人工管理也是提高马尾松开花量和保证雌雄球花比例,保证种子园稳产、高产的重要措施。 展开更多
关键词 马尾松 花量 雌雄球花
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