旨在采用生物信息学方法筛选鸡IGF2基因中具有潜在生物学功能的非同义单核苷酸多态性(non-synonymous single nucleotide polymorphisms,nsSNPs)位点,为开展标记辅助选择改良鸡重要经济性状提供理论参考。本研究从dbSNP数据库中检索出鸡...旨在采用生物信息学方法筛选鸡IGF2基因中具有潜在生物学功能的非同义单核苷酸多态性(non-synonymous single nucleotide polymorphisms,nsSNPs)位点,为开展标记辅助选择改良鸡重要经济性状提供理论参考。本研究从dbSNP数据库中检索出鸡IGF2基因的12个nsSNPs位点,利用生物信息学软件SIFT、Polyphen-2、PhD-SNP和SNAP预测其中可能的功能性SNP;使用I-Mutant3.0和Mupro方法对突变位点的氨基酸稳定性进行分析;对鸡IGF2基因编码的氨基酸序列进行多序列比对和进化位点保守性预测,并结合MutPred2预测突变可能造成的功能后果;最后使用Sopma预测IGF2野生型和突变型的蛋白质二级结构,运用I-TASSER构建它们的蛋白质三级结构。结果发现,rs740391349(E29G)、rs735633122(T30P)、rs739078786(L31P)、rs736255842(E35G)及rs736800980(V37G)这5个nsSNPs可能影响鸡IGF2的蛋白功能,且所有位点突变都会使IGF2蛋白稳定性降低。多序列比对及保守性分析显示,rs740391349(E29G)、rs735633122(T30P)和rs736255842(E35G)为高度保守并暴露的功能性残基,MutPred2与二级结构分析结果表明,rs735633122(T30P)和rs736255842(E35G)这两个位点上的突变都导致了α螺旋百分比下降。三级结构分析表明,rs735633122(T30P)和rs736255842(E35G)这2个nsSNPs均会导致IGF2的蛋白空间结构发生变化。综上所述,T30P和E35G位点突变严重影响鸡IGF2蛋白质的结构,可能是影响鸡生长和体组成性状的重要功能性SNPs。展开更多
利用近红外光谱分析技术快速检测乌珠穆沁羊肉中不同氨基酸含量。选取42只相同饲喂条件、体质量相近的6月龄乌珠穆沁羊,采集背最长肌、臂三头肌、股二头肌3个部位共126块肌肉样本,采集样本近红外光谱并测定氨基酸含量。采用偏最小二乘...利用近红外光谱分析技术快速检测乌珠穆沁羊肉中不同氨基酸含量。选取42只相同饲喂条件、体质量相近的6月龄乌珠穆沁羊,采集背最长肌、臂三头肌、股二头肌3个部位共126块肌肉样本,采集样本近红外光谱并测定氨基酸含量。采用偏最小二乘法关联光谱与氨基酸数据,建立乌珠穆沁羊肉中17种氨基酸的定量预测模型,最后以模型交叉验证均方根及校正决定系数(R2校正)、验证决定系数(R2验证)、预测模型的验证集标准偏差与预测标准偏差比值(ratio of standard deviation of the validation set to standard error of prediction,RPD)作为评价模型的参数。结果表明:所建立的氨基酸含量预测模型准确度较高,其中总氨基酸(total amino acid,TTA)、必需氨基酸(essential amino acid,EAA)、组氨酸、赖氨酸含量的近红外光谱预测模型的R2验证分别为0.818、0.803、0.861和0.858。分别对预测模型进行外部验证,其中EAA、组氨酸、精氨酸、丝氨酸、谷氨酸、甘氨酸、赖氨酸验证结果的RPD值均超过1.74,TAA验证结果的RPD值为2.60,预测模型准确度达到应用水平,可作为一种快速、准确测定羊肉中氨基酸含量的方法。展开更多
文摘旨在采用生物信息学方法筛选鸡IGF2基因中具有潜在生物学功能的非同义单核苷酸多态性(non-synonymous single nucleotide polymorphisms,nsSNPs)位点,为开展标记辅助选择改良鸡重要经济性状提供理论参考。本研究从dbSNP数据库中检索出鸡IGF2基因的12个nsSNPs位点,利用生物信息学软件SIFT、Polyphen-2、PhD-SNP和SNAP预测其中可能的功能性SNP;使用I-Mutant3.0和Mupro方法对突变位点的氨基酸稳定性进行分析;对鸡IGF2基因编码的氨基酸序列进行多序列比对和进化位点保守性预测,并结合MutPred2预测突变可能造成的功能后果;最后使用Sopma预测IGF2野生型和突变型的蛋白质二级结构,运用I-TASSER构建它们的蛋白质三级结构。结果发现,rs740391349(E29G)、rs735633122(T30P)、rs739078786(L31P)、rs736255842(E35G)及rs736800980(V37G)这5个nsSNPs可能影响鸡IGF2的蛋白功能,且所有位点突变都会使IGF2蛋白稳定性降低。多序列比对及保守性分析显示,rs740391349(E29G)、rs735633122(T30P)和rs736255842(E35G)为高度保守并暴露的功能性残基,MutPred2与二级结构分析结果表明,rs735633122(T30P)和rs736255842(E35G)这两个位点上的突变都导致了α螺旋百分比下降。三级结构分析表明,rs735633122(T30P)和rs736255842(E35G)这2个nsSNPs均会导致IGF2的蛋白空间结构发生变化。综上所述,T30P和E35G位点突变严重影响鸡IGF2蛋白质的结构,可能是影响鸡生长和体组成性状的重要功能性SNPs。
文摘利用近红外光谱分析技术快速检测乌珠穆沁羊肉中不同氨基酸含量。选取42只相同饲喂条件、体质量相近的6月龄乌珠穆沁羊,采集背最长肌、臂三头肌、股二头肌3个部位共126块肌肉样本,采集样本近红外光谱并测定氨基酸含量。采用偏最小二乘法关联光谱与氨基酸数据,建立乌珠穆沁羊肉中17种氨基酸的定量预测模型,最后以模型交叉验证均方根及校正决定系数(R2校正)、验证决定系数(R2验证)、预测模型的验证集标准偏差与预测标准偏差比值(ratio of standard deviation of the validation set to standard error of prediction,RPD)作为评价模型的参数。结果表明:所建立的氨基酸含量预测模型准确度较高,其中总氨基酸(total amino acid,TTA)、必需氨基酸(essential amino acid,EAA)、组氨酸、赖氨酸含量的近红外光谱预测模型的R2验证分别为0.818、0.803、0.861和0.858。分别对预测模型进行外部验证,其中EAA、组氨酸、精氨酸、丝氨酸、谷氨酸、甘氨酸、赖氨酸验证结果的RPD值均超过1.74,TAA验证结果的RPD值为2.60,预测模型准确度达到应用水平,可作为一种快速、准确测定羊肉中氨基酸含量的方法。
