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基于高通量测序分析孤独症谱系障碍儿童肠道菌群的构成变化 被引量：5
1
作者 曾佩佩 曾婷 +4 位作者 邓梁琼 郭浩 冯玉山 黄丽萍 李红辉 《检验医学》 CAS 2021年第2期153-161,共9页
目的探讨孤独症谱系障碍(ASD)儿童肠道菌群的变化。方法收集35例ASD患儿(ASD组)和35名体检健康儿童(正常对照组)粪便样本,提取基因组DNA,用Illumina测序平台进行测序分析,确定群体的肠道菌群特征。结果ASD组与正常对照组的肠道菌群结构... 目的探讨孤独症谱系障碍(ASD)儿童肠道菌群的变化。方法收集35例ASD患儿(ASD组)和35名体检健康儿童(正常对照组)粪便样本,提取基因组DNA,用Illumina测序平台进行测序分析,确定群体的肠道菌群特征。结果ASD组与正常对照组的肠道菌群结构存在差异。在门水平上,ASD组与正常对照组优势菌门厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门及放线菌门的相对丰度差异均无统计学意义(P>0.05);糖酵母菌门在2个组之间差异有统计学意义(P=0.01),但其在肠道菌群结构中的相对丰度很低。在属水平上,ASD组与正常对照组罕见小球菌属、霍尔德曼菌属、Candidatus Saccharibacteria noname属、普雷沃菌属、Burkholderiales noname属、戈登杆菌属、另枝菌属、Solobacterium属、Parasutterella属、Anaerotruncus属、杆菌属、丛毛单胞菌属、孪生球菌属及颗粒球菌属的相对丰度差异有统计学意义(P<0.05)。进一步对菌群进行分析,ASD组肠道菌群中翁德顿氏另枝菌、Alistipes putredinis、芬戈尔德氏拟杆菌、谢氏另枝菌、前庭链球菌、丝状霍尔德曼菌、芽胞拟杆菌、伯克霍尔德菌-1-1-47、单形巨单胞菌、粪副拟杆菌、生黄瘤胃球菌、毛螺科菌_3_1_57FAA_CT1及Parasutterella excrementihominis的相对丰度均高于正常对照组,毗邻颗粒链球菌、死亡梭杆菌、莫氏细小杆菌、直肠真杆菌、Candidate division_TM7_single_cell_isolate_TM7c及麻疹孪生球菌相对丰度均低于正常对照组(P<0.05)。结论ASD患儿存在肠道微生态失调,但无特定的肠道微生物群组成。 展开更多
关键词 肠道菌群 高通量测序 孤独症谱系障碍
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加氏乳杆菌的降脂活性研究
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作者 于佳琪 杨娅楠 +3 位作者 李转羽 马艳艳 赵柏闻 吴崇明 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第3期72-79,共8页
目的:探究加氏乳杆菌是否具有降脂活性,并验证其对HepG2细胞脂质堆积和高脂血症小鼠脂质代谢活性的影响。方法:利用油酸诱导建立HepG2细胞脂质堆积模型,通过多次油红O染色定量对166株加氏乳杆菌进行降脂活性筛选,选择活性最强的一株菌通... 目的:探究加氏乳杆菌是否具有降脂活性,并验证其对HepG2细胞脂质堆积和高脂血症小鼠脂质代谢活性的影响。方法:利用油酸诱导建立HepG2细胞脂质堆积模型,通过多次油红O染色定量对166株加氏乳杆菌进行降脂活性筛选,选择活性最强的一株菌通过Bodipy染色、甘油三酯含量测定进行验证。利用C57BL/6J小鼠喂食高脂饲料建立高脂血症小鼠模型,灌胃加氏乳杆菌,每周测定小鼠的体质量,4周后测定其脂肪组织质量,并检测血清和肝脏组织中脂质水平。结果:61株加氏乳杆菌能够使脂质积累降低10%以上,占比36.75%,其中加氏乳杆菌BDUP活性最强。体外结果显示,与模型组NC相比,BDUP能够显著抑制HepG2细胞脂质堆积,降低TG含量。在体内实验中,与模型组相比,BDUP可以降低高脂血症小鼠体质量、脂肪质量及血脂、肝脂水平,其降脂功效优于标准菌株ATCC 33323。结论:36.75%的加氏乳杆菌具有稳定的调节脂代谢作用,其中菌株BDUP降脂活性最强,能够降低HepG2细胞脂质堆积,改善高脂血症小鼠脂质异常,表现出良好的体外和体内的降脂功效。 展开更多
关键词 加氏乳杆菌 筛选 脂质堆积 高脂血症
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DNA提取过程中混入的实验室空气微生物DNA定量
3
作者 陈天达 张婷婷 +2 位作者 杨娅楠 赵柏闻 吴崇明 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期2541-2547,共7页
元基因组测序方法为微生物研究提供了有力的工具。但其中的DNA提取过程,会不可避免地混入实验室中的空气微生物。这些微生物DNA,是否会对一些极微量的元基因组检测(如皮肤样本等)结果造成影响,有多大影响,仍没有明确结论。本研究首先收... 元基因组测序方法为微生物研究提供了有力的工具。但其中的DNA提取过程,会不可避免地混入实验室中的空气微生物。这些微生物DNA,是否会对一些极微量的元基因组检测(如皮肤样本等)结果造成影响,有多大影响,仍没有明确结论。本研究首先收集了实验室空气样品,用16S rRNA引物建立了基于qPCR的标准曲线,并检测了在开放环境下提取DNA过程中可掺杂的环境微生物DNA量。然后在开放环境下提取纯水DNA样品并进行元基因组分析,以确定掺杂环境微生物的种类。最后分别在生物安全柜和实验室开放环境下提取皮肤样本,并用鸟枪测序方法对样本的微生物组成进行分析,以评估掺杂环境微生物对元基因组检测结果的影响。结果显示,在实验室开放环境的DNA提取过程中,环境微生物的DNA残留可达28.9 pg,可达某些极微量样本DNA总量的30%。元基因组分析显示,样品中掺杂的环境微生物主要是痤疮杆菌Cutibacterium acnes、大肠杆菌Escherichia coli等皮肤常见细菌。与洁净皮肤样本的信息相比,开放环境下提取掺杂了数十种环境微生物,并导致主要菌种的丰度大幅降低,从而影响结果的真实性。因此,微量样品的DNA提取应在洁净环境下执行。 展开更多
关键词 痕量DNA 定量 实验室环境 qPCR 微生物组 皮肤样本
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