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CRISPR-Cas13a检测在肺结核诊断中的价值 被引量:1
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作者 张治国 尚媛媛 +5 位作者 张旭霞 刘荣梅 马丽萍 秦林 孔忠顺 任卫聪 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2023年第6期589-593,共5页
目的:评价应用CRISPR-Cas13a检测临床样本对肺结核的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,收集首都医科大学附属北京胸科医院2022年9月至2022年12月收治住院的102例经GeneXpert MTB/RIF检测(简称“Xpert检测”)确诊的肺结核患者的支气管... 目的:评价应用CRISPR-Cas13a检测临床样本对肺结核的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,收集首都医科大学附属北京胸科医院2022年9月至2022年12月收治住院的102例经GeneXpert MTB/RIF检测(简称“Xpert检测”)确诊的肺结核患者的支气管肺泡灌洗液标本,作为结核病组;收集同期收治入院的100例非结核病患者(包括肺癌,细菌性肺炎,支气管扩张,慢性阻塞性肺疾病)的支气管肺泡灌洗液标本,作为非结核病组。所有患者的支气管肺泡灌洗液标本均进行涂片抗酸杆菌染色镜检、培养、Xpert检测及CRISPR-Cas13a检测。以Xpert检测结果为参照,评价CRISPR-Cas13a检测支气管肺泡灌洗液对肺结核的诊断价值。结果:结核病组102份标本中,CRISPR-Cas13a检测阳性为99份(97.1%),涂片阳性40份(39.2%),培养阳性68份(66.7%)。CRISPR-Cas13a检测阳性率明显高于涂片和培养法,差异有统计学意义(涂片:χ^(2)=58.141,P<0.001;培养:χ^(2)=30.250,P<0.001)。与传统检测方法相比,CRISPR-Cas13a比涂片和培养法多检测出28份标本。Xpert检测结核病组阳性率为100.0%;Xpert检测非结核病组阴性率为100.0%。以Xpert检测结果作为参照,CRISPR-Cas13a检测肺结核的敏感度为97.1%(99/102)、特异度为96.0%(96/100),准确度为96.5%(195/202),阳性预测值为96.1%(99/103),阴性预测值为97.0%(96/99)。结论:CRISPR-Cas13a检测与传统方法相比简单、快捷,检测支气管肺泡灌洗液对肺结核的诊断具有较高敏感度及特异度,具有良好的应用前景。 展开更多
关键词 重复序列 核酸 结核 支气管肺泡灌洗液 CRISPR-Cas系统
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PCR扩增技术联合CRISPR-Cas13a系统对MTB DNA检测方法的初步研究 被引量:4
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作者 于佳佳 张旭霞 +5 位作者 张雨晴 任卫聪 姚丛 李传友 刘毅 唐神结 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2020年第12期1280-1288,共9页
目的建立一种聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)联合CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas13a识别靶基因核酸序列对结核分枝杆菌脱氧核糖核酸(Mycobacterium tuberculosis deoxyribonuc... 目的建立一种聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)联合CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas13a识别靶基因核酸序列对结核分枝杆菌脱氧核糖核酸(Mycobacterium tuberculosis deoxyribonucleic acid,MTB DNA)进行检测的方法。方法将MTB保守序列IS6110片段插入pMDTM19-Tsimple Vector克隆载体,构建含待检测靶序列的模拟MTB质粒。同时针对待检测靶序列MTB保守序列IS6110设计可以检测MTB DNA的3条不同的特异性规律成簇间隔短回文重复序列RNA(CRISPR RNA,crRNA)探针(IS6110-1crRNA、IS6110-2crRNA、IS6110-3crRNA),引导CRISPR-Cas13a识别转录产物。将筛选出的特异性crRNA、不同待检测标本的PCR扩增转录产物、Cas13a、crRNA和Background RNA等按比例混合构建PCR-CRISPR反应体系。利用荧光定量PCR仪对含有MTB DNA不同稀释浓度的质粒模板、标准菌株H37Rv及6种非结核分枝杆菌进行检测。通过测定的相对荧光强度值分析检测的敏感度及特异度,最终建立基于MTB CRISPR-Cas13a系统的PCR-CRISPR检测方法。结果选择相对荧光强度值最大的IS6110-1crRNA[相对荧光强度值为197680.64(98364.94,304271.25)]作为后续MTB DNA检测的crRNA探针。PCR-CRISPR检测最低拷贝数为101拷贝/μl的质粒和100拷贝/μl的H37Rv扩增产物的相对荧光强度值[分别为38655.34(31975.51,45410.32)和17691.50(17612.36,17793.29)]明显高于阴性对照[29989.48(29435.72,30263.20)和13725.83(13652.43,13804.95)](Z=-6.713、-9.448;P值均<0.001),显示敏感度较好;阴性对照[37635.57(37168.74,38199.20)]和戈登分枝杆菌[39351.83(38903.70,39769.53)]、胞内分枝杆菌[39191.30(39018.51,39434.95)]、堪萨斯分枝杆菌[25172.20(24586.95,26046.45)]、脓肿分枝杆菌[37328.03(36959.01,37546.78)]、鸟分枝杆菌[37942.29(37455.63,38401.13)]、偶发分枝杆菌[29491.19(29148.63,30058.62)]等6种非结核分枝杆菌的相对荧光强度值均明显低于106拷贝/μl的MTB DNA质粒的相对荧光强度� 展开更多
关键词 结核 分枝杆菌 聚合酶链反应 DNA探针 微阵列分析 CRISPR-Cas13a
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初治和复治肺结核病例中北京基因型结核分枝杆菌与抗结核药物耐药性的关联研究 被引量:10
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作者 于丹 付雷 +4 位作者 姚丛 邢青 易俊莉 李传友 刘毅 《国际呼吸杂志》 2020年第12期881-885,共5页
目的探讨北京地区初治和复治肺结核病病例中北京基因型结核分枝杆菌(M tb)流行与抗结核药物耐药性出现的相关性。方法收集北京各区县菌阳M tb临床分离株1140例,采用比例法进行药物敏感性检测;应用间隔区寡核苷酸分型方法鉴定北京基因型... 目的探讨北京地区初治和复治肺结核病病例中北京基因型结核分枝杆菌(M tb)流行与抗结核药物耐药性出现的相关性。方法收集北京各区县菌阳M tb临床分离株1140例,采用比例法进行药物敏感性检测;应用间隔区寡核苷酸分型方法鉴定北京基因型和非北京基因型;分析基因型流行和耐药性产生间的相关性。结果在初治病例中,北京基因型M tb中异烟肼(INH)、阿米卡星(AK)、卷曲霉素(CPM)和对氨基水杨酸(PAS)的耐药率均低于非北京基因型(χ^2值分别为2670、15282、16219、22676,P值均<005)。在复治病例中,北京基因型M tb中AK、PAS的耐药率均低于非北京基因型(χ^2值分别为15167、4574,P值均<005);北京基因型M tb中耐多药结核病菌株的比例低于非北京基因型(χ^2值为7046,P<005)。结论在初治和复治病例中北京基因型M tb的流行和抗结核药物耐药性的出现有不同的相关性,在初治病例中和INH、AK、CPM和PAS耐药性的出现有关联,而在复治病例中只在AK和PAS耐药性的产生上有关联,同时在复治病例中北京基因型菌株中出现耐多药结核病的概率更低。 展开更多
关键词 北京基因型 分枝杆菌 结核 初治 复治 抗结核药物
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耻垢分枝杆菌原核类泛素蛋白对异柠檬酸裂解酶的动态调控 被引量:2
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作者 刘毅 薛玉 +1 位作者 张旭霞 李传友 《国际呼吸杂志》 2015年第24期1846-1849,共4页
目的通过验证异柠檬酸裂解酶(isocitratelyase,Icl)蛋白在缺氧和营养缺乏等应激条件下的原核类泛素蛋白(prokaryotic ubiquitin like protein,Pup)化状态的变化,进而说明Pup一蛋白酶体系统对其进行动态调控。方法构建耻垢分枝杆... 目的通过验证异柠檬酸裂解酶(isocitratelyase,Icl)蛋白在缺氧和营养缺乏等应激条件下的原核类泛素蛋白(prokaryotic ubiquitin like protein,Pup)化状态的变化,进而说明Pup一蛋白酶体系统对其进行动态调控。方法构建耻垢分枝杆菌Icl蛋白表达载体,纯化蛋白,制备Icl抗体;构建持续表达His6-Pup的穿梭载体,导人耻垢分枝杆菌中;分别在有氧,缺氧条件(2、4和6d)培养,营养缺乏条件(2、4、6和8d)培养,收集耻垢分枝杆菌菌体,超声破碎后获得总蛋白,通过Ni—NTA柱纯化,获得His6-Pup结合的蛋白;跑SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE),转膜后做免疫印迹(Western—blot)实验,分别用抗Pup抗体和抗Icl抗体检测,验证Icl蛋白的表达情况及其被Pup化的状况,所有实验均重复3次。结果发现在缺氧和营养缺乏条件下Icl蛋白的表达呈现增加的趋势,而Pup化的程度有下降的趋势,Pup化和蛋白浓度变化趋势是相反的。说明细胞在应激条件下需要Icl高表达,因而Pup蛋白酶体系统对其降解程度选择性的下降,相应提高了细胞内Icl蛋白的浓度,满足细胞在应激反应中的需要。结论Icl在分枝杆菌细胞的应激过程中发挥重要作用,其浓度随着细胞本身的状态而发生动态变化,这主要是Pup-蛋白酶体系统对它的降解调控发生变化,说明Pup可以动态调控Icl蛋白的浓度水平。 展开更多
关键词 原核类泛素蛋白 异柠檬酸裂解酶 应激条件 动态调控
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PCR扩增技术联合CRISPR-Cas13a系统对MTB DNA检测方法的初步研究
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作者 于佳佳 张旭霞 +5 位作者 张雨晴 任卫聪 姚丛 李传友 刘毅 唐神结 《结核病与胸部肿瘤》 2021年第1期6-14,共9页
目的建立一种聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)联合CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas13a识别靶基因核酸序列对结核分枝杆菌脱氧核糖核酸(Mycobacterium tuberculosis deoxyribonuc... 目的建立一种聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)联合CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas13a识别靶基因核酸序列对结核分枝杆菌脱氧核糖核酸(Mycobacterium tuberculosis deoxyribonucleic acid,MTB DNA)进行检测的方法。方法将MTB保守序列IS6110片段插入pMD^(TM)19-Tsimple Vector克隆载体,构建含待检测靶序列的模拟MTB质粒。同时针对待检测靶序列MTB保守序列IS6110设计可以检测MTB DNA的3条不同的特异性规律成簇间隔短回文重复序列RNA(CRISPR RNA,crRNA)探针(IS6110-lcrRNA、IS6110-2crRNA、IS6110-3crRNA),引导CRISPR-Cas13a识别转录产物。将筛选出的特异性crRNA、不同待检测标本的PCR扩增转录产物、Cas13a、crRNA和Background RNA等按比例混合构建PCR-CRISPR反应体系。利用荧光定量PCR仪对含有MTB DNA不同稀释浓度的质粒模板、标准菌株H37Rv及6种非结核分枝杆菌进行检测。通过测定的相对荧光强度值分析检测的敏感度及特异度,最终建立基于MTB CRISPR-Cas13a系统的PCR-CRISPR检测方法。结果选择相对荧光强度值最大的IS6110-lcrRNA[相对荧光强度值为197680.64(98364.94,304271.25)]作为后续MTB DNA检测的crRNA探针。PCR-CRISPR检测最低拷贝数为10^(1)拷贝/μl的质粒和10^(0)拷贝/μl的H37Rv扩增产物的相对荧光强度值[分别为38655.34(31975.51,45410.32)和17691.50(17612.36,17793.29)]明显高于阴性对照[29989.48(29435.72,30263.20)和13725.83(13652.43,13804.95)](Z=-6.713、-9.448;P值均<0.001),显示敏感度较好;阴性对照[37635.57(37168.74,38199.20)]和戈登分枝杆菌[39351.83(38903.70,39769.53)]、胞内分枝杆菌[39191.30(39018.51,39434.95)]、堪萨斯分枝杆菌[25172.20(24586.95,26046.45)]、脓肿分枝杆菌[37328.03(36959.01,37546.78)]、鸟分枝杆菌[37942.29(37455.63,38401.13)]、偶发分枝杆菌[29491.19(29148.63,30058.62)]等6种非结核分枝杆菌的相对荧光强度值均明显低于10^(6)拷贝/μl的MTE DNA质粒的相对� 展开更多
关键词 结核 分枝杆菌 聚合酶链反应 DNA探针 微阵列分析 CRISPR-Cas13a
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