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幽门螺杆菌对克拉霉素、甲硝唑和左氧氟沙星的耐药率及其相关耐药基因突变特征 被引量:14
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作者 宋顺佳 王鑫莹 +5 位作者 姜菲菲 贾慧建 赵远 杨志平 孙丽媛 赵云冬 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期630-637,共8页
目的:检测幽门螺杆菌(Hp)对3种常见抗生素的耐药率,探讨其相关耐药基因突变形式,为阐明其耐药分子机制提供依据。方法:选择35例确诊为慢性胃炎或消化性溃疡患者的胃黏膜标本,分离培养鉴定Hp。采用琼脂稀释法检测Hp对克拉霉素、甲硝唑和... 目的:检测幽门螺杆菌(Hp)对3种常见抗生素的耐药率,探讨其相关耐药基因突变形式,为阐明其耐药分子机制提供依据。方法:选择35例确诊为慢性胃炎或消化性溃疡患者的胃黏膜标本,分离培养鉴定Hp。采用琼脂稀释法检测Hp对克拉霉素、甲硝唑和左氧氟沙星的最小抑菌浓度(MIC),根据药敏试验结果分为敏感组和耐药组。通过PCR扩增克拉霉素耐药基因23S rRNA、甲硝唑耐药基因rdxA和左氧氟沙星耐药基因gyrA,PCR纯化产物测序后分析核苷酸和氨基酸突变位点。结果:Hp菌株培养3~5 d后,平板上可见光滑、半透明和针尖样小菌落。35株Hp均对甲硝唑和左氧氟沙星耐药,克拉霉素耐药率为80%(28/35)。与敏感菌株比较,克拉霉素耐药菌株均发生基因突变,23S rRNA基因最常见的突变位点为A2143G,其次为突变位点A2223G和A2142G+A2164G;甲硝唑耐药菌株rdxA基因主要发生错义突变,其次为移码突变和无义突变;左氧氟沙星耐药菌株gyrA基因主要发生N87K突变,其次为D91N突变、N87I、D91G及N87K+D143E突变,17.1%的耐药菌株未发生任何位点突变。结论:Hp菌株对克拉霉素、甲硝唑和左氧氟沙星的耐药率较高,相关耐药基因突变是导致抗生素耐药的主要原因,筛选这些突变可能有助于防止抗生素耐药性及选择合适的抗菌药物根除Hp。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 耐药性 克拉霉素 甲硝唑 左氧氟沙星
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呼吸道真菌感染核酸胶体金试纸条快速检测方法的建立和评价 被引量:3
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作者 姜菲菲 宋伶俐 +3 位作者 潘蓓珍 王岳峰 李昊宇 孙丽媛 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期222-230,共9页
目的:采用聚合酶链式反应(PCR)技术和胶体金技术建立一种呼吸道真菌感染核酸胶体金试纸条检测方法,并对其检测效果进行评价。方法:根据GenBank数据库选择真菌内转录间隔区(ITS)基因片段作为靶基因,应用DNAMAN软件对真菌ITS基因片段进行... 目的:采用聚合酶链式反应(PCR)技术和胶体金技术建立一种呼吸道真菌感染核酸胶体金试纸条检测方法,并对其检测效果进行评价。方法:根据GenBank数据库选择真菌内转录间隔区(ITS)基因片段作为靶基因,应用DNAMAN软件对真菌ITS基因片段进行分析,并分别在真菌通用引物5'端用生物素(Biotin)和异硫氰酸荧光素(FITC)进行修饰标记;建立PCR体系,进行体系的最佳条件优化;确定胶体金免疫层析试纸条标记链霉亲和素的最佳标记量和质控线及检测线最佳包被物浓度,组装核酸胶体金试纸条,对试纸条的特异度、灵敏度、重复性和稳定性进行验证。结果:水煮法提取白假丝酵母菌、新生隐球菌和毛霉菌DNA,浓度为180μg·L^(-1)以上,纯度为1.60~2.10;在pH 7.0条件下,每100μL胶体金溶液中制备胶体金标记链霉亲和素最佳标记量为3.3μg,质控线包被Biotin化牛血清白蛋白(BSA-Biotin)浓度为2.00 g·L^(-1),检测线包被抗FITC抗体浓度为1.00 g·L^(-1)。核酸试纸条的特异度与电泳结果一致,仅白假丝酵母菌、新生隐球菌和毛霉菌出现阳性结果,与金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、乙型溶血性链球菌、铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌和大肠埃希菌等常见呼吸道感染细菌无交叉反应。灵敏度检测,白假丝酵母菌、新生隐球菌和毛霉菌的DNA浓度分别为10-4、10-2和10-3 mg·L^(-1)时核酸试纸条仍可准确检出,而普通PCR电泳结果显示白假丝酵母菌、新生隐球菌和毛霉菌最低检测浓度分别为0.01、1.00和0.10 mg·L^(-1);重复性检测,在不同实验室不同操作人员对核酸试纸条进行验证,结果一致,重复性良好;稳定性检测,核酸试纸条在第6、9和12个月进行检测,结果符合预期,稳定性良好。结论:本研究建立的呼吸道真菌感染核酸胶体金试纸条可以检测白假丝酵母菌、新生隐球菌和毛霉菌等真菌,特异度和灵敏度均较高, 展开更多
关键词 呼吸道感染 真菌 胶体金 核酸试纸条
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核酸试纸条快速检测蜡样芽胞杆菌entFM毒素基因方法的建立 被引量:2
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作者 贾慧建 李昊宇 +4 位作者 王丹 姜菲菲 赵潇颖 董婧瑶 孙丽媛 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期1333-1340,共8页
目的:基于核酸试纸条技术,建立一种快速检测蜡样芽胞杆菌entFM毒素基因的方法。方方法法:煮沸法提取蜡样芽胞杆菌DNA,以蜡样芽胞杆菌entFM毒素基因作为靶基因,采用NCBI primer-BLAST 5.0软件设计特异性引物并通过克隆转化鉴定PCR产物,... 目的:基于核酸试纸条技术,建立一种快速检测蜡样芽胞杆菌entFM毒素基因的方法。方方法法:煮沸法提取蜡样芽胞杆菌DNA,以蜡样芽胞杆菌entFM毒素基因作为靶基因,采用NCBI primer-BLAST 5.0软件设计特异性引物并通过克隆转化鉴定PCR产物,建立并组装核酸试纸条,评价核酸试纸条的特异性、灵敏度和稳定性。结果:蜡样芽胞杆菌DNA浓度为300 mg·L^(-1),纯度约为1.60。PCR产物阳性条带经切胶回收、克隆转化和测序比对,与GenBank数据库中已登记的entFM相似性为100%。在pH值7.0条件下,每100μL胶体金溶液加入3.3μg链霉亲和素浓度标记,质控线浓度为1.8 g·L^(-1),检测线浓度为1 g·L^(-1)时,硝酸纤维素膜上质控线与检测线均可与PCR产物反应出现清晰的红色条带。按照最适条件组装成核酸试纸条,PCR产物6μL,样品展开液100μL,检测10 min后可观察结果。核酸试纸条特异性与电泳结果一致,仅蜡样芽胞杆菌为阳性结果,与金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞杆菌、大肠埃希菌和沙门氏菌皆无交叉反应,为阴性结果;灵敏度检测,核酸试纸条DNA质量浓度同时降至10^(-3)mg·L^(-1)仍可准确检测,普通PCR电泳结果显示DNA质量浓度同时降至10-1mg·L^(-1)出现目的条带,核酸试纸条比普通PCR灵敏度提高100倍;稳定性检测,核酸试纸条在第6、9和12个月进行检测稳定性一致。结论:建立的核酸试纸条检测蜡样芽胞杆菌entFM毒素基因灵敏度高、特异性强且具有良好稳定性,适用于快速鉴别蜡样芽胞杆菌entFM毒素基因。 展开更多
关键词 蜡样芽胞杆菌 entFM毒素 核酸试纸条 煮沸法 聚合酶链式反应
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基于多重PCR技术检测蜡样芽胞杆菌3种毒素基因方法的建立及评价 被引量:2
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作者 姜菲菲 李昊宇 +5 位作者 贾慧建 王丹 赵潇颖 王岳峰 周童 孙丽媛 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期1223-1228,共6页
目的:基于多重PCR技术,建立一种快速检测蜡样芽胞杆菌nhe、cytK和entFM 3种毒素基因的方法,并评价其效能。方法:煮沸法提取蜡样芽胞杆菌DNA,以蜡样芽胞杆菌nhe、cytK和entFM特异性毒素基因作为靶基因,采用NCBI primer-BLAST 5.0软件设... 目的:基于多重PCR技术,建立一种快速检测蜡样芽胞杆菌nhe、cytK和entFM 3种毒素基因的方法,并评价其效能。方法:煮沸法提取蜡样芽胞杆菌DNA,以蜡样芽胞杆菌nhe、cytK和entFM特异性毒素基因作为靶基因,采用NCBI primer-BLAST 5.0软件设计特异性引物,优化反应体系。建立三重PCR检测体系,并检测其特异性、灵敏度和稳定性。结果:煮沸法提取蜡样芽胞杆菌DNA,浓度为227 mg·L^(-1),纯度为1.50~1.60。采用多重PCR体系同时检测蜡样芽胞杆菌3种毒素致病基因,于退火温度56℃时,蜡样芽胞杆菌基因引物nhe499的扩增片段为499 bp,基因引物cytK191的扩增片段为191 bp,基因引物entFM363的扩增片段为363 bp。PCR体系扩增蜡样芽胞杆菌3种毒素基因后条带清晰明亮,且无非特异性条带,与金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌和铜绿假单胞菌均无扩增,表明蜡样芽胞杆菌基因引物nhe499、cytK191和entFM363特异性强;3种引物在同一反应体系中互不干扰。灵敏度检测,多重PCR体系最低检测限可同时达到10^(-1)mg·L^(-1);稳定性检测,多重PCR体系自制备起每6个月检测稳定性一致。结论:建立的多重PCR检测体系对于蜡样芽胞杆菌nhe499、cytK191和entFM363 3种毒素基因灵敏度高、特异性强,检测结果准确稳定,检测体系具有良好稳定性,适用于快速检出蜡样芽胞杆菌的3种不同致病毒素基因。 展开更多
关键词 蜡样芽胞杆菌 毒素基因 多重聚合酶链式反应 灵敏度 煮沸法
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真伪熊胆粉物种基源分子生物学鉴定方法的建立及评价
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作者 赵远 贾慧建 +4 位作者 宋顺佳 李琦 邵学超 艾金霞 孙丽媛 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期801-808,共8页
目的:基于多重聚合酶链式反应(PCR)技术,建立并评价一种可同时快速特异鉴别熊胆粉生物来源的方法,为鉴别人工模拟混合掺假样品提供依据。方法:利用猪、牛和熊线粒体细胞色素b基因,SDS-蛋白酶K裂解法(SDS-PK)提取胆类DNA,Primer Premier ... 目的:基于多重聚合酶链式反应(PCR)技术,建立并评价一种可同时快速特异鉴别熊胆粉生物来源的方法,为鉴别人工模拟混合掺假样品提供依据。方法:利用猪、牛和熊线粒体细胞色素b基因,SDS-蛋白酶K裂解法(SDS-PK)提取胆类DNA,Primer Premier 5.0软件设计可扩增不同大小DNA片段且无交叉反应的物种特异性引物,特异性扩增后,将扩增条带克隆后测序,与GenBank数据库已登记序列比对。建立并优化多重PCR,评价其特异性和灵敏度,并采用该方法鉴别27份模拟混合掺假样品。结果:建立的猪、牛和熊胆粉DNA提取方法可于2 h之内完成操作,DNA纯度分别为2.04、1.69和1.70,浓度分别为158.63、189.34和148.55 mg·L^(-1)。设计可扩增出猪、牛和熊的物种特异性引物。测序结果与GenBank数据库已登记序列同源性达99%以上。PCR体系各物种引物特异性强,无非特异扩增。应用于三重PCR体系中的引物互不干扰,检测灵敏度高,3种靶标样品任意一种DNA浓度降至1 mg·L^(-1)时均可成功检测。27份人工模拟熊胆粉不同物种及不同比例掺假样品的检测结果与预设混合情况相符,盲法随机抽样重复检测5次,结果稳定。结论:成功建立可通过一次实验同时鉴别猪、牛和熊胆粉的方法,具有简便、灵敏及高效的特点,可应用于熊胆粉及其常见动物源性掺伪的鉴别。 展开更多
关键词 熊胆粉 DNA提取 多重聚合酶链式反应 基因测序 分子鉴别
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