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密码子偏性的分析方法及相关研究进展 被引量:185
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作者 吴宪明 吴松锋 +2 位作者 任大明 朱云平 贺福初 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期420-426,共7页
密码子偏性是指生物体中编码同一种氨基酸的同义密码子的非均衡使用现象,由于这一现象与遗传信息的载体分子DNA和生物功能分子蛋白质相关联,所以具有重要的生物学意义;文章概述了密码子偏性研究方面的基本理论和常用分析方法,归纳了密... 密码子偏性是指生物体中编码同一种氨基酸的同义密码子的非均衡使用现象,由于这一现象与遗传信息的载体分子DNA和生物功能分子蛋白质相关联,所以具有重要的生物学意义;文章概述了密码子偏性研究方面的基本理论和常用分析方法,归纳了密码子使用分析的常用软件和提供在线分析网站,介绍了与密码子偏性相关的生物学领域及最新的研究进展,并对深入研究进行展望。 展开更多
关键词 密码子偏性 基因表达 遗传密码
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无标记定量法研究冠心病不稳定性心绞痛血瘀证的差异蛋白质组 被引量:26
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作者 赵慧辉 杨帆 +2 位作者 王伟 王红霞 魏开华 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2010年第2期285-292,共8页
应用高解析离子淌度质谱(HDMS)与纳升级超高效液相色谱(UPLC)联用,寻找冠心病不稳定性心绞痛血瘀证血浆差异蛋白,探索冠心病不稳定性心绞痛血瘀证的蛋白质组学特点.采用美国Agilent公司多克隆抗体亲和柱去除冠心病不稳定性心绞痛血瘀证... 应用高解析离子淌度质谱(HDMS)与纳升级超高效液相色谱(UPLC)联用,寻找冠心病不稳定性心绞痛血瘀证血浆差异蛋白,探索冠心病不稳定性心绞痛血瘀证的蛋白质组学特点.采用美国Agilent公司多克隆抗体亲和柱去除冠心病不稳定性心绞痛血瘀证患者和健康人血浆中6种丰度最高的蛋白后,进行无标记定量蛋白质组(Label free proteome)分析.结果表明,本方法的离子强度变异系数小于5%,保留时间变异系数小于3%,具有良好的重现性.动态范围约104数量级.总蛋白数3843种,差异倍数大于1.5倍的差异蛋白数25种,上调蛋白数13种(包括心绞痛血瘀证患者独有蛋白3种),下调蛋白数12种.ACTA1,ITIH3和LBP仅在冠心病不稳定性心绞痛血瘀证患者血浆中表达,Haptoglobin,SAA,CP,C6,MYH11,APOH和ANXA6在冠心病不稳定性心绞痛血瘀证患者中高表达,而HBB,HBA,HBE,HBD,HBG,HRG,IGHG,GSN和TF在冠心病不稳定性心绞痛血瘀证患者中低表达.表达上调的差异蛋白根据功能可分为:(1)急性时相反应蛋白;(2)补体蛋白;(3)细胞骨架蛋白;(4)凝血相关蛋白.表达下调的差异蛋白根据功能可分为:(1)载脂蛋白;(2)运输蛋白;(3)抗凝血相关蛋白;(4)免疫球蛋白;(5)细胞骨架调控蛋白.以上结果提示,冠心病不稳定性心绞痛血瘀证可能属于一种炎症反应;冠心病不稳定性心绞痛血瘀证患者可能同时存在心肌损伤、凝血因子异常、脂代谢紊乱与氧运输障碍;这些方面相互影响,互为因果.这些差异蛋白可为研究或发现抗心绞痛药物作用的新靶标提供线索.本研究结果表明,非标记定量蛋白质组学(Label freeproteomics)是疾病及证候生物标志物研究的一种有效手段. 展开更多
关键词 质谱 心绞痛 血瘀证 无标记 蛋白质组学 生物标志物
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翻译后修饰蛋白质组学研究的技术策略 被引量:21
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作者 刘金凤 王京兰 +1 位作者 钱小红 蔡耘 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期93-100,共8页
蛋白质组学早期研究的绝大部分工作是在关注细胞不同生长时期或是疾病、分裂素刺激下的蛋白质表达水平变化.然而,许多至关重要的生命进程不仅由蛋白质的相对丰度控制,更重要的是被那些时空特异分布的可逆翻译后修饰控制的,揭示翻译后修... 蛋白质组学早期研究的绝大部分工作是在关注细胞不同生长时期或是疾病、分裂素刺激下的蛋白质表达水平变化.然而,许多至关重要的生命进程不仅由蛋白质的相对丰度控制,更重要的是被那些时空特异分布的可逆翻译后修饰控制的,揭示翻译后修饰发生规律是理解蛋白质复杂多样的生物功能的一个重要前提.由于翻译后修饰蛋白质在样本中含量低且动态范围广,其相关研究极具挑战性,亲和富集、多维分离等技术与生物质谱的结合为翻译后修饰蛋白质组学的发展提供了契机,目前,已进行规模化研究的蛋白质翻译后修饰主要有四大类,其中磷酸化和糖基化研究较多.本文针对大规模翻译后的修饰蛋白质的分析策略和技术路线,如蛋白质的磷酸化修饰,糖基化修饰,泛素化修饰,基于蛋白质氧化还原状态进行的氧化还原修饰和其它修饰像乙酰化、甲基化、脂基化修饰等进行了综述. 展开更多
关键词 翻译后修饰 蛋白质组学 富集 分离 生物质谱
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对象存储系统中自适应的元数据负载均衡机制 被引量:18
4
作者 陈涛 肖侬 刘芳 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2013年第2期331-342,共12页
面向对象的存储系统在研究、工程以及服务领域均得到了广泛的应用.在面向对象的存储系统中,元数据的负载均衡对于提高整个系统的I/O性能具有重要的作用.现有的元数据负载均衡策略不能动态地平衡元数据的访问负载,而且自适应性以及容错... 面向对象的存储系统在研究、工程以及服务领域均得到了广泛的应用.在面向对象的存储系统中,元数据的负载均衡对于提高整个系统的I/O性能具有重要的作用.现有的元数据负载均衡策略不能动态地平衡元数据的访问负载,而且自适应性以及容错特性有待提高.提出了一种自适应的分布式元数据负载均衡机制(adaptabledistributed load balancing of metadata,简称ADMLB),包含基本的负载均衡算法和分布式的增量负载均衡算法.采用基本的负载均衡算法按照服务器的性能公平地分布负载,使用分布式的负载均衡算法定时地调整负载的分布.ADMLB采取分布式的方法均衡地在元数据服务器之间分布负载,根据负载的变化自适应地进行调整,具有很好的容错特性,而且用户可以高效地定位元数据服务器. 展开更多
关键词 面向对象的存储系统 元数据 负载均衡 自适应 分布式
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基于生物网络与病证结合的中药复方药理学研究对策 被引量:16
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作者 王勇 李春 +3 位作者 李栋 陈建新 郭淑贞 王伟 《中国中西医结合杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期552-555,共4页
以病证结合与生物网络的视角,从疾病、证候、症状不同维度,探讨宏观与微观相结合进行中药复方药理学评价的方法与思路,并根据复方中药多组分、多靶标的特点,借鉴网络药理学的方法,探索一套基于生物网络的中药复方药理学评价对策,以期建... 以病证结合与生物网络的视角,从疾病、证候、症状不同维度,探讨宏观与微观相结合进行中药复方药理学评价的方法与思路,并根据复方中药多组分、多靶标的特点,借鉴网络药理学的方法,探索一套基于生物网络的中药复方药理学评价对策,以期建立基于生物网络与病证结合的多维度、多层次的中药复方药理学评价体系。 展开更多
关键词 病证结合 生物网络 中药药理学
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磷酸化蛋白质及多肽相关研究的技术进展 被引量:12
6
作者 邓新宇 姜颖 贺福初 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第10期1163-1166,共4页
磷酸化修饰是一种重要的蛋白质化学修饰,对蛋白质功能的完成或改变起到重要作用。该领域的研究存在很多技术难点,对该领域研究形成了挑战。近年来相关技术有了很多突破,磷酸化研究也取得了很多新的成就。文章将从磷酸化蛋白的检出、磷... 磷酸化修饰是一种重要的蛋白质化学修饰,对蛋白质功能的完成或改变起到重要作用。该领域的研究存在很多技术难点,对该领域研究形成了挑战。近年来相关技术有了很多突破,磷酸化研究也取得了很多新的成就。文章将从磷酸化蛋白的检出、磷酸化蛋白质和肽段的富集、生物质谱技术的改进以及磷酸化蛋白和多肽的定量与比较几个方面介绍该研究领域的技术进展。 展开更多
关键词 磷酸化蛋白 磷酸化肽 生物质谱 定量分析
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CA125阴性卵巢癌血清标志物差异蛋白质组学的研究 被引量:12
7
作者 赵群 段微 +2 位作者 吴玉梅 钱小红 邓小虹 《现代妇产科进展》 CSCD 北大核心 2008年第5期337-341,共5页
目的:通过二维差异凝胶电泳(2-DEDIGE)和基质辅助激光解吸离子化-飞行时间(MALDI-TOF/TOF)串联质谱差异蛋白质组学方法寻找CA125阴性卵巢上皮癌血清标志物,以提高卵巢上皮癌诊断的灵敏度和特异度。方法:收集103例卵巢上皮癌,60例正常对... 目的:通过二维差异凝胶电泳(2-DEDIGE)和基质辅助激光解吸离子化-飞行时间(MALDI-TOF/TOF)串联质谱差异蛋白质组学方法寻找CA125阴性卵巢上皮癌血清标志物,以提高卵巢上皮癌诊断的灵敏度和特异度。方法:收集103例卵巢上皮癌,60例正常对照,63例卵巢良性肿瘤、63例盆腔良性病变的血清。按年龄匹配,选取6例CA125阴性卵巢癌和6例正常对照组的血清等容积混合。祛除血清高丰度白蛋白和IgG后进行2-DEDIGE。实验重复3次。通过DeCyder软件分析得出有显著差异的蛋白质点,MALDI-TOF/TOF鉴定差异蛋白质。分别用WesternBlot和ELISA方法验证获选的血清标志物。结果:(1)经2-DEDIGE实验得出有显著差异的蛋白质点41个,MALDI-TOF/TOF成功鉴定了其中的28个蛋白质点。上调最显著的蛋白质点为结合珠蛋白(haptoglo-bin,Hp),下调最显著的蛋白质为转铁蛋白(transferrin,Tf);(2)WesternBlot和ELISA验证结果显示,CA125阴性卵巢上皮癌血清Hp和Tf与正常对照有显著差异(P<0.001);(3)CA125+Hp+Tf联合检测(两者或两者以上阳性判断为阳性)诊断卵巢上皮癌的灵敏度和特异度高于CA125、Hp和Tf单独检测。结论:Hp和Tf是卵巢上皮癌血清中差异表达的蛋白质,可作为卵巢上皮癌的血清标志物。CA125+Hp+Tf联合检测有助于提高卵巢上皮癌诊断的灵敏度和特异度,有助于提高CA125阴性卵巢上皮癌的检出率。 展开更多
关键词 卵巢肿瘤 肿瘤标记 生物 双向差异凝胶电泳 触珠蛋白类 转铁蛋白
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多肽抗体免疫富集-质谱法检测肝癌患者血清多肽标志物 被引量:12
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作者 原剑 孙云波 +11 位作者 周晓明 杨帆 杨保安 郑俊杰 甄蓓 貌盼勇 李楠 白洁 林利忠 徐淑芳 肖汉族 魏开华 《分析化学》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2011年第8期1129-1133,共5页
血清多肽是癌症诊断信息的重要来源。近年来针对其复杂多样、丰度低、易降解的特点,多种多肽组技术得到快速发展。建立并优化了检测多肽标志物的免疫质谱方法,用于检测血清中的肿瘤多肽标志物。方法的线性范围为1~40pmol;检出限为0.5pm... 血清多肽是癌症诊断信息的重要来源。近年来针对其复杂多样、丰度低、易降解的特点,多种多肽组技术得到快速发展。建立并优化了检测多肽标志物的免疫质谱方法,用于检测血清中的肿瘤多肽标志物。方法的线性范围为1~40pmol;检出限为0.5pmol;对5pmol合成肽5标准品平行检测3次的相对标准偏差(RSD)为9.5%。采用本方法检测出浓度为35.2nmol/L的血清多肽标志物。本方法适用于临床样本中低浓度标志物的检测研究,对于癌症的早期诊断具有重要意义。 展开更多
关键词 多肽抗体 免疫富集 质谱 肿瘤 早期诊断
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切胶免疫制备腮腺液高丰度蛋白多克隆抗体 被引量:12
9
作者 姜静 孙其飞 +6 位作者 陈勇 高媛 柳晓兰 高建恩 朱红 孙启鸿 王松灵 《北京口腔医学》 CAS 2007年第5期254-256,共3页
目的通过切胶免疫制备人腮腺液高丰度蛋白多克隆抗体,为下一步腮腺液高丰度蛋白单克隆抗体制备提供抗原解决方案。方法将腮腺液经超滤法浓缩蛋白后,进行SDS-PAGE分析,切取分子量约为50-65kDa的高丰度蛋白条带,研磨后注射新西兰大耳白兔... 目的通过切胶免疫制备人腮腺液高丰度蛋白多克隆抗体,为下一步腮腺液高丰度蛋白单克隆抗体制备提供抗原解决方案。方法将腮腺液经超滤法浓缩蛋白后,进行SDS-PAGE分析,切取分子量约为50-65kDa的高丰度蛋白条带,研磨后注射新西兰大耳白兔诱导产生免疫应答并制备兔抗人腮腺液高丰度蛋白多克隆抗体,并应用蛋白免疫印记(Westernblot)等方法进行抗体鉴定。结果成功制备和鉴定了人腮腺液高丰度蛋白多克隆抗体。结论成功制备和鉴定了人腮腺液高丰度蛋白多克隆抗体,为下一步腮腺液高丰度蛋白单克隆抗体制备及唾液蛋白质组学研究奠定基础。 展开更多
关键词 腮腺液 高丰度蛋白 多克隆抗体 唾液
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蛋白质和多肽药物长效性研究进展 被引量:11
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作者 傅一鸣 王清明 安利国 《生命科学》 CSCD 2008年第2期258-262,共5页
基于分子生物学和重组技术的发展,蛋白质和多肽已经成为一类重要的药物,但是其稳定性差,生物利用率低,半衰期短等问题也日益受到关注。本文重点介绍了一些新的给药途径和给药系统,例如鼻腔、颊等给药途径以及黏膜给药系统、透皮给药系... 基于分子生物学和重组技术的发展,蛋白质和多肽已经成为一类重要的药物,但是其稳定性差,生物利用率低,半衰期短等问题也日益受到关注。本文重点介绍了一些新的给药途径和给药系统,例如鼻腔、颊等给药途径以及黏膜给药系统、透皮给药系统、缓控释技术等给药系统的进展。综述了对于蛋白质和多肽药物进行定点突变和化学修饰,以达到增加其长效性的一些新方法。 展开更多
关键词 蛋白质 多肽药物 长效性 给药系统 定点突变 化学修饰
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肠易激综合征大鼠结肠组织的蛋白质组学研究 被引量:12
11
作者 丁莺 吕宾 +4 位作者 孟立娜 范一宏 郭赟 沈雁 陈硕 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期564-569,共6页
目的探讨肠易激综合征(IBS)的发病机制及差异蛋白质之间的网络调控关系。方法16只雌性清洁级SD大鼠按随机数字表法分人IBS组和空白对照组,每组8只。以樟脑丸特殊气味作为条件刺激、结直肠扩张结合经典的肢体束缚作为非条件刺激建立大... 目的探讨肠易激综合征(IBS)的发病机制及差异蛋白质之间的网络调控关系。方法16只雌性清洁级SD大鼠按随机数字表法分人IBS组和空白对照组,每组8只。以樟脑丸特殊气味作为条件刺激、结直肠扩张结合经典的肢体束缚作为非条件刺激建立大鼠IBS模型。分别提取IBS组和空白对照组大鼠结肠黏膜总蛋白,应用差异荧光双向凝胶电泳技术进行差异蛋白质筛选,对筛选出的差异蛋白质应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术进行鉴定,应用Gene Ontology软件对差异蛋白质进行功能分类。以蛋白质印迹法对个别有价值的差异蛋白质进行验证。结果在1396个蛋白点中筛选出19个差异蛋白点,鉴定出13个特异蛋白质,其中8个蛋白质在IBS大鼠结肠黏膜组织中表达上调,5个下调。8个表达上调的蛋白质分别是角蛋白8、蛋白二硫化物异构酶A3(PDIA3)、过氧化物氧化还原酶6、半胱氨酸组织蛋白酶S、异质性胞核核糖核蛋白F、真核细胞翻译启始因子5A、羰基还原酶1和乙二醛还原酶Ⅰ,5个表达下调的蛋白分别是α-烯醇化酶、Transgelin蛋白、丝氨酸蛋白酶抑制因子B5、心脏α-肌动蛋白1和40S核糖体蛋白SA。蛋白质印迹检测结果证实,PDIA3在IBS大鼠结肠黏膜组织中高表达,与蛋白质组学研究结果一致。结论IBS大鼠结肠黏膜组织中与肠道免疫、炎症、神经相关的某些蛋白分子的表达发生改变,提示IBS的发生与肠道免疫、炎症、神经内分泌网络调控变化有关。 展开更多
关键词 肠易激综合征 蛋白质组学 结肠 大鼠
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蛋白质相互作用网络进化分析研究进展 被引量:11
12
作者 刘中扬 李栋 +1 位作者 朱云平 贺福初 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第1期13-24,共12页
近年来,随着高通量实验技术的发展和广泛应用,越来越多可利用的蛋白质相互作用网络数据开始出现.这些数据为进化研究提供了新的视角.从蛋白质、蛋白质相互作用、模体、模块直到整个网络五个层次,综述了近年来蛋白质相互作用网络进化研... 近年来,随着高通量实验技术的发展和广泛应用,越来越多可利用的蛋白质相互作用网络数据开始出现.这些数据为进化研究提供了新的视角.从蛋白质、蛋白质相互作用、模体、模块直到整个网络五个层次,综述了近年来蛋白质相互作用网络进化研究领域的主要进展,侧重于探讨蛋白质相互作用、模体、模块直到整个网络对蛋白质进化的约束作用,以及蛋白质相互作用网络不同于随机网络特性的起源和进化等问题.总结了前人工作给学术界的启示,探讨了该领域未来可能的发展方向. 展开更多
关键词 蛋白质相互作用网络 进化 生物信息学
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高精度相对和绝对定量的等量异位标签在定量蛋白质组学研究中的新进展 被引量:11
13
作者 马首智 孙玉琳 +1 位作者 赵晓航 徐平 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第7期1073-1082,共10页
蛋白质组学逐渐从定性研究转向定量研究。在定量蛋白质组学技术中,相对和绝对定量的等量异位标签(Isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)是应用最广泛的技术之一,具有通量高、稳定性强及不受样品来源制约等优点... 蛋白质组学逐渐从定性研究转向定量研究。在定量蛋白质组学技术中,相对和绝对定量的等量异位标签(Isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)是应用最广泛的技术之一,具有通量高、稳定性强及不受样品来源制约等优点,几乎可以对任意样品进行标记,而且可以同时对多达8个样品进行定量分析,有效地提高了通量。iTRAQ技术不断改进,其定量准确性显著提高,适用的平台越来越多,为微生物、动物、植物、生物医学领域蛋白质及其翻译后修饰组研究创造了条件。文中综述了高精度iTRAQ技术在定量蛋白质组学研究中的最新发展及其应用。 展开更多
关键词 定量蛋白质组学 相对和绝对定量的等量异位标签 定量精确度
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全柱成像毛细管等电聚焦电泳分析蛋白质药物电荷异质性 被引量:9
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作者 孟晓光 甄里 +5 位作者 刘悦玫 侯利平 刘丹 李斌 欧阳伟民 魏开华 《分析测试学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期343-348,共6页
评价了cIEF-WCID检测多肽与蛋白质药物等电点的应用效果。测定标准多肽的等电点,验证了cIEF-WCID具有高的准确度和良好的重复性(相对标准偏差<0.50%)。人血红蛋白的4种主要异构体实现了基线分离;甘赖胰岛素的重复测试均只检出单一特... 评价了cIEF-WCID检测多肽与蛋白质药物等电点的应用效果。测定标准多肽的等电点,验证了cIEF-WCID具有高的准确度和良好的重复性(相对标准偏差<0.50%)。人血红蛋白的4种主要异构体实现了基线分离;甘赖胰岛素的重复测试均只检出单一特征峰(p I 5.95±0.01);比较重组人生长激素原液和成品,等电点特征峰比例差异明显,且成品有新特征峰出现;对比进口及国产贝伐单抗,发现厂家1、3与原研药基本一致,厂家1的主成分迁移规律与原研药高度一致,厂家2的重链C末端K缺失、N末端焦谷氨酸环化或脱酰胺修饰影响了电荷异质性;通过考察尿素浓度、电解质范围和聚焦时间,优化了检测重组人促卵泡素等电点条件:2 mol/L尿素,两性电解质pH 2.5~5.0与pH 3.0~10.0按1∶1混合,聚焦电压1 000 V(1 min)~1 800 V(4 min)~2 200 V(1 min)。cIEF-WCID可快速、准确测定具有电荷异质性的蛋白类药物等电点,分辨率和重复性好,尤其是可以跟踪聚焦过程中样本的迁移特征,特别适合蛋白类药物复杂电荷异质性的检测。 展开更多
关键词 全柱成像毛细管等电聚焦电泳 电荷异质性 重组蛋白质药物 抗体 药学研究
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亲水相互作用色谱结合串联质谱多重碎裂模式在完整糖肽研究中的应用 被引量:10
15
作者 江静 应万涛 钱小红 《分析化学》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2014年第2期159-165,共7页
蛋白质的糖基化修饰在生理及病理过程中发挥着重要作用。由于技术条件的限制,传统的糖蛋白分析方法中,通常分别鉴定蛋白质和糖链两者的结构,而忽略了蛋白质与糖链的连接关系。本研究旨在以完整糖肽作为检测对象,对糖肽中肽段序列和糖链... 蛋白质的糖基化修饰在生理及病理过程中发挥着重要作用。由于技术条件的限制,传统的糖蛋白分析方法中,通常分别鉴定蛋白质和糖链两者的结构,而忽略了蛋白质与糖链的连接关系。本研究旨在以完整糖肽作为检测对象,对糖肽中肽段序列和糖链结构的同步解析。采用亲水相互作用色谱对完整糖肽进行分离纯化,联合生物质谱中碰撞诱导解离(CID)、高能诱导解离(HCD)、电子转移解离(ETD)等裂解模式,对完整糖肽的糖基化位点、糖链结构、肽段序列等进行全方面的解析。结果表明,亲水相互作用色谱中样品与填料比1∶50可有效富集糖肽,采用30%CID能量,主要产生糖苷键断裂的碎片,为糖链的结构组成分析提供了线索;采用25%HCD能量,在低分子量区域提供了糖链的特征离子信息,并产生明确的糖肽Y1特征离子;ETD保留了完整的修饰基团而产生肽段骨架的断裂,可以提供有效的肽段序列信息。本研究结合亲水相互作用色谱与质谱仪中的多种碎裂方式,为完整糖肽的结构解析提供了一种快速、有效的研究方案。 展开更多
关键词 亲水作用色谱 串联质谱 完整糖肽 碰撞诱导解离 高能诱导解离 电子转移解离
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另辟蹊径——串联质谱肽段断裂的新军“电子捕获解离” 被引量:10
16
作者 贾伟 应万涛 钱小红 《质谱学报》 EI CAS CSCD 2007年第1期55-64,共10页
一种新型的串联质谱断裂方式——电子捕获解离,以其完全不同于其他串联质谱肽段断裂的机理,提供了全新的肽段序列标签。它集众多优点于一身:对蛋白质和多肽的主链断裂无偏好;高断裂覆盖度;优先断裂二硫键;保留翻译后修饰基团;中性丢失... 一种新型的串联质谱断裂方式——电子捕获解离,以其完全不同于其他串联质谱肽段断裂的机理,提供了全新的肽段序列标签。它集众多优点于一身:对蛋白质和多肽的主链断裂无偏好;高断裂覆盖度;优先断裂二硫键;保留翻译后修饰基团;中性丢失少、可区分亮氨酸和异亮氨酸等。这些特点使电子捕获解离充满魅力,特别在Top Down技术和翻译后修饰中具有广阔的应用前景。 展开更多
关键词 多肽与蛋白质生物化学 电子捕获解离 傅立叶变换离子回旋共振质谱
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基于微阵列数据构建基因调控网络 被引量:4
17
作者 刘万霖 李栋 +1 位作者 朱云平 贺福初 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期1434-1442,共9页
随着微阵列数据的快速增长,微阵列基因表达数据日益成为生物信息学研究的重要数据源。利用微阵列基因表达数据构建基因调控网络也成为一个研究热点。通过构建基因调控网络,可以解读复杂的调控关系,发现细胞内的调控模式,并进而在系统尺... 随着微阵列数据的快速增长,微阵列基因表达数据日益成为生物信息学研究的重要数据源。利用微阵列基因表达数据构建基因调控网络也成为一个研究热点。通过构建基因调控网络,可以解读复杂的调控关系,发现细胞内的调控模式,并进而在系统尺度上理解生物学进程。近年来,人们引入了多种算法来利用基因芯片数据构建基因调控网络。文章回顾了这些算法的发展历史,尤其是其在理论和方法上的改进,给出了一些相关的软件平台,并预测了该领域可能的发展趋势。 展开更多
关键词 微阵列时间序列 基因调控网络 贝叶斯网络 布尔网络
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蛋白质组体内标记技术——SILAC技术 被引量:9
18
作者 刘伟 贺福初 姜颖 《生命的化学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期427-430,共4页
细胞培养条件下稳定同位素标记技术(stable isotope labeling by amino acids in cell culture,SILAC)是一种简单的体内标记策略,是基于质谱的定量蛋白质组学技术中的一个有力工具。SILAC技术不会引起蛋白质互作研究中的假阳性结果,使... 细胞培养条件下稳定同位素标记技术(stable isotope labeling by amino acids in cell culture,SILAC)是一种简单的体内标记策略,是基于质谱的定量蛋白质组学技术中的一个有力工具。SILAC技术不会引起蛋白质互作研究中的假阳性结果,使细胞信号转导动态变化研究成为可能,并且能够直接测量蛋白质含量。SILAC技术已经应用于一系列的生物学研究中,近来已被成功应用到整体动物水平的定量蛋白质组研究。本文综述了SILAC技术的基本原理、优点和应用进展。 展开更多
关键词 SILAC 定量蛋白质组学
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质谱MRM技术在蛋白质组学研究中的应用 被引量:9
19
作者 赵焱 应万涛 钱小红 《生命的化学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期210-213,共4页
质谱多反应监测(multiple reaction monitoring,MRM)技术是一种基于已知信息或假定信息有针对性地获取数据,进行质谱信号采集的技术,具有灵敏、准确和特异等优点。在基于蛋白组学的生物标志物研究、蛋白质翻译后修饰、定量蛋白质组和蛋... 质谱多反应监测(multiple reaction monitoring,MRM)技术是一种基于已知信息或假定信息有针对性地获取数据,进行质谱信号采集的技术,具有灵敏、准确和特异等优点。在基于蛋白组学的生物标志物研究、蛋白质翻译后修饰、定量蛋白质组和蛋白质相互作用等研究领域的应用逐渐受到重视。该文概述了该技术在蛋白质组学研究中的应用特点及其最新应用进展。 展开更多
关键词 质谱多反应监测(MRM)技术 蛋白质组学
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荧光双向电泳和串联质谱技术检测卵巢上皮癌血清标志物的研究 被引量:9
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作者 赵群 段微 +2 位作者 吴玉梅 钱小红 邓小虹 《中华肿瘤杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期754-758,共5页
目的通过差异蛋白质组学的方法寻找卵巢上皮癌血清标志物,以提高卵巢癌诊断的灵敏度和特异度。方法收集103例卵巢上皮癌、60例正常对照、63例卵巢良性肿瘤和63例盆腔良性病变患者的血清。按照患者年龄匹配,选取卵巢上皮癌、盆腔良性... 目的通过差异蛋白质组学的方法寻找卵巢上皮癌血清标志物,以提高卵巢癌诊断的灵敏度和特异度。方法收集103例卵巢上皮癌、60例正常对照、63例卵巢良性肿瘤和63例盆腔良性病变患者的血清。按照患者年龄匹配,选取卵巢上皮癌、盆腔良性病变、卵巢良性肿瘤和正常对照者血清各20例,等容积混合,去除高丰度白蛋白和IgG后,进行荧光双向电泳(2-DE DIGE),实验重复3次。以DyCyder软件分析得出有显著差异的蛋白质点,以基质辅助激光解吸离子飞行时间串联质谱(MALDI TOF/TOF)鉴定差异蛋白质,分别采用Western blot和酶联免疫吸附实验(ELISA)验证获选的血清标志物。结果2-DEDIGE得出有显著差异的蛋白质点41个,MALDI TOF/TOF成功鉴定出其中的28个蛋白质。上调最显著的蛋白质为结合珠蛋白(Hp),下调最显著的蛋白质为转铁蛋白(Tf)。Western blot和ELISA验证结果显示,Hp和Tf在卵巢上皮癌与正常对照、卵巢上皮癌与卵巢良性肿瘤、卵巢上皮癌与盆腔良性病变之间的差异有统计学意义(均P=0.000)。CA125+Hp+Tf联合检测诊断卵巢上皮癌的灵敏度(81.6%)和特异度(76.9%)高于CA125(78.6%和70.4%)、Hp(69.9%和70.4%)和Tf(66.0%和70.4%)单独检测。结论Hp和Tf是卵巢上皮癌血清中差异表达的蛋白质,可作为卵巢上皮癌的血清标志物,CA125+Hp+Tf联合检测有助于提高卵巢上皮癌诊断的灵敏度和特异度。 展开更多
关键词 卵巢肿瘤 肿瘤标志物 蛋白质组学 差异凝胶电泳 串联质谱 结合珠蛋白 转铁蛋白 诊断
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